Чилийское же командование в это же время планировало полный захват южных районов Перу вплоть до Арекипы. 18 кораблей вышли из Писагуа на север и в небольшом порту Ило 26 августа 1879 года началась высадка экспедиционного корпуса численностью 9, 5 тысячи человек. Сопротивление перуанцев в Ило было достаточно слабым.
Две тысячи чилийских солдат под командованием полковника Оросимбо Барбосы высадились в порту Мольендо и начали продвижение в сторону Арекипы. Но оно оказалось неудачным.
В сентябре чилийские войска под командованием Мануэля Бакедано заняли Мокегуа и повернули в сторону Такны. В районе Лос Анхелес они нанесли поражение перуанским войскам, и полностью порвали фронт на юге.
Перуанцы и боливийцы были вынуждены сосредоточить все силы для обороны городов Арики и Такны. Командующим соединенной армией из 5800 перуанцев и 4200 боливийцев стал президент Боливии Нарцисс Камперо. Чилийских войск было несколько меньше, но у них было превосходство в артиллерии, пулеметном вооружении и бригада наемников из португальцев, басков и бывших офицеров КША под командованием испанского бригадного капитана.
Рядом с побережьем Венесуэлы стояли силы испанской Карибской Флотилии, через которую шел трафик оружия и припасов чилийцам.
Хуан и его военные сторонники стремились вернуть свое влияние в Южной Америке и противовес проамериканской Панаме создавали Карлистскую Чили.
26 сентября 1879 года в окрестностях Такны произошло сражение.
Перуанско-боливийская армия была разбита. Когда чилийские войска вступили в Такну, на её улицах начались грабежи, убийства и насилия. Свирепствовали сильнее всех баски и португальцы.
Битва при Такне полностью изменила обстановку на юге Перу. Под контролем чилийцев оказалась значительная часть перуанского побережья от Икике до Ило. Остатки перуанских войск отступили в сторону Арекипы, а боливийцы отошли в Анды. Перуанский президент Пьерола объявил о мобилизации всех мужчин в возрасте от 16 до 60 лет.
Чилийское командование начало подготовку похода на Лиму. Численность чилийской армии была доведена до 42 тысяч человек. 18 октября чилийцы высадились на полуострове Паракасе, 20 октября захватили порт Писко, 23 октября захватили Ику и затем расширяли занятые плацдармы, проводя разведку в направлении Лимы.
22 октября 1879 года чилийцы начали наступление в направлении Лимы и 26 октября начали атаку перуанских укреплений. Так началась битва у высот Сан-Хуан. К вечеру первая линия обороны Лимы была прорвана и перуанцы отошли на вторую линию. Потери чилийцев составили около 5 тысяч человек, а перуанцев — 8 тысяч человек
4 ноября было заключено перемирие на один день для эвакуации из Лимы иностранных граждан. Для обеспечения этой эвакуации в Чоррильос высадился британский корпус.
15 ноября чилийцы начали штурм второй перуанской оборонительной линии. Произошла битва при Мирафлорес, в которой количество убитых и раненых у чилийцев составило 2124 человека, у перуанцев — около 3000.
17 ноября чилийские войска генерала Бакедано вошли в Лиму, а также заняли порт Кальяо.
20 ноября 1879 года в округе Анкон вблизи Лимы Иглесиас подписал мирный договор с чилийцами. По нему район города Икике был присоединен к Чили, за что Перу получало денежную компенсацию. Также Боливия обязана была выплатить контрибуцию Чили, а Перу открыть свои порты для свободной торговли.
Это означало еще одну геополитическую победу Испании и возвращение своего влияния на американском континенте.
Правда расходы были очень высокими, на снаряжение, пушки, пулеметы, припасы, перевозку и снабжение.
Комитет по экономике и финансам и Бюджетный комитет были очень взволнованы —
министр Фабио Гойчо сообщил довольно плохие новости Хуану — растет дисбаланс между расходом и доходом.
– Еще одна крупная военная операция или война, то мы скатимся в кризис! – сказал Фабио Хуану.
Но король скептически к этому отнесся.
И у него были основания, ведь золотое десятилетие до сих пор сидело в головах у людей, хотя уже прошло как пять лет.
Старая гвардия карлистов, новые карлисты и умеренные абсолютисты испытывали гордость за вклад в войну между Чили и Перуано-Боливией.
Еще одним новшеством стало создание на границе с США во Флориде полноценного крупного контингента Испанской Армии -
Атлантическая Армия (55 тысяч), командующий генерал Гуэра Барсэ в Сент-Огастине.
Американский Корпус (25 тысяч), командующий генерал-капитан Хосе Исидро в Тампе.
И Флоридский гарнизон (15 тысяч), командир Сантьяго Альбано, в Таллахасси.
Большая часть контингента состояла из офицеров КША, басков, каталонцев, кастильских рыцарей и мадридской гвардии.
И африканские колонии тоже были усилены войсками — Картахенская Армия (25 тысяч) генерала Хулио Ортеги.
Алжирский Гарнизон (15 тысяч) генерал-капитан Франческо Сонимо
Туземные аскари (10 тысяч) капитан Али-Мухаамад Бен
Африканский Корпус (20 тысяч) генерал-капитан Лопес Дамацио