Поначалу отступление испанских войск было контролируемым, но после перехода на сторону Рифа «дружественных» кабилов отступление быстро превратилось в неконтролируемое бегство. Однако генерал Наварро, шедший с крупным отрядом на подмогу генералу Сильвестере, сумел остановить бегство в 80 км от Анвала и попытался укрепиться на позиции Монте Арруит. Это была довольно удобная оборонительная позиция, но она не имела источников воды, вдобавок восстало очередное марокканское племя, в результате чего Наварро оказался в окружении. 9 августа он получил разрешение на капитуляцию от высшего военного командования в Испанском Марокко. Вот-вот должны были подойти основные силы Абд аль-Крима и кабилов, поэтому Наварро немедленно приступил к переговорам с окружавшими его марокканцами. По условиям соглашения испанцы должны были сдать всё оружие и начать отходить на свои территории с занимаемой позиции, однако отход не получился — началась резня, более того — подоспели Рифские войска, которые в итоге напали на фактически безоружных испанцев. В результате генерал Наварро и ещё около 600 человек были взяты в плен, многие погибли.
Африканская армия и корпус Испании находились в районе Чада и Конго, поэтому им требовалось время, чтобы добраться до Марокко.
В итоге этих событий испанские потери составили, по разным оценкам, от 10 до 20 тыс. убитых и раненых, более 20 тыс. ружей, 400 пулемётов, 129 пушек. Потери рифских повстанцев подсчитать тяжело, но они были сравнительно невелики — около 1000 убитых.
В самой Испании разразился серьёзный политический кризис, который послужил одной из причин обесценивания испанской монархии и утрате доверия самих карлистов в императора.
19 сентября 1909 года двенадцать берберских племён объединились в Рифскую республику, государство с централизованной администрацией, которую возглавил Абд аль-Крим в должности президента. Премьер-министром стал его брат, Мухаммед аль-Хаттаб, военным министром — Ахмед Будра, министром внутренних дел — Лязид, в прошлом известный вор, министром иностранных дел — Азеркан, министром финансов — Абд эс-Салам аль-Хаттаб, министром юстиции и образования — факих Зерхуни.
Эти учреждения были укреплены принятием целого ряда законов, основанных на справедливом разрешении споров и запрещающих столкновение между различными племенами республики, что крайне важно для территории, разделённой на земли кланов, где кровная месть исторически была выше закона. Кроме того, началось интенсивное обучение религиозных служителей, кади и факихов, в обязанности которым вменялось, в том числе укрепление исламской веры в населении и разъяснении причин запрета в стране употребления чая и табака (и то, и другое было запрещено в Рифской республике).
Армию планировалось создать по образцу бывшей султанской марокканской армии. Предполагалось обучить и мобилизовать 20000-30000 человек в возрасте от 16 до 50 лет, разделив их на «сотни», подразделявшиеся, в свою очередь, на группы численностью 25-50 человек, и оснастить их современным европейским оружием.
1 октября 1909 года Рифская республика была преобразована в Конфедеративную республику племён Рифа.
Дабы не потерять порты и стратегические точки на побережье, император мобилизует добровольческие батальоны из басков, каталонцев, португальцев и рыцарей Сантьяго.
Также союзники тоже вмешиваются в войну — французы и бельгийцы.
Также был задействован Испанский Легион.
После 4 месяцев ожесточенных боев, благодаря помощи французского генерала Анри Филиппа и доблести испанских солдат, силы берберов стали терпеть поражения.
Героем этой войны стал молодой 18-летний прапорщик колониального полка Испании, Франсиско Франко.
Он вместе с бойцами Испанского Легиона упорно и стойко удерживал горный хребет Аль-Рифа, когда рифы наступали в сторону Танжера.
Переломной точкой в войне стало применение химического оружия.
Бельгийцы и испанцы применяли против рифов химическое оружие — бомбы с горчичным газом (ипритом), созданные в Германии.
Война в Испанском Марокко полностью раскололо социалистов и карлистов старой гвардии.
Социалисты разделились на два лагеря — на республиканских социал-демократов и на национал-социалистов.
В республиканцы шли бывшие либералы, разочарованные в демократии, а в национал-социалисты шли бывшие карлисты, потерявшие уважение к монархии.
Несмотря на большие боевые потери, Рифская война стала точкой окончания экономического кризиса и общественной нестабильности в Испанской Империи.
В конце войны аль-Крим предпринял совершенно отчаянную попытку — наступление на столицу Испанского Марокко, город Тетуан. Ему удалось подойти к городу и в сражении нанести ощутимые потери войскам Испанского легиона (один из его командиров, Хосе Мильян-Астрай, был ранен в этой битве), но изменить ход войны это уже не могло, тем более что применение французами и испанцами химического оружия против рифов продолжалось.
27 мая 1910 года Абд аль-Крим сдался французским войскам. Все испанские военнопленные рифов были освобождены, но некоторые офицеры по возвращении в Испанию были казнены за трусость.