«Мы сейчас вскрываем,— продолжал В. И. Вернадский,— наравне с ними (т. е. западными учеными — В. В.) новые явления, связанные с распадением тяжёлых ядер тория и урана, и уже сейчас пошли по новому пути (здесь речь идёт о делении ядер урана под действием нейтронов — В. В.). Невозможно даже предвидеть, к чему могут привести эти новые открытия… Нельзя терять вскрывшейся возможности. Если мы не получим небольших средств, они пойдут вперёд, а мы остановимся» [Там же].
Эти небольшие средства (всего 60 тыс. рублей) были выделены РИАНу. Наиболее отличившиеся в работе по наладке и пуску циклотрона И. В. Курчатов, В. Н. Рукавишников, Д. Г. Алхазов, М. Г. Мещеряков и др. были отмечены денежными премиями. РИАН демонстрировал свою научную эффективность именно как передового ядерно-физического центра.
Можно предположить, что перевод Радиевого института в АН СССР , произошедший в 1938 г., и последующий за ним перевод ЛФТИ, УФТИ и ИХФ в академическую систему, свершившийся в мае 1939 г., был ускорен лидерами этих институтов, в какой-то степени, для того, чтобы лишить силы основной аргумент в пользу «фианизации» циклотрона и вообще «ядерных сил»: поскольку физика атомного ядра — область почти исключительно фундаментальных исследований, то она должна быть сконцентрирована в Академии наук, а значит в ФИАНе, так как последний — единственный крупный центр ядерной физики в АН СССР. И вот 15 мая 1939 г. в АН СССР, Наркомат среднего машиностроения (НКСМ), Госплан и Наркомат финансов направляется письмо СНК СССР, в котором сообщается, что «Совнарком разрешил Академии наук сосредоточить работу по исследованию атомного ядра в Академии наук СССР и выделить необходимые лимиты капиталовложений за счёт плана капитальных работ Академии на 1939 г.» (казалось бы, победа фиановской стратегии — В. В.). Но дальше в письме говорилось, что «одновременно СНК разрешил НКСМ передать АН СССР ЛФТИ» [Там же. С. 61]. Аналогичное решение примерно тогда же было принято в отношении УФТИ и ИХФ.
Ещё в конце 1938 г. А. Ф. Иоффе выступил с заявлением о своём несогласии с Постановлением Президиума АН СССР от 25 ноября 1938 г. 24 января физтеховцы А. И. Алиханов и И. В. Курчатов обратились с письмом к В. М. Молотову со своего рода протестом против пп. 2 и 3 этого постановления. В нём говорилось:
«…Совершенно неожиданно Президиум… постановил перевести ядерную группу ЛФТИ в Москву, прекратить строительство циклотрона в Ленинграде и осуществить его в Москве нашими же силами и по нашему же проекту… Постановление было вынесено в момент, когда работы по стройке циклотрона в Ленинграде начали разворачиваться, когда уже были заключены договора с некоторыми заводами и строительной организацией. Очевидно, что оно дезориентировало НКМ и всех работников циклотрона. В результате НКМ и Госплан сняли с 1939 г. строительство циклотрона и, таким образом, дело повисло в воздухе…» (цитир. по примечаниям к документу № 11 [Там же. С. 45]).
Хотя 5 февраля 1939 г. Экономсовет при СНК направил копию этого письма в Президиум АН СССР, последний не изменил своего решения.
За письмом СНК от 15 мая последовало письмо СНК от 16 мая, в котором Совнарком оставлял на усмотрение Академии наук вопрос о месте строительства циклотрона и соответствующих размерах финансирования [Там же]. Поэтому секретарь Комиссии по атомному ядру В. И. Векслер не позднее 21 мая 1939 г. обратился к вице-президенту АН СССР О. Ю. Шмидту с просьбой принять его, чтобы обсудить возникшее конфликтное положение:
«Сегодня мне стало известно, что существует проект Госплана, согласно которому в 1939 г. Академия наук отпускает Физико-техническому институту 370 тыс. рублей на строительство второго циклотрона в Ленинграде… Я очень хотел бы хоть пять минут поговорить с Вами по этому вопросу… Президиум АН СССР уже дважды рассматривал вопрос о строительстве второго циклотрона и, несмотря на протесты академика Иоффе, принял резолюцию о необходимости построить циклотрон в Москве, а не в Ленинграде. Я хотел бы до решения вопроса о циклотроне информировать Вас о тех мотивах, по которым мы (коммунисты-физики) считаем недопустимым строительство второго циклотрона в Ленинграде» [Там же. С. 62].