В архиве РАН сохранилась стенограмма расширенного заседания Бюро Отделения физико-математических наук о результатах обследования УФТИ и организации работ по ядру, состоявшегося 26 мая 1939 г. [Там же. С. 63—71]. Председательствовал С. И. Вавилов. Доклад об УФТИ делал А. И. Алиханов (двумя другими членами комиссии по УФТИ были Д. В. Скобельцын и Б. М. Вул). Работы и состояние материальной базы УФТИ в области физики атомного ядра комиссия оценила весьма высоко. После этого рассматривался основной вопрос «О работе по атомному ядру в АН». Вавилов напомнил о решении СНК, «по которому разрешается сосредоточить работы по исследованию атомного ядра в АН СССР» и добавил: «…Хотя, в сущности это является уже тавтологией после того, как все институты передаются Академии» [Там же. C. 66]. Затем слово получил А. Ф. Иоффе, который рассказал о состоянии дел по циклотрону ЛФТИ, в частности в отношении финансирования, и о том, что к ноябрю 1939 г. циклотрон может быть готов.
Описывая предшествовавшую циклотронную тяжбу, Вавилов напомнил, что «предполагалось строительство циклотрона начать в Москве» и что «временно же, пока в Москве нельзя полным ходом развернуть работы, изыскать помещение в Ленинграде, чтобы там можно было собрать циклотрон и им пользоваться».
«Окончательная же фундаментальная установка циклотрона предполагалась в Москве, в связи с тем, что вообще в Москве предполагалось сосредоточить работу по физике атомного ядра,— продолжал Вавилов,— с тем, чтобы ядерная группа ЛФТИ со временем, когда здесь будут обеспечены надлежащие жилищные условия и всё остальное, что требуется, была переведена в Москву».
Точка зрения ЛФТИ была сформулирована в заявлении И. В. Курчатова и заключалась «в том, чтобы строительство циклотрона вести в Ленинграде, ядерную группу оставить в Ленинграде, одним словом, сохранить „статус-кво“ в этом отношении» [Там же. С. 67]. В заявлении Курчатова говорилось, в частности, о том, что перевод ЛФТИ в систему АН СССР снимает вопрос о переводе циклотрона и ядерной лаборатории ЛФТИ в Москву. Вавилов снова изложил аргументы в пользу «фианизации» ядерной физики, ссылаясь на Постановление Президиума АН СССР и СНК СССР. Он добавил, что в ЛФТИ «центр тяжести… всё-таки лежит в вопросах физики твёрдого тела».
Возражения А. Ф. Иоффе сводились к следующему. Обращаясь к Вавилову, он сказал:
«Вы сводите всё к задаче сосредоточения. Я считаю, что это — вреднейшая вещь. Если бы мы… сосредоточили всю ядерную физику в одном месте, мы нанесли бы ей непоправимый ущерб». Иоффе считал, что естественно сохранить в стране 3 крупных ядерных центра: в Москве, Ленинграде и Харькове. И поэтому делать ставку на сооружение ещё, как минимум, одного или двух циклотронов [Там же. С. 68—69].
Было принято компромиссное решение, в котором поддерживалось сооружение циклотронов и в ЛФТИ, и в ФИАНе и говорилось лишь о переводе части работников ядерной лаборатории в Москву после окончания строительства «ядерного павильона» [Там же. С. 70]. Для очередного заседания Бюро ОФМН А. И. Алиханов подготовил (не позднее середины июня 1939 г.) записку о работе ядерной комиссии и ядерных лабораторий [Там же. С. 73—74]. Записка свидетельствовала об ослаблении позиций Вавилова. Новым моментом были: во-первых, довольно резкая критика ядерной комиссии («существующая комиссия… не оказывает существенного влияния на развитие и постановку научных работ по физике атомного ядра»); во-вторых, отмечалась общность тематики работ физического отдела РИАНа и ядерных лабораторий ЛФТИ и предлагалось их объединение и в-третьих, в качестве главного рычага для подъёма ядерного направления в стране предлагалось сооружение мощных циклотронов в ЛФТИ и ФИАНе (причём в первом случае речь шла о постройке и пуске уже в ближайшее время, а во втором — о проектировании и последующем строительстве), совершенствование электростатического генератора в УФТИ и циклотрона в РИАНе и разработка новых методов ускорения. Заметим, что в докладе Алиханова, в отличие от майских доклада В. Г. Хлопина и записки В. И. Вернадского, ничего не говорилось об урановой проблеме.
В конце июня — начале июля 1939 г. лидеры ЛФТИ и ФИАНа достигли определённого компромисса, по крайней мере, на ближайшие три года. Это согласие зафиксировано в Постановлении Президиума АН СССР по докладу С. И. Вавилова «Об организации в АН СССР работ по атомному ядру» от 4 июля 1939 г. В нём говорилось о необходимости завершения изготовления физтеховского циклотрона и финансирования этой работы, а также о разрешении «приступить к проектированию как циклотрона, так и нового здания Физического института в г. Москве» и финансировании этой работы [Там же. С. 74—75]. А. Ф. Иоффе в своём выступлении на заседании бюро ОФМН, состоявшемся 28 июня 1939 г., отметив своё согласие с С. И. Вавиловым по многим пунктам организации работ по ядру, счёл нужным подчеркнуть и главное расхождение: