В мае 2005 г. Ходорковский был приговорен к 9 годам лишения свободы за мошенничество и другие преступления. Он отбывал наказание в самой удаленной колонии страны, недалеко от китайской границы, в восьми часах езды от ближайшего аэропорта.
Распродажа активов ЮКОСа продолжалась. Иногда по сговору к торгам подключались иностранные компании с целью засветиться, но не выиграть торги, или же выкупить акции с условием последующей перепродажи их «Газпрому». Для меньших имущественных комплексов торги стали еще более грабительскими. Так, в июле 2007 г. «Роснефть» выкупила транспортные подконтрольные компании ЮКОСа, которые в большинстве своем владели по договору аренды вагонами для перевозки топлива, нефтеперекачивающими станциями и нефтепроводами. Единственным соперником в аукционе была никому не известная компания «Бенефит», выбывшая из торгов после первого бида «Роснефти». Месяцем позже малоизвестная компания «Промнефтестрой» приобрела зарубежные активы ЮКОСа за 306 млн долларов в аукционе, вторым участником которого была очередная темная лошадка. Накануне аукциона «Роснефть» заявила о своих связях с «Роснефтестроем», но затем опровергла эту информацию, утверждая, что «Роснефть» никакого отношения к этой компании не имеет. Если участники событий и беспокоились о том, что торги могут показаться профанацией, они почти ничего не сделали, чтобы рассеять эти сомнения.
Напротив, любая компания, которая покупала активы ЮКОСа без благословления Кремля, обрекала себя на неприятности. Весьма поучительным тому примером стал разгром «РуссНефти» (название может привести в заблуждение, но эта компания не имела никакого отношения к «Роснефти»), нефтепроизводящей компании, которой управлял Михаил Гуцериев, пионер российского бизнеса начала 90-х, имевший тесные связи с Чечней. После того как «РуссНефть» косвенными путями приобрела некоторые активы ЮКОСа, суд заморозил все акции компании, а Гуцериев подвергся уголовному преследованию. В решающий момент Гуцериев обвинил российское правительство в «беспрецедентной травле», в которую входили регулярные преследования компании, обвинения в неуплате налогов и уголовные обвинения. «Мне предлагали уйти из нефтяного бизнеса, уйти “по-хорошему”. Я отказался. Тогда они завинтили гайки», — объяснял он. Но в течение суток он отказался от своего заявления, удалив с сайта компании страницу со своим протестом и утверждая, что он продает компанию исключительно по собственному желанию. После того как его сын погиб по неизвестной причине после дорожного происшествия, Гуцериев покинул страну.
Путин «закручивает гайки»
К 2004 г. СМИ и бизнес оказались под каблуком у Путина. Но другие рычаги власти все еще не были подконтрольны Кремлю. Избранные руководители российских регионов и республик в спорах с «центром» до сих пор могли ссылаться на собственные наказы избирателей. Начало этой практики было положено в 90-х, когда Ельцин пообещал российским провинциям дать «суверенитета столько», сколько те смогут «проглотить». Этот эксперимент крайнего федерализма оказался неудачным: в таких сильных западных государствах, как Канада или Германия, мощные регионы, например Квебек или Бавария, могут благоразумно вести собственные дела. Но российский бюрократический аппарат нуждается в дополнительных личных и служебных доходах, тем больших, чем выше уровень власти. Единый рынок стал раздробленным, каждый регион имел собственные законы и административные правила. Во времена кризиса после краха 1998 г. некоторые области ограничили «экспорт» в другие регионы России. На Урале даже поговаривали о создании своей валюты, предположительно более надежной, чем рубль. Наиболее крупные и сильные республики, к примеру Татарстан, открывали собственные посольства за рубежом.