Впервые необходимость привлечения кыргызских воинских отрядов для участия в военных действиях на стороне монголов появилась через год после похода Джучи-хана. В 1217 году против монгольских властей восстало племя туматов. Туматы «жили в пределах страны киргизов и были чрезвычайно воинственным племенем и войском». Чингиз-хан «приказал отправиться (туда) Ная-нойону из племени баарин; (но) сказали, что он болен. (Тогда) он послал Борагул-нойона»[109]. Монгольские войска «дали большие сражения и покорили племя тумат. Однако на войне Борагул-нойон был убит. Так как туматы были злокозненным и недоброжелательным племенем, то (монголы) множество их перебили». Темник Борагул происходил из племени хушин. Он был «старшим эмиром правого крыла» монгольского войска. Его очень ценил Чингиз-хан, который сказал: «Да не будет горя и не годится, чтобы умер Борагул». Гибель полководца столь высокого ранга ударила по престижу непобедимого в эту эпоху монгольского войска. Поэтому после гибели Борагула, несмотря на поражение туматов, против них было направлено новое монгольское войско во главе с полководцем Добро Докшин-нойоном. Он «вооружил ратников топорами, тесаками, пилами и долотами, и всяким потребным инструментом… приказал прорубить просеку по следу буйволов, пилить и рубить деревья. И вот, поднявшись на гору, он внезапным ударом обрушился на пировавших беспечно туматов и полонил их»[110]. Не ожидая внезапного нападения, туматы не смогли противостоять войску монголов. Сто семей из числа пленных отдали в рабство семейству погибшего Борагул-нойона. Однако силы и воля туматов к сопротивлению не были окончательно сломлены. В следующем, 1218 году они снова восстали. «В год барса, когда восстало одно из племен тумат, сидевшее в Баргуджин-Токуме и Байлуке, для его покорения (монголы), из-за того, что оно было поблизости от киргизов, потребовали от киргизов войско (чарик); те не дали и восстали»[111].
Очевидно, кыргызов вдохновило сопротивление туматов, которое показало, что с монголами можно бороться. «Чингиз-хан послал к ним своего сына Джочи с войском. Курлун (был) их (киргизов) предводитель; (у монголов эмир) по имени Нока отправился в передовом отряде; он обратил в бегство киргизов и вернулся назад..». Восстание кыргызов во главе с Курлуном представляло серьезную опасность для монгольского господства в Саяно-Алтае. Поэтому вслед за передовым отрядом в действие были введены главные силы монгольского войска. «Когда подоспел Джочи, лед уже сковал реку Кэм (Енисей). Он прошел по льду, и покорив и подчинив киргизов, вернулся назад». Войско Джучи-хана совершило свой поход зимой, пройдя через Саянский хребет из Тувы в Минусинскую котловину по льду Енисея. При этом были покорены кыргызы, кыштымы и другие племена. Монголы, пройдя «реку Кянь», спустились «вниз по ней». Джучи-хан покорил племена «кэргисы, ханхасы, теляньу, кэшдими, хоин и ирган роды». Во время этого похода и возвращения монгольское войско прошло через Минусинскую и Кузнецкую котловины в Горный Алтай и вернулось в Монголию. Джучи-хан прошел по землям «племен (урасут, телен-гут, куштеми)», страна которых была расположена «по ту сторон киргизов, (на расстоянии) около одного месяца пути», и он «также захватил и те племена»[112].
Вероятно, монгольское войско прошло с боями по землям кыргызов и других племен Саяно-Алтая, потратив на их покорение около месяца. Местные племена не смогли оказать достойного сопротивления монгольскому войску. Часть населения была перебита или угнана в плен, другая часть попыталась скрыться в недоступных таежных местах. Большая группа кыргызов откочевала на север в Причулымье, где надеялась скрыться от монголов. Минусинские степи обезлюдели. Об этом свидетельствует сокращение количества кыргызских курганов в степных районах Среднего Енисея. В то же время на северной периферии кыргызских владений на реках Кии и Чулыме количество памятников кыргызской культуры увеличилось (рис. 27).
Несомненно, в результате боев кыргызы понесли большой урон и второе покорение было очень тяжелым для них. Однако они сохранили основной район своего обитания на Енисее, продолжали управляться местными кыргызскими князьями и держали в подчинении племена кыштымов. Кыргызские князья снова признали себя вассалами монгольских ханов. Кыргызские земли были отданы в управление Джучи-хану в качестве «улуса и юрта». Эти районы являлись далекой северо-западной окраиной Монгольской империи. После смерти Джучи-хана в 1226 году земли кыргызов вошли в улус великого хана. Они стали управляться Тулуем, младшим сыном Чингиз-хана. Когда в 1229 году на престол вступил великий хан Угэдэй, он стремился «умиротворить» покоренные племена путем заключения династийных союзов с местной знатью.