Поражение Арги-Буги не привело к полному «умиротворению». Часть монгольской знати перешла на сторону Хайду, правителя Чагатайского улуса. Монгольские «эмиры и царевичи, которые были в его ставке, пришли к Хайду и поклонились (ему) в землю: "До сих пор нашим правителем был Борак-ка, в настоящее время (наш) государь Кайду-ака, как он прикажет, так и будем служить"». Хайду претендовал на владение Монголией и Саяно-Алтаем. В 1273 году кыргызские князья, недовольные утратой своих привилегий, восстали против юаньского наместника и перешли на сторону Хайду. Сам наместник был захвачен восставшими и едва не погиб. «Северные князья подняли мятеж, привели Лю Хаоли в свое войско и чуть не убили. Их военачальник за то, что Хаоли был добрым в обращении с людьми, освободил его». В 1276 году войска Хайду совершили большой поход в Монголию. Кыргызский князь, восставший против юаньской администрации, не желал установления власти Хайду и пытался заигрывать с китайским наместником. В 1279 году он вступил в переговоры с Лю Хаоли. «Весной 16 года мятежный князь пригласил Хаоли прибыть в Кянькяньчжоу. Сказал: "Император сомневался во мне, это привело к нынешнему (положению)". Хаоли ответил: "Не сомневался. Если бы сомневался в князе, то (когда) пригласил князя в столицу, разве согласился бы на (его) возвращение?" Эти переговоры не привели к каким-либо результатам. В 1280 году Лю Хаоли, ощущая угрозу со стороны восставшего населения Саяно-Алтая, «возглавил множество (людей), ушел в другое место, оборонялся в теснине, ожидая прибытия войск». Но помощь не пришла, и «войска мятежного (кыргызского) князя разбили (его)». Лю Хаоли с остатками своего отряда «на западе прошел через снеговые горы», отступив через горные хребты на Атай. Оказавшись в безвыходном положении, Лю Хаоли «одеждой подкупил тысячника мятежного князя», который пропустил наместника с тысячью человек «тропинками в горах Теби-Шань» в Монголию. В конце концов Лю Хаоли смог добраться до Китая. Кыргызский князь вышел победителем на этом этапе борьбы.
Вероятно, одной из причин недовольства кыргызской знати юаньским управлением были мобилизации местного населения в армию и размещение отрядов кыргызов в отдаленных районах империи в качестве военных поселенцев. Это грозило уменьшением численности и полным растворением кыргызского этноса в среде кыштымов на Енисее. Положение военных поселенцев на новых местах было бедственным. Императорская администрация была вынуждена материально их поддерживать. В 1283 году «было указано 600 голов быков, отданных пастись богатым жителям Туле-Ту», передать «бедным из киргизов»[116].
В 1286 году Хайду-хан организовал новый большой поход в Монголию, и кыргызы вновь оказались под его властью. Нойон Тук-Тимур хотел «напасть на область киргизов», но те вовремя подчинились Хайду. Временные успехи Хайду способствовали центробежным тенденциям в империи Юань.
В 1287 году против императора Хубилая восстал наместник Маньчжурии Наян, который стал союзником Хайду. Против Наяна из центральных районов Монголии была брошена армия, составленная из кыргызов. Ее возглавил юаньский полководец, кыпчак Тутуха. Предварительно в 1289 году «проинспектировали семьи киргизов, живущих в Хэлинь, и оказали помощь бедным семьям», а уже после этого против Наяна «из Хэлинь была отправлена расквартированная там армия циэрцисы (кыргызов)». Мятеж был подавлен. «Все мятежники из кыпчаков и канглы, сдавшиеся добровольно, были отданы Тутухе. Был учрежден департамент Халалу из 10 тысяч дворов. Все разбросанные в разных местах кыпчакские кочевья, все племена и все ваны Аньси попали под управление Тутуха». В 1292 году его армия была послана против войск Хайду. В том же 1292 году «Тутуха разграбил район алтайских гор… На обратном пути он посетил Хэлинь (Каракорум). Здесь он получил приказ овладеть киргизами (цзилицзисы). В 1293 году весной войска встали лагерем у реки Цяньхэ, по льду шли несколько дней и только тогда дошли до границ их владений. (Армия Тутуха) полностью овладела народом пяти их племен и (монголы) разместили (в их владениях) войска, чтобы охранять их. Тутуха доложил о заслугах и был повышен в чине… Хайду, получив известие о захвате киргизов, послал (им на выручку) на реку Цяньхэ (Енисей) войска. Тутуха снова разбил их и взял в плен полководца Хайду, Болоча»[117]. Кыргызские земли вновь были подчинены империи Юань.