С появлением христианства учение Эпикура обрело непримиримых врагов. Ни одна из философий древнего мира так не противоречила христианским проповедям о загробном мире, где верующих и благочестивых людей ожидает воздаяние, а неверующих страшные муки. Эпикур и Лукреций были под запретом в христианском мире. Но все же и тогда любознательный школяр мог раздобыть свиток Лукреция, и мысль Эпикура обжигала его неправдоподобной достоверностью знания.
Сад Эпикура на несколько веков опустел. Но пути к нему не были забыты. В XII веке в богатом и просвещенном итальянском городе Флоренции появились люди, открыто называвшие себя эпикурейцами. Они учили, что нет никакого рая и все радости, на которые может рассчитывать человек, приходятся на его земную жизнь.
У великого флорентийского поэта Данте был близкий друг, тоже поэт, Гви́до Кавалька́нти, воспитанный в духе эпикурейского учения своим отцом. Изображая в поэме «Божественная комедия» загробный мир, Данте отвел Платону, Аристотелю и другим «языческим философам», жившим до христианства и не отрицавшим бессмертия души, особое место ада, где они жили, не зная мучений, Эпикура же и его последователей, в том числе старшего Кавальканти, заставил мучиться в ямах с неугасающим огнем:
Такова была сила ненависти в том мире, в котором жил поэт, к учению Эпикура. Данте вынужден был с этим считаться, вопреки своему преклонению перед античной культурой и чувству дружбы к Кавальканти. Таково христианское учение, на словах проповедовавшее дружбу между людьми, а на деле делающее их врагами.
Данте стоял на грани двух эпох — Средневековья и Возрождения. В эпоху Возрождения, бывшую временем почти всеобщего преклонения перед античной культурой, идеи Эпикура становятся известны уже не понаслышке и не по пересказам в произведениях Цицерона и других не запрещенных церковью древних авторов. В 1417 году из какого-то монастырского подвала была извлечена рукопись Лукреция и стала расходиться в свитках. Одних из поклонников античной культуры привлекала художественная форма, и они старались не вникать в содержание поэмы. Другие, правильно увидевшие в поэме изложение идей Эпикура, пытались доказать, что эпикуреизм не противоречит христианству. Гуманист Эра́зм Роттерда́мский даже уверял, что «христианин — лучший из учеников Эпикура».
Новое открытие античной мудрости совпало по времени с великими географическими открытиями. Гонимые ветрами наживы и жаждой странствий, каравеллы Колумба и Магеллана бороздили далекие моря, бросая якоря у материков, о существовании которых едва догадывались Пифагор и Аристотель, лишь теоретически допуская их существование. В скрежете первых печатных станков, в пламени костров инквизиции, под вой и улюлюканье мракобесов рождалась наука нового времени. Ее творцы протягивали через столетия дружеские руки к тем из античных мыслителей, которые предлагали материалистическое толкование мира.
Так Эпикур оказался у истоков новой астрономии, которая дала его идеям о мироздании строгое математическое обоснование и во многом пошла дальше его. Естественным развитием мысли Эпикура и его греческих предшественников о бесконечности Вселенной и множественности миров был вывод Николая Коперника о том, что Земля не центр Вселенной. Последователь Коперника — Джордано Бруно сочувственно относился также к учению Демокрита и Эпикура об атомах. 17 февраля 1600 года великий ученый был сожжен на костре на площади Цветов в Риме.
Через 19 лет еще одна казнь, на этот раз на площади французского города Тулузы. Лючи́лио Вани́ни был священником. Это не помешало ему исповедовать учение Эпикура и доказывать, что мир в целом един и вечен, не сотворен из ничего, что в мире нет божественных чудес и душа смертна. Мало того, Ванини написал сочинение «Об удивительных тайнах природы, царицы и богини смертных», в котором он, под видом опровержения Эпикура и других древних безбожников, излагал их взгляды.
Палач, прежде чем бросить «еретика и безбожника» Лючилио Ванини в огонь, вырвал у него язык.
Зрелище этой казни и весть о ней потрясли всю Францию. Но Пьер Гассенди́, молодой преподаватель философии в маленьком французском городке Эксе, продолжал с присущим ему рвением изучать труды Аристотеля и Эпикура. Аристотель, признанный католической церковью и представленный ею как непререкаемый авторитет во всех научных вопросах, не мог не вызвать у Гассендй ничего, кроме чувства протеста. Подлинного Аристотеля ни он, ни другие мыслители XVI–XVII веков не знали и не могли понять. Зато Эпикур, который трактовался отцами церкви как эгоист, развратник и безбожник, как исчадье ада, оказался при ближайшем знакомстве с отрывками его сочинений человеком благородной души и горячего сердца, а его учение о счастье — наивысшим из того, что было создано древними мудрецами в области морали.