Вернувшись в отчизну, Жан-Батист де Сен-Венсан, уже будучи в чине капитана, получил назначение в 5-й драгунский полк 3-го армейского корпуса маршала Даву. 3 октября 1804 года уже в качестве капитана-адъютанта штаба он направлен в знаменитый Булонский лагерь, где формировалась великая армия Наполеона Бонапарта: это событие предшествовало коронации последнего в императоры и было приурочено к принятию войсками присяги новоиспеченному французскому монарху, что и совершилось в начале декабря того же года.
Портрет маршала Жан-де-Дьё Сульта, под началом которого с 1809 года служил Жан-Батист Бори де Сен-Венсан
Вполне задалась у земляка капитана мушкетеров и военная карьера, которую в действительности можно назвать наполовину штабной и наполовину полевой. В первые годы он лично принимает участие в сражениях, находясь в боевых порядках наполеоновской армии, в том числе во время Австрийской кампании при Ульме (15–20 октября 1805 года), Аустерлице (2 декабря 1805 года), а в Прусской при Йене (14 октября 1806 года) и Фридланде (14 июня 1807 года).
Длительно пребывая за рубежом, ему удается составлять и корректировать карты местностей и провинций, по которым шли французские войска, в том числе Швабии и Франконии. Посетив Баварию, Вену и Берлин он с удивлением находит свои естественно-научные произведения переведенными на немецкий язык и знакомится с представителями ученого сообщества Австрии и Пруссии — в Вене с ботаником Николаусом Йозефом фон Жакеном (1727–1817), а в Берлине с ботаником и фармацевтом Карлом Людвигом Вильденовым (1765–1812). Германские ученые от души отблагодарили французского офицера ценными подарками. С октября 1808 года он прикомандирован к штабу маршала Нея, а через год направлен к маршалу Сульту, герцогу Далматинскому, где продолжил службу в должности адъютанта этого военачальника. Благодаря своему мастерству как графика Жан-Батист Бори де Сен-Венсан уже в чине майора начинает работать на французскую военную разведку, с которой был тесно связан его новый начальник маршал Сульт. В 1811 году он назначен шефом эскадрона, став в конце года подполковником и Рыцарем Почетного легиона. Находясь в ставке маршала Сульта, с 1809 по 1813 гг. он принимает участие в Испанской кампании, отличившись при осаде Бадахоса весной 1811 года, в сражениях при Квебаре и Альбуэре (16 мая 1811 года). Случилось так, что он даже в течение пятнадцати дней командовал гарнизоном своего родного города Ажена. Затем со штабом маршала Сульта и его армейским корпусом он покинул Испанию: во время Германской кампании 1813 года ему довелось повоевать в сражении при Лютцене (2 мая 1813 года), а затем в битве при Баутцене (20–21 мая 1813 года). Несмотря на эти победы наполеоновская армия откатывается все дальше на запад, и уже в 27 февраля в ходе Французской кампании Жан-Батист Бори де Сен-Венсан участвует в баталии при Ортезе (27 февраля 1814 года), далее он сражается при Тулузе (10 апреля 1814 года), а на следующий день, убыв с поля боя, создает по линии военной разведки в своем родном Ажене отряды бонапартистских партизан и диверсантов. Здесь же его застает известие о первом отречении императора Наполеона I (13 апреля 1814 года) и ссылке его на остров Эльбу, что, разумеется, вынудило подполковника Бори де Сен-Венсана вернуться в Париж к своему маршалу, который в новом правительстве занял пост военного министра. В этом же году ему присвоен чин полковника. 10 октября 1814 года Жан-Батист Бори де Сен-Венсан был назначен на должность начальника так называемого Военного депо, куда входили картотеки и архивы Военного министерства, в том числе секретные. На этом месте он прослужил вплоть до своей проскрипции 25 июля 1815 года, когда начался новый, но не менее авантюрный период его жизни. Разумеется, работа в качестве шефа военных архивов Франции и предоставила ему возможность ознакомиться с подлинным древнееврейским манускриптом «Ламуила», чей перевод на французский язык, исполненный бравым полковником, вышел уже в следующем году во время скитаний по Европе нашего героя. Опять же надо быть именно авантюристом, чтобы броситься от ботаники, вулканологии и картографии в гебраистику и библеистику! Но земляка д’Артаньяна это никак не смутило: он хорошо знал, что авантюра может быть опасной, но она всегда несет в себе больше возможностей для реализации, нежели они есть в повседневной жизни. Мелкопоместный гасконский дворянин прекрасно чувствовал то, что мы сегодня называем открытием окон Овертона. И разве весьма избитая «истина» о том, что талантливый человек талантлив во всем, не превращается тем самым в своеобразный парадокс: талантливый авантюрист талантлив во всем?