Рассуждая таким манером, Хусейн, поставленный в 1964 году во главе партийной военной организации, спешно разработал план государственного переворота против президента Арефа. Быстро было разработано два варианта действий, и оба были намечены к исполнению не позже середины сентября 1964 года. В соответствии с первым планом группа вооруженных баасистов во главе с Хусейном должна была проникнуть в президентский дворец во время заседания кабинета и уничтожить все иракское руководство. В ходе второй операции предполагалось сбить самолет, на котором Ареф направится в Каир для участия во встрече глав арабских государств. Обоим этим планам не суждено было осуществиться. Проникнуть во дворец не удалось, так как офицер Республиканской гвардии, который должен был провести заговорщиков в нужное место, был неожиданно сменен на своем посту. Еще печальней для Баас оказалось то, что план сбить президентский самолет был выдан одним из летчиков, который, как оказалось, работал на секретные службы. Реакцией Арефа на это разоблачение был немедленный запрет деятельности партии Баас и ее руководства.
Хусейн был одним из немногих видных членов партии, кто не попал в тюрьму во время чистки Баас Арефом. Он очутился перед выбором: или попытаться бежать в Сирию и продолжать борьбу оттуда, или остаться в Багдаде и подвергнуться риску ареста. Выбрав второе, он не подчинился Национальному управлению в Дамаске, предписавшему ему явиться в сирийскую столицу. Причины такого решения понять нетрудно. Бегство из Ирака в то время, когда большинство лидеров Баас, включая Бакра, томилось в тюрьмах, по всей вероятности, было бы истолковано как трусость, и это могло бы лишить Хусейна каких бы то ни было перспектив внутри партии. С другой стороны, руководство кампанией Баас против режима содержало семена будущей славы и включало гораздо меньший риск, чем тот, на который он уже пошел несколькими годами раньше, во время попытки убить Касема. На этот раз Хусейну не грозил смертный приговор. А если бы он встретился со своими соратниками за решеткой, это только превратило бы его в «мученика», принесшего себя на «алтарь революции».
Если принять во внимание соотношение риска и перспектив, решение Хусейна остаться в Багдаде казалось разумным. Как и многочисленные рискованные решения, которые он принимал в последующие годы, этот шаг был каким угодно, но только не необдуманным: он скорее был сделан после тщательного взвешивания возможных потерь и приобретений. Как и во многих будущих действиях Хусейна, вычисленный риск окупился, хотя известную цену ему пришлось заплатить: в середине октября 1964 года убежище Хусейна было окружено войсками службы безопасности. Возникла перестрелка, и когда у Саддама кончились патроны, он вынужден был сдаться.
Рассказ Хусейна о двух годах в тюрьме Арефа явно напоминает отсидку другого молодого революционера, которым, по его собственному признанию, арабский лидер всегда восхищался – Иосифа Сталина. Хусейн «подверг себя строгой дисциплине, вставал рано, упорно работал, много читал, был одним из основных выступающих перед товарищами по тюрьме». Этот режим позволил Хусейну отработать свою тактику и утвердить свое лидерство среди других политзаключенных. Что еще более важно, ему удалось сохранить тесные контакты с Бакром, который был уже освобожден, передавая и получая сообщения, спрятанные в одежде саддамовского малолетнего сына Удая, которого Саида приносила на свои еженедельные свидания с мужем. Хусейн уже создал себе репутацию ближайшего помощника Бакра, «устроителя», который сможет улаживать все бюрократические и организационные проблемы, целенаправленного стратега, на чью решимость восстановить власть Баас не повлияют никакие идеологические или моральные ухищрения. Степень уверенности Бакра в своем молодом сподвижнике лучше всего иллюстрирует то, что позже он назначил Хусейна заместителем генерального секретаря Иракского Регионального управления.
Как и многие другие истории, относящиеся к его подпольной деятельности, дорога Саддама на свободу из-за решетки со временем стала частью легенды Саддама. Согласно плану побега, который был разработан Хусейном вместе с двумя друзьями-баасистами, Абдель Керимом аль-Шейхли и Хасаном аль-Амири, они втроем должны были уговорить охранников, сопровождающих их в суд, остановиться в определенном багдадском ресторане и поесть. Двое из заключенных потом зашли бы в туалет, выходивший прямо на улицу, и бежали бы в заранее приготовленной машине. Третий должен был задержать охранников и попытаться уговорить их дезертировать. План был полностью выполнен. Амири остался, а Саддам и Шейхли вышли, побежали к машине, которая ждала снаружи с открытыми дверцами, и их увез Саадун Шакир, кузен Саддама и активный баасист.
Первой серьезной трудностью, с которой столкнулся Саддам после своего побега, были отношения с братской партией в Сирии. 23 февраля 1966 года военный переворот привел к власти в Дамаске радикальную марксистскую фракцию Баас. Афляк, аль-Битар и другие члены старой гвардии были арестованы, а Национальное управление, высший орган партии, был временно распущен. Хусейн и его близкие соратники взирали на это развитие событий с тревогой. Радикализация сирийского режима и его стремление восстановить Национальное управление под крылом Дамаска грозили превратить иракскую Баас всего лишь в слепого исполнителя сирийской воли. То, что сирийское руководство состояло из армейских офицеров, оказалось примером, которого Хусейн впоследствии стремился избегать. Хотя он ясно осознавал необходимость сотрудничать с армией, чтобы свергнуть Арефа, у него не было намерения делить с ней политическую власть. Он уже понял, что мощная и независимая армия всегда представляет угрозу для гражданского правительства. И самое главное – приход к власти марксистской фракции в Сирии вернул страхи относительно возможного восстания левацкой фракции иракской Баас, подавленной, но не полностью уничтоженной в 1963 году.
Не желая признавать главенство Дамаска, Хусейн инициировал Чрезвычайный региональный съезд, чтобы определить реакцию иракской Баас в ответ на сирийский вызов. Конференция, созванная в сентябре 1966 года, стала водоразделом в истории Баас. Хотя иракская Баас сформировала свое собственное панарабское Национальное управление только в феврале 1968 года, Чрезвычайный съезд, собравшийся в 1966 году, усилил идеологический и организационный раскол между партийными организациями Баас в Ираке и Сирии. Объединенная с Региональными управлениями, Баас в соответствующих странах перестала существовать. Она была заменена двумя отдельными партиями, одной в Дамаске, а другой в Багдаде, и обе они объявляли себя законными наследницами бывшей партии, и у обеих было панарабское Национальное управление, включающее представителей из других регионов. Именно с этого времени началось жестокое внутриарабское соперничество между Сирией и Ираком, ставшее характерным для многих периодов карьеры Саддама.
Сыграв ключевую роль в ускорении разрыва с Дамаском, Хусейн сосредоточился на восстановлении организации партии в Ираке, но не раньше, чем он вычистил дотоле остающихся там левых элементов. Он закончил формирование партийного аппарата безопасности (который лично возглавлял), заложил основы новой партийной милиции и расширил сеть партийных организаций по всему Ираку. Прежде всего вместе с Ахмедом Хасаном аль-Бакром и узким кругом соратников он начал расчетливо плести сложную паутину, которая должна была затянуться вокруг президента Арефа через пару лет.
Баасистам легко было устраивать заговор во многом благодаря достаточно терпимой позиции к деятельности партии со стороны иракских властей. В апреле 1966 года иракский президент Абдель Салам Ареф погиб при аварии вертолета, и президентом стал его брат, Абдель Рахман Ареф. Новый президент был слабой и бесцветной личностью, ему было все труднее и труднее примирить враждующие военные группировки, и он совершенно не мог привести в равновесие различные политические силы в стране. Осторожно ступая по ненадежным тропинкам иракской политической системы, Ареф пытался поправить свое положение, используя скорее пряник, нежели кнут. Подавление деятельности Баас значительно ослабело, и в нескольких случаях президент даже пытался наладить сотрудничество баасистов с режимом. Это, в свою очередь, позволило Баас укрепить силовую базу и терпеливо ждать подходящего момента, чтобы снова возобновить борьбу за власть.