Проведенная реорганизация создавала более благоприятные условия для работы оперативных подразделений органов государственной безопасности, поскольку они освобождались от выполнения многих функций, прямо не связанных с обеспечением самой государственной безопасности.
Органы государственной безопасности были сосредоточены на борьбе с деятельностью немецкой разведки, на выявлении и ликвидации агентов противника в тыловых районах СССР, на ведении разведки и диверсиях в тылу противника. НКВД подчинялись войска по охране тыла.
Для улучшения разведывательной работы за границей в УНКВД по Хабаровскому краю, Архангельской, Брестской, Ленинградской, Львовской и Читинской областям создавались разведывательные подразделения.
Однако дальнейшая реорганизация органов госбезопасности была прервана начавшейся агрессией фашистской Германии.
Ленинград и область ощущали дыхание войны. Только что, в марте 1940 года, закончилась война с Финляндией, но уже в апреле гитлеровские армии захватили Данию и Норвегию. После поражения Франции Германия ввела свои войска в Финляндию. Накануне войны, в марте 1941 года, в УНКВД был создан 1-й (разведывательный) отдел, заместителем начальника которого стал Сахаровский. Руководителем разведывательного отдела был назначен Леонид Иванович Кожевников — достаточно молодой (он родился в 1904 году), но уже опытный чекист. Он работал с Сахаровским с первых дней службы последнего в Водном отделе Транспортного управления УНКВД, высоко оценивал его возможности и предложил место своего заместителя.
Отдел занимался подготовкой разведывательно-диверсионных групп для заброски в тылы противника и операциями по ликвидации немецких парашютистов и других диверсантов.
Блокада Ленинграда
22 июня 1941 года фашистская Германия без объявления войны напала на Советский Союз. В этот день Ленинград официально стал фронтовым городом.
В суровые годы Великой Отечественной войны работа советских органов государственной безопасности была всецело подчинена борьбе с фашистской Германией и ее союзниками. Советские чекисты сумели в кратчайшие сроки перестроиться в соответствии с требованиями военного времени, сохранить ценные наработки предвоенного периода и наладить надежную связь с агентурой и другими оперативными помощниками.
После начала Великой Отечественной войны НКВД и НКГБ были возвращены в структуру единого наркомата — НКВД. Наркомом внутренних дел СССР остался Берия, а бывший нарком госбезопасности СССР Меркулов был назначен его первым заместителем.
30 июня 1941 года «ввиду создавшегося чрезвычайного положения и в целях быстрой мобилизации всех сил народов СССР для проведения отпора врагу, напавшему на нашу Родину», постановлением Президиума Верховного Совета СССР, Совета народных комиссаров СССР и Центрального комитета ВКП(б) был создан Государственный Комитет Обороны (ГКО) в составе: И. В. Сталин (председатель), В. М. Молотов (заместитель председателя), К. Е. Ворошилов, Г. М. Маленков и Л. П. Берия (члены ГКО).
Этим же постановлением предписывалось сосредоточить в руках ГКО всю полноту власти в государстве, а всех граждан и все партийные, советские, комсомольские и военные организации обязать беспрекословно выполнять его решения и распоряжения. Постановления ГКО имели силу законов военного времени.
Интересно отметить, что 17 октября 1941 года постановлением Государственного Комитета Обороны Особому совещанию НКВД было предоставлено право выносить приговоры вплоть до смертной казни по делам о контрреволюционных преступлениях против порядка управления СССР, предусмотренных статьями 58 и 59 Уголовного кодекса РСФСР. Решения Особого совещания были окончательными. Это постановление ГКО перестало действовать лишь 1 сентября 1953 года с упразднением Особого совещания.
Большое внимание ГКО уделял руководству борьбой советского народа в тылу врага. Во многих городах прифронтовой полосы были образованы местные чрезвычайные органы — городские комитеты обороны, объединившие под своим руководством всю гражданскую и военную власть.
3 февраля 1942 года в состав Государственного Комитета Обороны были введены А. И. Микоян и Н. А. Вознесенский, а 20 февраля — Л. М. Каганович.
Таким образом, Государственный Комитет Обороны руководил в годы войны деятельностью всех государственных ведомств и учреждений, направлял их усилия на всемерное использование материальных, духовных и военных возможностей страны для достижения победы над врагом.