Отправной точкой этого процесса стала скоропостижная смерть Андрея Александровича Жданова, члена Политбюро ЦК ВКП(б), последовавшая 31 августа 1948 года. С 15 декабря 1934 года по 17 января 1945 года он являлся первым секретарем Ленинградского обкома и горкома партии, был одним из близких товарищей Сталина, пользовался у него полным доверием и активно поддерживал молодых ленинградских активистов, которые после войны стали выдвигаться на высокие партийные и государственные посты.
Так, Жданов способствовал переводу в Москву и назначению на должность начальника Управления кадров ЦК ВКП(б) Алексея Кузнецова, который сменил его на посту первого секретаря Ленинградского обкома и горкома партии. Именно Кузнецова, по воспоминаниям Анастаса Микояна, Сталин рассматривал как кандидатуру на пост генерального секретаря ЦК ВКП(б) после своей смерти. Одновременно Сталин продвигал еще одного «ленинградца» — Николая Вознесенского, доктора экономических наук, который в середине 1930-х годов работал в исполкоме Ленгорсовета.
С первого взгляда причина раскручивания «ленинградского дела», как сейчас представляется, выглядела довольно банальной. Входившие в близкое окружение Сталина Маленков, Хрущев и некоторые другие функционеры почувствовали, что их могут оттеснить от вождя молодые руководители нового поколения — Кузнецов, Вознесенский, Родионов и другие. К тому же сам Сталин проявлял к ним повышенное внимание.
Основным поводом для заведения «ленинградского дела» послужило обвинение руководителей ленинградской партийной организации в подтасовке результатов выборов нового партийного руководства области и города в ходе конференции, состоявшейся в Ленинграде в декабре 1948 года. Это обвинение было выдвинуто против них секретарем ЦК ВКП(б) Георгием Маленковым после того, как в ЦК ВКП(б) поступило анонимное письмо. В нем сообщалось, что, хотя в отдельных бюллетенях фамилии секретарей Ленинградского обкома и горкома партии Петра Попкова, Якова Капустина и Георгия Бадаева были вычеркнуты (два-три голоса «против»), счетная комиссия объявила на конференции, что эти люди прошли единогласно.
Хотя причастность руководителей ленинградской партийной организации к искажению итогов выборов не была доказана, 15 февраля 1949 года на заседании Политбюро ЦК ВКП(б) было принято постановление «Об антипартийных действиях члена ЦК ВКП(б) тов. Кузнецова А. А. и кандидатов в члены ЦК ВКП(б) тт. Родионова М. И. и Попкова П. С.». Этим постановлением они были сняты с занимаемых постов, им было объявлено партийное взыскание — выговор.
21 февраля 1949 года Маленков с группой работников ЦК ВКП(б) прибыл из Москвы в Ленинград и в ходе закрытого заседания Ленинградского обкома и горкома принялся добиваться от партийных руководителей признания в том, что в Ленинграде существовала враждебная антипартийная группировка, попытавшаяся провести в руководящие партийные органы своих представителей. Маленкову удалось склонить некоторых партийных функционеров к признанию, что в ходе выборов «имели место отдельные недостатки».
Чтобы и дальше раскручивать «ленинградское дело», к расследованию о нарушениях в ходе выборов была притянута история с подготовкой и проведением в Ленинграде Всесоюзной оптовой ярмарки, которую, по просьбе руководителей города, официально курировал Вознесенский. Всесоюзная ярмарка прошла 10–20 января 1949 года с большим успехом. Однако, по мнению Маленкова, при ее организации были допущены серьезные нарушения. В частности, она якобы состоялась «без ведома и в обход ЦК и правительства». Заявления относительно имевших место устных договоренностей на всех уровнях, так как письменные согласования заняли бы много времени и могли неизбежно привести к порче продукции, в оправдание не принимались.
Сейчас, по прошествии времени, становится очевидным, что все эти претензии к руководителям ленинградских коммунистов прикрывали другое серьезное обвинение в их адрес, о котором в то время старались открыто не говорить.
Дело в том, что в конце 1940-х годов из Ленинградского обкома партии и ее первичных партийных организаций в ЦК ВКП(б) все чаще стали поступать предложения по созданию Российской коммунистической партии со своим ЦК и центром в Ленинграде. Как мы помним, Российская Федерация являлась единственной союзной республикой в составе СССР, которая не имела своей коммунистической партии. Одновременно предлагалось перевести в город на Неве из Москвы Совет министров РСФСР и ряд основных республиканских министерств.