В июне 1954 года было принято постановление ЦК КПСС «О мерах по усилению разведывательной работы органов госбезопасности СССР за границей». Как следовало из этого документа, значение работы по нелегальной линии должно было значительно возрасти, и Коротков стал руководить нелегальной разведкой уже в качестве заместителя начальника главка.
Коротков часто выезжал в составе оперативных групп КГБ на различные конференции. Возглавляемые им оперативные группы активно способствовали обеспечению советских делегаций важной разведывательной информацией, которая позволяла правильно ориентироваться в складывающейся обстановке и определять линию поведения на переговорах.
Наиболее сложной командировкой в послевоенные годы стала его поездка осенью 1956 года в Венгрию. Тогда он был назначен заместителем руководителя оперативной группы КГБ СССР в связи с возникшим там контрреволюционным мятежом. Возглавлял группу председатель КГБ генерал армии Серов. За успешное выполнение заданий генерал-майор Коротков был награжден очередным орденом Красного Знамени.
В декабре 1956 года Коротков возвратился в Москву, а летом 1957 года был назначен уполномоченным КГБ при СМ СССР по координации и связи с МГБ и МВД ГДР. Некоторые исследователи биографии Сахаровского пишут, что он чувствовал в Короткове конкурента и специально отправил его в ГДР. Эта версия неверна хотя бы потому, что в ГДР его направлял председатель КГБ Серов, с которым Короткова связывали тесные дружеские отношения. Более того, на плечи Короткова легло руководство самым крупным подразделением советской разведки за границей, ориентированным на ведение активной разведывательной работы против ФРГ, США, Англии, Франции и других стран — участниц НАТО, а также их объектов в Западной Германии и Западном Берлине, на оперативное проникновение в штаб-квартиру Североатлантического блока. Наряду с этим аппарат Короткова обеспечивал сотрудничество между Комитетом госбезопасности СССР и МВД ГДР, а также координацию деятельности немецких друзей и органов военной контрразведки Группы советских войск в Германии. Одновременно аппарат оказывал непосредственную помощь советским военным разведывательным службам, действовавшим с территории ГДР.
В качестве подтверждения тесного сотрудничества между Сахаровским и Коротковым сошлемся на воспоминания генерал-лейтенанта Виталия Григорьевича Павлова, бывшего одно время заместителем у Короткова.
Павлов рассказывает, что однажды в связи с оперативной необходимостью нужно было срочно выдать не очень надежной доверительной связи достаточно крупную сумму. Так как Короткова в это время в Москве не было, он находился в загранкомандировке, Павлов решил сам доложить об этом руководству КГБ. Медлить было нельзя, и с согласия начальника главка Сахаровского Павлов обратился к заместителю председателя КГБ с предложением выдать источнику деньги.
Визируя телеграмму о выдаче денег, Сахаровский сказал, что без Короткова решать данный вопрос не следует, и дал указание одновременно запросить его мнение. «Смотрите, — предупредил Сахаровский, — если Коротков не согласится или что-то не получится, вам будет трудно оправдаться».
Рассказ Павлова наглядно свидетельствует о том, что Сахаровский всегда считался с мнением Короткова, как и с мнением еще одного своего заместителя — Федора Константиновича Мортина.
Многолетний первый заместитель Сахаровского Федор Константинович Мортин был человеком несколько иного склада. Он был моложе Александра Михайловича на девять лет, имел два высших образования и солидный стаж работы в аппарате ЦК КПСС.
Федор Мортин родился 2 мая 1918 года в селе Красная Поляна Маресевского района Нижегородской губернии в многодетной крестьянской семье. Окончил среднюю сельскую школу, а в 1937 году — Арзамасский государственный учительский институт. Преподавал в родном селе физику и математику.
В 1939–1940 годах избирался секретарем районного комитета комсомола, в 1940–1941 годах работал директором районной средней школы. С 1941 по 1942 год занимал должность заведующего орготделом районного комитета партии.
С июля 1942 года до окончания Великой Отечественной войны находился на различных должностях в политотделах действующей армии, был участником обороны Ленинграда. Его ратный труд был отмечен орденами Отечественной войны I и II степени, Красной Звезды, многими медалями, в том числе — «За отвагу».
В августе 1945 года Мортин становится слушателем Военно-дипломатической академии Красной армии, изучает китайский и английский языки. После окончания академии в 1947 году его направляют на работу во внешнюю разведку. В том же году Мортин выехал в долгосрочную загранкомандировку.