Возвратился в Москву в середине 1950 года и был переведен на ответственную работу в аппарат ЦК КПСС. В конце 1954 года вновь направляется на работу в органы государственной безопасности и становится заместителем начальника внешней разведки Александра Семеновича Панюшкина, а с середины 1955 года — Александра Михайловича Сахаровского. В 1958–1971 годах занимает должность первого заместителя руководителя Первого главного управления КГБ при СМ СССР (внешней разведки).
Придя на руководящую работу в ПГУ, Мортин достаточно часто выезжал в зарубежные страны. Он был более динамичен и даже более демократичен и пытался лично вникнуть во все сферы деятельности главка. Так, помимо решения текущих вопросов Мортин сосредоточил свою деятельность на освоении ближневосточных проблем. Одну из своих первых поездок за рубеж он совершил по арабским странам. И это было осознанным решением, поскольку процессы, начавшиеся на Ближнем Востоке, в частности в Египте, и направленные на возможное сближение с Советским Союзом, требовали с нашей стороны более пристального внимания и корректировки своей внешней политики в отношении стран этого региона.
Одновременно следует подчеркнуть, что с конца 1950-х годов руководство внешней разведки органов государственной безопасности начало уделять повышенное внимание подготовке кадров и организации научно-исследовательской работы в ПГУ. А в середине 1960-х годов Мортин, будучи тогда первым заместителем начальника ПГУ, одновременно возглавлял Высшую разведывательную школу. К преподаванию в ней были привлечены наиболее опытные сотрудники разведки, проявившие себя на практической работе за рубежом. Несколько позже Мортин принимал самое активное участие в реорганизации Высшей разведывательной школы в более современное учебное заведение — Краснознаменный институт КГБ.
Федору Константиновичу Мортину вместе с Александром Михайловичем Сахаровским довелось вместе работать в один из самых сложных послевоенных периодов холодной войны, когда произошел новый раскол мира на военно-политические блоки, а Советский Союз со всех сторон был окружен сетью военных баз, в том числе с ядер-ным оружием.
Берлинский и Суэцкий кризисы, осложнение обстановки на Ближнем Востоке, распад колониальной системы, Кубинский кризис, поставивший мир на грань ядерной войны, — всё это значительно обостряло международное положение. И начальнику внешней разведки приходилось постоянно учитывать это в своей деятельности.
Сахаровский и научно-техническая разведка
Здесь хотелось бы обратить внимание на одно важное обстоятельство, на которое указывают практически все историки отечественной внешней разведки: руководящий разведывательный тандем Сахаровский — Мортин внес наибольший вклад в развитие и укрепление научно-технической разведки (НТР), своевременно поняв огромную перспективность этой деятельности. К тому же в послевоенный период, на фоне имевшего место значительного научно-технического прогресса в ведущих капиталистических странах, резко возросли потребности оборонной и научно-хозяйственных отраслей экономики в получении западной научно-технической информации, в первую очередь — секретной.
Активизации работы научно-технической разведки советских органов государственной безопасности способствовало в первую очередь принятие в середине 1950-х годов серии решений, направленных на повышение эффективности управления экономикой. Так, в ходе начавшейся в 1955 году реформы Государственного планового комитета при Совете министров СССР (Госплан СССР) 28 мая того же года был создан Государственный комитет Совета министров СССР по новой технике. Именно этот комитет в дальнейшем стал для НТР ПГУ источником взвешенных и четких ориентиров по научно-техническим проблемам, существовавшим в различных отраслях народного хозяйства нашей страны.
В 1956 году ЦК КПСС принял решение об увеличении кадрового состава отдела НТР в центральном аппарате внешней разведки и выделении дополнительного количества должностей прикрытия для сотрудников НТР в советских учреждениях за рубежом. Это позволило заметно активизировать деятельность линии НТР за границей и значительно расширить возможности получения научно-технической информации резидентурами.
Расширение возможностей НТР и повышение качества получаемой секретной технической информации потребовали от руководства главка еще более активно заниматься вопросами дальнейшего развития научно-технической разведки. Сахаровский на регулярной основе встречался с руководством и сотрудниками отдела НТР по этим вопросам.