Юный царь глубоко проникся пониманием своей особой роли и великой ответственности. С целью упорядочения русской жизни в 1547 – 1551 годах он несколько раз созывал соборы духовенства, на которых решались важнейшие вопросы церковного и государственного устройства. "Отцы наши, пастыри и учители, – обращался Иоанн к иереям и святителям, – внидите в чувства ваши, прося у Бога милости и помощи, истрезвите ум и просветитесь во всяких богодухновенных обычаях, как предал нам Господь и меня, сына своего, наказуйте и просвещайте на всякое благочестие, как подобает быть благочестивым царям, во всех праведных царских законах, во всяком благоверии и чистоте, и все православное христианство нелестно утверждайте, да непорочно сохранит истинный христианский закон. Я же единодушно всегда буду с вами исправлять и утверждать все, чему наставит вас Дух Святой; если буду сопротивляться, вопреки божественных правил, вы о сем не умолкайте; если же преслушник буду, воспретите мне без всякого страха, да жива будет душа моя и все сущие под властию нашею".
Соборы прославили новых русских святых, от которых народ ждал заступничества и благословения на нелегком пути своего служения, утвердили новый Судебник – сборник законов, определявших отправление правосудия в России, подробно остановились на благоустройстве внутренней церковной жизни. Обличая беспорядки и бесчиния, рассуждали о богослужении и уставах церковных, об иконописании (требуя от иконописцев, кроме мастерства, неукоризненной жизни), о книгах богослужебных, о просфорах и просфорницах, о благочинии в храмах, о чине совершения таинств, об избрании и поставлении священнослужителей, о черном и белом духовенстве, о суде церковном, о содержании храмов и причетов, об исправлении нравов и обычаев…
Особенно ясно благодатное состояние русского общества отразилось в знаменитом "Домострое". "Книга глаголемая Домострой имеет в себе вещи зело полезны, поучение и наказание всякому православному христианину…" – так озаглавливали переписчики свод советов и правил, определявших все стороны жизни русского человека тех времен, поражающий нас сегодня почти неправдоподобной одухотворенностью даже мельчайших бытовых деталей. "Домострой" не просто сборник советов – перед читателем развертывается грандиозная картина идеально воцерковленного семейного и хозяйственного быта. Упорядоченность становится почти обрядовой, ежедневная деятельность человека поднимается до высоты церковного действа, послушание достигает монастырской строгости, любовь к царю и отечеству, родному дому и семье приобретает черты настоящего религиозного служения.
"Домострой" состоит из трех частей: об отношении русского человека к Церкви и царской власти; о внутрисемейном устроении; об организации и ведении домашнего хозяйства.
"Царя бойся и служи ему верою, и всегда о нем Бога моли, – поучает "Домострой". – Аще земному царю правдою служиши и боишися е, тако научишися небесного Царя боятися…". Долг служения Богу есть одновременно и долг служения царю, олицетворяющему в себе православную государственность – эта мысль прочно укоренилась в сознании русского человека. В Служебнике второй половины XVI века сохранилась молитва, которая рекомендовалась как образец покаяния для служилых людей. "Согреших пред Богом и по Бозе пред государем пред великим князем – русским царем, – исповедывал кающийся. – Заповеданная мне им (царем) слова нрава нигде же сотворих, но все преступих и солгах и не исправих. Волости и грады. от государя дожах не право, а суд – по мзде и по посулу. Ох мне, грешному, горе мне, грешному! Како мене земля не пожрет за мои окая иныя грехи – преступившего заповедь Божию и закон и суд Божий и от государя своего заповеданное слово…".
Этому гласу покаяния вторит "Домострой": "Царю… не тщится служить лжею и клеветою и лукавством… славы земной ни в чем не желай… зла за зло не воздавай, ни клеветой за клевету… согрешающих не осуждай, а вспомни свои грехи и о тех крепко пекися…", "А в котором либо празднике… да призывают священнический чин в дом свой… и молят за царя и великого князя (имярек), и за их благородные чада…".
Та же часть сборника, которая посвящена вопросам семейного быта, учит, "как жити православным христианам в миру с женами и с детьми и домочадцами, и их наказывали и учити, и страхом спасати и грозою претити и во всяких делах их беречь… и во всем самому стражу над ними быть и о них пещись аки о своем уде… Вси ба есьми связаны единою верою к Богу…".
В "Домострое" есть все. Есть трогательные указания, "како детям отца и матерь любити и беречи и повиноватися им и покоити их во всем". Есть рассуждения о том, что "аще кому Бог дарует жену добру – дражайше есть камения многоценного". Есть практические советы: "како платье всяко жене носити и устроити", "како огород и сады водити", "како во весь год в стол ествы подают" (подробно о том, что – в мясоед, и что в какой пост). Есть указания по чину домашнего молитвенного правила для всей семьи – "как мужу с женою и домочадцами в доме своем молитися Богу". И все это – с той простотой, основательностью и тихой, мирной неторопливостью, что безошибочно свидетельствует о сосредоточенной молитвенной жизни и непоколебимой вере.
"Каждый день вечером, – поучает "Домострой", – муж с женою и детьми и домочадцами, если кто знает грамоту – отпеть вечерню, повечерие, в тишине со вниманием. Предстоя смиренно с молитвою, с поклонами, петь согласно и внятно, после службы не есть, не пить и не болтать никогда… В полночь, встав тайком, со слезами хорошо помолиться Богу, сколько можешь, о своих прегрешениях, да и утром, вставая, так же… Всякому христианину следует молиться о своих прегрешениях, и об отпущении грехов, о здравии царя и царицы, и чад их, и братьев его и сестер и христолюбивом воинстве, о помощи против врагов, об освобождении пленных, и о святителях, священниках и монахах, и об отце духовном, и о болящих, о заключенных в темницы – и за всех христиан…"
В 1589 году Богу, наконец, было угодно дать русскому народу свидетельство о том, что Россия правильно поняла свой долг. За три года до того в Москву прибыл для сбора милостыни Антиохийский патриарх Иоаким. Благочестивый царь Феодор Иоаннович, прозванный за очевидную святость жизни "освятованным" царем, высказал тогда церковному собору и боярской думе свое желание установить патриаршество на Руси. Обладавший пророческим даром, царь как бы предвидел испытания, ожидавшие народ по пресечении династии Рюриковичей, и торопился дать православному русскому царству в лице патриарха опору, которая должна была удержать его от разрушения. Переговоры с Антиохийским патриархом были поручены Годунову. Иоаким согласился с желанием Феодора и обещал обсудить дело с другими патриархами. Те, решив уважить просьбу русского царя, положили было отправить в Россию для участия в поставлении Иерусалимского первосвятителя. Однако "чин особого смотрения" Божия о России требовал, видно, чтобы преемственность русского служения была явлена миру во всей полноте и непререкаемости. Нужды Константинопольской (бывшей Византийской) церкви, гонимой султаном Амуратом, потребовали приезда в Москву самого патриарха Константинопольского Иеремии, знаменитого своей духовной ученостью и страданиями за Церковь. Он прибыл в Москву в июле 1588 года, сказав Феодору: "Слышав о таком благочестивом царе, пришел я сюда, чтобы помог нам царь в наших скорбях". С собой Иеремия привез соборное определение об открытии патриаршества на Руси.