Мальтийские рыцари производили большое впечатление на Павла I с самого детства, потому что по приглашению его матери они приезжали учить адмиралов флота морскому военному искусству. Екатерина Великая намеревалась создать сильный морской флот, как много лет назад наметил Петр I.
Павел I был знаком с реальностью Французской революции, поэтому боялся влияния якобинцев на Россию. Рассказывается, он был так одержим этой боязнью, что думал, будто якобинцы прячутся за каждой дверью. Зная, что лишившиеся достояния Мальтийские рыцари являются смертельными врагами якобинцев, царь Павел I любезно принял их в своей стране, уделял им много внимания и сделал определенные уступки. Большинство рыцарей были французы, другие были родом из Германии, Польши, Австрии, Дании, Швеции, Испании и Италии. Рыцари выбрали царя Павла I новым великим магистром ордена, и все свое внимание сосредоточили на уничтожение наполеоновской Франции с помощью России.
24 марта 1801 года при загадочных обстоятельствах внезапно был убит Павел I. Была неясна сама причина убийства. Несколько влиятельных источников поясняют этот факт. Б. Хэдстром (B. R. Headstrom) в своей книге «Рассказ о России» пишет: «Жестокий Прибалтийский немец, военный губернатор Санкт- Петербурга граф Пален, которому Павел I всячески доверял, был организатором заговора против царя. Оказывается, старший сын Павла I Александр, который придерживался более либеральных взглядов и страдал от тирании отца, согласился, чтобы отец был смещен с трона, но при условии, что Павлу будет сохранена жизнь. Павел чувствовал, что может возникнуть направленный против него заговор, но не успел принять защитных мер. Заговорщикам удалось от него отделаться. Ночью 24 марта они вторглись во дворец, в спальню императора и потребовали его отставки. При возникшей потасовке, фонарь опрокинулся, Павел был повален на землю и задушен офицерским шарфом».
Нина В. и Филмор Хайд (Nina V. & Fillmore Hyde) в книге «Россия тогда и всегда» приводя описание убийства Павла I, указывает на большое количество заговорщиков, раскрывает озабоченность иностранцев царскими делами . Они пишут: «Заговор организовало знатное дворянство России, недовольное внутренней и внешней политикой Павла I, при поддержке посольства Англии».
Ходили слухи, что в заговоре против царя также участвовали царский караул и его сын Александр.
Новый царь Александр оказал содействие тому, чтобы Наполеон в 1802 году подписал Амъенский договор, который разрешил возвратиться на Мальту законным ее владельцам – рыцарям ордена святого Иоанна Иерусалимского, но договор нарушила Англия. Она по стратегическим соображениям оккупировала Мальту и не намеревалась ее возвратить рыцарям Ордена.
В то время Наполеон чрезвычайно нуждался в средствах для проведения своей агрессивной политики захвата новых территорий. По этой причине Соединенным Штатам была продана Луизиана, за которую Наполеону было заплачено пятнадцать миллионов долларов. Таким образом, в Европе был открыт ящик Пандоры, принесший бесчисленное количество бед и несчастий, а Наполеону предоставивший большие возможности и силу.
Между 1803 и 1807 годами усилиями Западной дипломатии Россия была вовлечена в войну с Наполеоном. Англия пообещала заплатить царю России Александру I пять миллионов фунтов стерлингов за участие в военных действиях против Наполеона. Армию России в основном составляли новобранцы из порабощенных территорий. Они были неряшливы и плохо вооружены, среди них было много больных, раненых, обреченных на смерть. Многие места, особенно в Польше и Литве, были поражены эпидемиями. Россия старалась скрывать плохие известия о своих поражениях, чтобы они не распространились среди населения. По дорогам России гнали колонны военнопленных французов, чтобы создалось впечатление о «победах» и вдохновлялись патриотические настроения. В 1805 году Россия вместе с Пруссией потерпела поражение под Аустерлицем. Эта битва, наверное, была самой лучшей победой в карьере Наполеона. В 1807 году он достиг еще одной внушительной победы над Россией и Пруссией в битве под Фридландом. Наконец царь Александр I попросил мира.
В июле 1807 года Александр I встретился с Наполеон на плоту на Немане, подписал Тильзитский договор и тем самым отдал половину Польши. Наполеон, получив эту территорию, создал Варшавское княжество и поручил управление ею королю Саксонии. После капитуляции Наполеону, царь не желал обнародовать в России условия договора и все еще держал огромные армии в Литве.
Делегации литовцев в Тильзите встретились с государственным секретарем Наполеона Бассаном и предложили организовать в России восстание. Они просили, чтобы Франция им помогла, то есть вторглась в Россию, но революционерам пришлось ждать еще пять долгих лет, пока Наполеон в июне 1812 года не объявил войну России.
В то время годные для несения военной службы жители Литвы и Самогитии были сильно истощены и разбросаны по всем сторонам. Тысячи из них уже служили в войсках Наполеона, другие принадлежали к силам Варшавского княжества, готовые возвратиться домой как освободители, третьи были забраны воевать за Пруссию, а еще больше их было в рядах мобилизованных рекрутов России.
Известие, что началась война, пришло во время пышного приема и бала, устроенного в честь визита Александра I в Литву, где была временно учреждена столица России и работали ее министерства. Аристократы Литвы и Польши крутились вокруг царя, изъявляя притворную лояльность в надежде на его благосклонность. Роскошь изысканного приема была неописуема, поэтому его срыв был сочтен как смертельное оскорбление. После получения этого шокирующего известия, царь Александр объявил об отъезде, словно отложил прием на другой раз. Царь и его свита, собравшись в течение нескольких часов, срочно удалились вглубь страны и начали воплощать в жизнь по отношению к врагу политику «выжженной земли».
28 июня 1812 года Наполеон прибыл в Вильну. Аристократы Литвы и Польши устроили ему пышный прием и бал в том же самом месте, где несколько дней назад так грациозно поднимали бокалы в честь царя. Те самые дамы танцевали уже с новыми важными иностранными гостями, выражая бессмысленную элегантность.
В целях практичности Наполеон устроил в тылу надежную опорную базу и центр связи. Вильна была выбрана в качестве штаб-квартиры Великой армии Наполеона, а также штаба французской дипломатии. Таким образом, Вильна стала временной столицей Франции.
Наполеон, не теряя времени, освободил крепостныхв Самогитии. Крестьяне Литвы и Польши, услышав это известие, тоже надеялись на свободу, но польско-литовская знать убедила Наполеона воздержаться от подобных действий в их странах. Наполеон обратился к крестьянам и пообещал, что когда он одержит победу над Россией, упразднит крепостное право. Эта ошибка дорого стоила Наполеону. Верные ему аристократы собрали лишь тридцать тысяч плохо обученных и еще хуже обеспеченных новобранцев – «армию Фальстафа». Раздраженный Наполеон отомстил им – отказал дворянству в будущем получать их бывшие привилегии во время правления временного правительства великого княжества литовского, которое он учредил постановлением от 1 июля 1812 года. Заносчивая шляхта Литвы и Польши выражала недовольство, и требовала восстановить бывшую унию, а также беспредельные привилегии знати. Однако Наполеон был другого мнения.
Французские генералы, идя следом за отступающим противником и сталкиваясь с последствиями политики «выжженной земли», старались набрать как можно больше войск, а Литву превратить в главную базу снабжения и связи для продвигающейся вперед Великой армии Наполеона. Императорский декрет по учреждению временного правительства Литвы основное внимание уделял именно этим, чисто военным целям.
Генералы армии Наполеона, привыкшие, что во всей Европе для них были подготовлены пути для продвижения крупных военных подразделений, здесь столкнулись с большими трудностями. Во время короткого форсированного марша из Ковна в Вильну король Неаполя потерял более пятнадцати тысяч лошадей. Маршал Даву (Louis-Nicolas D’Avout) резко протестовал, что в бедной стране растрачивается великолепная артиллерия. Во время этого короткого похода дезертировало более пятидесяти тысяч французских солдат, в то время как датские подразделения опустошили окрестности Лиды и Трок.