В апреле 1933 года, когда А. И. была арестована первый раз, на следствии она не отказывалась от своего знакомства с Зубакиным, но отрицала какое-либо участие в его организации: «…ни о какой мистической или иной группе я не знаю и ни в какой из них не участвовала». Пробыв в заключении 64 дня, была освобождена (Горький?) постановлением ОС при Коллегии ОГПУ.
Однако на этом дело не кончилось.
Как явствует из материалов следственных дел, хранящихся в Государственном архиве Российской Федерации, спустя четыре года после первого ареста, А. И. вновь арестована 2 сентября 1937 года в г. Тарусе. Из Тарусы вместе с сыном отправлена на Лубянку, а затем в Бутырки.
Следствие длилось четыре месяца. Первые вопросы относились к восьмиконечному кресту, изображенному на фото. Анастасия Ивановна отвечала, что этот крест хранился у нее на квартире более двух лет, примерно до 1935 - 1936 года, название креста - «Сакрэ-Кэр» («Священное сердце»), получила его от Б. М. Зубакина, дорожила им как реликвией, но когда, кому и почему отдала, не помнит.
Следствие выбивало имена участников «организации», сведения о ее структуре. Вот протоколы, донесшие сильно отретушированные вопросы-ответы.
Следователь: «Кто такой Зубакин?»
А. Цветаева: «Мой друг. Он - поэт, скульптор, талантливый импровизатор и философ. Познакомилась с ним в 1922 году в Союзе писателей в Москве. Сблизила нас общность этических и философских взглядов, а также отношение к религии и искусству. Наша дружба и личное общение продолжались до самого последнего времени, хотя в последнее время переписка и встречи стали редкими».
Следователь: «Каких философских и религиозных взглядов держится Зубакин?»
А. Цветаева: «По своим философским взглядам Борис Зубакин - идеалист. Он интересуется каббалой, мистикой и вопросами древних религиозных учений. Я разделяю эти взгляды Зубакина».
Следователь: «Назовите фамилии Ваших и Зубакина знакомых, разделяющих философские и религиозные взгляды Зубакина».
А. Цветаева: «Из таких лиц мне известны Валентин Николаевич Волошинов и Леонид Федорович Шевелев. Оба эти лица - ныне умершие».
Следователь: «Кто еще разделял философские и религиозные взгляды Зубакина из известных Вам лиц?»
А. Цветаева: «Кроме Волошинова и Шевелева, лиц, разделявших взгляды Зубакина, я никого не знаю».
Следователь: «Назовите фамилию Анастасии, проживающей в Смоленске, которая в 1936 году приезжала в Москву на панихиду по Ивашеву».
А. Цветаева: «Назвать фамилию Анастасии я отказываюсь из тех соображений, что этот человек ничем себя не скомпрометировал, и если будет известна фамилия Анастасии, то она будет привлечена к ответственности невинно».
И вот, наконец, обвинительное заключение сформулировано.
«В предъявленных обвинениях виновной себя не признала, но полностью изобличается показаниями участников организации», которые назвали ее «активнейшим членом организации», «секретарем организации и хранителем архива и реликвий «Ордена».
Постановлением судебной тройки от 10 января 1938 года Анастасия Ивановна Цветаева была приговорена к десяти годам заключения в ИТЛ (исправительно-трудовых лагерях), а уже в феврале отправлена в лагерь НКВД БАМ в район Хабаровска. С сентября 1941 года работала на Ургальском строительстве: до сентября 1942 года - в пос. Тырма, затем до конца срока - в лаг. № 4 на ст. Известковая Еврейской АО; в сентябре 1947 года была освобождена из заключения.
С октября 1947 жила в пос. Печаткино, Сокольского района, Вологодской обл., куда приехала к сыну, работавшему на Архбумстрое, и подрабатывала частными уроками английского языка.
Группа Б. М. Зубакина прекратила свое существование в 1937 году, все члены ее были арестованы, а Б. М. Зубакин расстрелян в 1938 году.
17 марта 1949 года А. Ц. была вновь арестована как «активная участница, идеолог и одна из руководительниц фашистской организации, действующей под прикрытием мистической организации "Орден Розенкрейцеров", которая ставила своей целью свержение советской власти и установление фашистской диктатуры».