Под давлением превосходящих сил противника филиппинцы отступали. Уже в марте они оставили столицу молодой республики город Малолос. Многие деятели революции отказались от дальнейшей борьбы и вернулись в Манилу, признав власть американцев. Однако военное покорение архипелага оказалось задачей нелегкой: революционные войска не желали складывать оружие. Некоторые действия Агинальдо показывают, что сам он был не против сотрудничества с завоевателями, тем не менее в глазах народа он по-прежнему оставался героем. Поэтому американцы старались устранить его и, если удастся, использовать в своих целях.
23 марта 1901 г. группа солдат оккупационной армии под видом пленных проникла в лагерь Агинальдо и схватила его. 1 апреля он был доставлен в Манилу, 19 апреля принял присягу на верность США и обратился с воззванием к народу. В нем говорилось: «По зрелом размышлении я решительно заявляю перед миром, что не могу не внять голосу народа, требующего мира, и жалобам тысяч семейств, стремящихся, чтобы их близкие воспользовались свободой и обещанной щедростью великой североамериканской нации». На этом карьера Агинальдо фактически закончилась. Он жил еще очень долго (умер в 1964 г. в возрасте 94 лет) и последние годы был на пенсии, хотя его возили на все торжества: дряхлый, не передвигавшийся без посторонней помощи человек символизировал «преемственность в осуществлении идеалов независимости».
Вооруженная борьба молодой республики с одной из сильнейших капиталистических держав завершилась победой колонизаторов. Относительно быстрое покорение архипелага следует приписать не только военному превосходству США (фактически филиппинцы сражались ножами и копьями против винтовок), по и политике, направленной на привлечение местной верхушки. В этом американцы не повторили испанцев.
Поначалу США рассматривали острова лишь как стратегически важный опорный пункт для проникновения в Азию. Американские правящие круги имели смутное представление об экономических выгодах, которые могла дать новая колония, но первые бизнесмены, прибывшие сюда вскоре после подавления основных очагов сопротивления, довольно быстро убедились, что Филиппины ценны и сами по себе, в качестве объекта непосредственной эксплуатации.
В отличие от своих предшественников, американцы полагали, что их господство станет более прочным, если они введут здесь американские институты и сделают ставку на местную олигархию. И действительно, последняя охотно откликнулась на призыв к сотрудничеству. Ее представители, боровшиеся против испанского владычества, поняли, что новые колонизаторы готовы предоставить им права, которых они были лишены при испанцах. Сотрудничество с богатой капиталистической страной сулило им немалые выгоды, тогда как борьба против нее помимо несомненного военного поражения могла привести к нежелательным изменениям в социальной структуре общества. Правда, части элиты, воспитанной на испанской культуре, не нравился устанавливаемый порядок, некоторые не могли так сразу отказаться от идеала независимости, однако классовые интересы в конце концов взяли верх.
Американцы с самого начала заявляли, что их цель — подготовить филиппинцев к политической самостоятельности, поэтому сотрудничество с ними можно было представить не как отказ от борьбы за свободу, а как вклад в дело обещанной самостоятельности. И хотя партизанская борьба против колонизаторов продолжалась еще несколько лет, исход ее был предрешен.
Осуществлявшуюся американцами «филиппинизацию» государственного аппарата олигархия, естественно, встретила благожелательно: власть передавалась именно ей. С другой стороны, допуск филиппинцев к управлению сулил новым господам несомненные преимущества: «сильные люди», имевшие влияние в низах и использовавшие традиционные связи, добивались умиротворения гораздо скорее, чем это могли бы сделать американцы с помощью оружия.
Постепенно в стране вводилось новое законодательство, олигархии предоставлялись все более широкие права — разумеется, на условиях лояльности. Муниципальные власти теперь избирались, хотя право голоса ограничивалось многочисленными цензами: оно предоставлялось только мужчинам в возрасте от 23 лет, проживавшим в данной местности не менее шести месяцев, владевшим собственностью, которая оценивалась не менее чем в 500 песо, и умевшим говорить, читать и писать по-английски или по-испански. Два последних ценза — имущественный и образовательный — фактически лишали народные массы права участвовать в выборах.
Филиппинцы были допущены и в органы провинциального управления, ранее доверявшегося исключительно испанцам, но должности казначея и ревизора некоторое время еще занимали американцы, они же на первых порах составляли большинство в Верховном суде. Будущие руководители страны проходили практику государственной деятельности на посту губернаторов провинций.
В 1907 г. была создана филиппинская Ассамблея с правом законодательной инициативы — прообраз парламента. Члены ее избирались, однако из-за многочисленных ограничений в выборах участвовало не более 3 % населения. Спикером Ассамблеи стал Серхио Осменья, а лидером большинства — Мануэль Кэсон; эти два деятеля сыграли видную роль в истории Филиппин первой половины XX в. Американский губернатор мог наложить вето на любое решение Ассамблеи, кроме того, любой ее акт мог быть «отменен, изменен и дополнен президентом США». Работа Ассамблеи строилась по тем же принципам, что и в конгрессе США, хотя выдвигался вопрос о принятии процедуры испанских кортесов.
Таким образом права филиппинской олигархии были значительно расширены, она получила доступ в аппарат провинциального и центрального управления, чего не было при испанцах. Американцы недвусмысленно дали понять, что от «эффективности» деятельности выборных органов зависит будущее страны: здесь проверялась способность филиппинцев к самоуправлению. Местная правящая верхушка старалась оправдать эти надежды.
Обеспечив лояльность олигархии, доказавшей свою преданность новым хозяевам, США смогли безбоязненно пойти на дальнейшие уступки. В 1916 г. филиппинцев допустили в исполнительные органы, они были даже поставлены во главе некоторых департаментов (министерств). В законодательном органе была создана вторая палата — сенат. Структура государственного устройства еще более приблизилась к американской. Между председателем сената Кэсоном и спикером палаты представителей (бывшая Ассамблея) Серхио Осменья началась борьба за власть, завершившаяся победой Кэсона.
При всем том взаимоотношения филиппинской верхушки с американскими властями не всегда были гладкими. Многие мероприятия колонизаторов казались ей ненужными и даже вредными, особенно если они ослабляли традиционные связи. В таких случаях она нередко шла на прямой саботаж. Отдельные ее представители знали, сколь сильно в народе стремление к независимости, и учитывали его в своей деятельности. С этим приходилось считаться и колонизаторам. В 1934 г. Филиппинам была предоставлена автономия. По закону, принятому конгрессом США, страна должна была получить полную самостоятельность «4 июля, через десять лет после предоставления автономии», т. е. в день американской независимости. Специально созванная Конституционная ассамблея утвердила конституцию, списанную в основном с американской. Пост президента автономных Филиппин занял Мануэль Кэсон, пост вице-президента — Серхио Осменья.
Тем временем обстановка на Дальнем Востоке становилась все напряженнее. Надвигалась вторая мировая война. Филиппинцам (теперь их называли «маленькими коричневыми американцами») предстояло пройти через великие испытания. В США понимали, какую угрозу несет милитаристская Япония, и приняли меры (как показали дальнейшие события, совершенно недостаточные) для укрепления обороны архипелага. Начальник американского генерального штаба генерал Дуглас Макартур, сын участника и сам участник покорения островов, был назначен военным советником при филиппинском правительстве. До 1940 г. в его штабе работал майор Дуайт Эйзенхауэр, будущий президент США.