К X в. некоторые из этих воинов сформировали почти автономные местные соединения. Кое-кто пользовался дурной славой преступника, как, например, Тайра-но Масакадо (ум. 940), дошедший до того, что объявил себя императором. Другие, такие как Минамото-но Мицунака (913–997), чье обращение в буддизм описывается не без иронии во многих источниках, создали свои сферы влияния и накопили богатства, но при этом не теряли тесных связей с центральными властями и часто служили губернаторами провинций. В любом случае, в целом они были ориентированы на единство страны. Говорят, что Масакадо выступил против императорского двора и создал свой собственный, ибо желал укрепить свое положение в правительстве, но не смог получить желанный пост в императорской гвардии. Он был убит посланниками двора.
Как и можно было ожидать, внутри каждой группы развивались тесные взаимоотношения «господин – слуга». Важнейшим фактором, способствовавшим этому, стала необходимость защиты земель. Особую роль тут сыграли Первая Девятилетняя война (1051–1062) и Вторая Трехлетняя война (1083–1087) за подчинение могущественных северных кланов Муцу и Дэва. Именно во время этих войн клан Минамото (в китайском прочтении: Гэндзи) укрепил свои силы и стал ведущим в восточной области, Канто. Сходными, хотя и менее заметными путями, клан Тайра (в китайском прочтении: Хэйдзи или Хэйкэ) захватил ведущую роль в западной области, Сайгоку или Сайкай. Оба клана происходили от императорского дома.
Как уже отмечалось, статус самураев изменился во второй половине XII в. Это произошло в два этапа.
В 1156 и 1159 гг. в Киото, резиденции правительства, произошли короткие вооруженные столкновения, явившиеся непосредственным результатом борьбы за власть внутри императорского дома. В них участвовали и воины Тайра и Минамото, и члены обоих кланов, запутавшиеся в бесчисленных интригах. В конце концов победу одержал ведомый Киёмори (1118–1181) клан Тайра. Соперничающий клан Минамото был побежден.
Но не военный итог конфликта стал главным. В 1160 г., год спустя после второго столкновения, Киёмори был назначен санги, «императорским советником» в Большой Государственный Совет. Воин впервые удостоился такой чести.
Этот факт имел историческое значение: допуск воина в высшие круги власти положил конец статусу самурая как наемника придворных аристократов, или, по оригинальному выражению Карла Фрайдея, «нанятому мечу». Киёмори пошел дальше: в 1167 г. он стал главным министром и сосредоточил в своих руках огромную власть.
Второй этап изменения статуса самурая стал следствием еще одной военной борьбы, вновь между кланами Минамото и Тайра, но на этот раз долгой и в масштабе всей страны. В 1180 г. клан Минамото, возглавляемый Ёритомо (1147–1199), находившимся в ссылке в Камакура, поднял армию против Тайра и нанес ему поражение в 1185 г. Но Ёритомо поступил иначе, чем Киёмори. Если последний собрал в своих руках все нити власти в центре, то первый, напротив, в целом оставался в стороне от императорских дел. Лишь в 1190 г., спустя пять лет после победы, он прибыл в Киото на аудиенцию к императору Готоба (1180–1239) и удалившемуся от дел императору Госиракава (1127–1192). Он был назначен гондайнагоном, «действующим главным советником», и тайсё, «командующим» Левого крыла стражи Внутреннего дворца. Но уже в следующем месяце он отказался от обоих постов. В 1192 г. он был назначен сёгуном, но два года спустя подал в отставку. Очевидно, что его больше интересовало создание своего собственного правительства.
Созданный им орган управления позднее получил название Камакура Бакуфу (бакуфу – изначально ставка главнокомандующего на войне). Таким образом, вплоть до Реставрации императорской власти в 1868 г., именно это «правительство внутри правительства» представляло собой реальную власть, а двор в Киото оставался лишь «источником почестей и местом свершения государственных церемоний и ритуалов».
Камакура Бакуфу просуществовало до 1333 г., когда император Годайго (1288–1339), встав на защиту абсолютной императорской власти, временно взял верх. Более чем за сто лет до него, в 1220 г., император Готоба попытался сделать то же самое и поднял против Камакура армию, но его войска были разбиты, а сам он – отправлен в ссылку. Годайго оказался удачливее. Поначалу, как только он захотел вернуть себе власть, его также арестовали и отправили в ссылку, но он смог вернуться, уничтожить правительство Камакура и стать подлинно «Наивысшим». Но плохое управление – а особенно награждение придворной знати, а не воинов – практически сразу же вызвало недовольство. Вскоре поднял восстание Асикага Такаудзи (1305–1358), прежде предавший Камакура и примкнувший к дому Годайго. В нескольких сражениях он нанес поражение полководцам Годайго, в том числе и самому способному и преданному, Кусуноки Масасигэ (1294–1336). Он сам назначил императора и заставил Годайго отдать символы императорской власти, «три божественных сокровища»: зеркало, меч и драгоценный камень. В 1338 г. он провозгласил себя сёгуном.