Таким образом, книги и документы (торимаки), связанные с традициями, искусствами, техническими приемами ниндзюцу, считались тайными семейными сокровищами, которые каждое поколение должно оберегать и передавать следующему. Они содержали инструкции, касающиеся той боевой техники, которую ниндзя должен был изучить и освоить на самом высоком уровне мастерства (включая технические приемы таких традиционных боевых искусств, как стрельба из лука, фехтование на копьях и мечах). В свою очередь, ниндзя умело адаптировали эти искусства, приспосабливая их для своих дьявольских целей. Например, вместо длинного боевого лука они использовали короткий разборный и также изобрели складное телескопическое копье, производившее шокирующее воздействие, когда оно внезапно вытягивалось в полную длину.
Члены Кюсин Рю, одной из школ ниндзюцу, прославились благодаря своим нетрадиционным методам боевого применения копья (бисэто). Кроме того, они использовали мечи и другие схожие клинки, установленные на концах различных складных шестов, к которым также прикреплялись цепи для быстрого возвращения оружия после броска; часто лезвия выстреливали скрытые пружины, или их просто бросали рукой в соответствии с техникой сюрикэндзю-цу. Ниндзя также прекрасно владели техникой иайдзюцу, которая позволяла им выхватывать мечи и кинжалы с молниеносной быстротой. Фудо Рю, еще одна школа ниндзюцу феодальной Японии, считалась самой передовой в развитии этого конкретного вида виртуозного обращения с клинками.
Однако ниндзя располагали также полным набором специализированного оружия, приспособленного для их конкретных целей, каждое из которых имело свой собственный, тщательно проработанный метод использования. Выдувные трубки, веревки с ножами и крючками, удавки, различные шипы (тоники), бронзовые кастеты (суко), широкий ассортимент маленьких лезвий для метания (сюрикэн), включая кинжалы, дротики, звездообразные диски и т. д., составляли их арсенал. Сюрикэн, или «иглы», обычно носили на специальном ремешке, в связке по пять штук, и ниндзя могли метать эти смертоносные снаряды в быстрой последовательности, из любого положения, при любом освещении и с разной дистанции. Методы метания сюрикэн были сгруппированы и приобрели статус самостоятельного искусства (сюрикэндзюцу). Даже члены воинского сословия изучали его технику, чтобы использовать свои короткие мечи (вакидзаси), кинжалы (танто) и ножи (такие, как когатана и кодзука) с большей точностью и эффективностью на длинной дистанции. Сюрикэн также могли иметь форму звездообразного диска с многочисленными острыми лучами, отходящими от сплошного центра. Эти острые звездочки, которые иногда называли сакэн, ниндзя бросали резким движением кисти, и, быстро вращаясь, они летели по направлению к цели, часто ничего не подозревающей до тех пор, пока не становилось слишком поздно. Особенно знаменитыми были цепочки или шнуры с вращающейся гирькой на одном конце и обоюдоострым лезвием на другом (кётэцу-согэ), которыми ниндзя умели пользоваться с безжалостной точностью. В их арсенале был и бамбуковый посох, выглядевший совершенно невинно в руках невооруженного с виду путника — посох, однако, с одного конца скрывал цепь с гирькой, а с другого был утяжелен свинцом.
Способность ниндзя проникать во вражеские укрепления (дома, замки, военные лагеря, отдельные комнаты и т. д.) была основана на его знании практической психологии, а также владении впечатляющим набором специального инвентаря (веревки с крючьями, веревочные лестницы, специальные ботинки, ручные шипы и т. д.), часть которого он мог использовать и в качестве оружия. Кроме того, он обычно брал с собою дыхательные трубки и надувные мехи, позволявшие ему долгое время оставаться под водой и со сравнительно легкостью пересекать рвы замков, озера или болота. Будучи искусным химиком, ниндзя часто использовал отравленные дротики, брызгающие кислотою трубки, ослепляющие гранаты, дымовые шашки и т. д., умело адаптируя для своих конкретных нужд древнекитайские достижения в химии и в изготовлении взрывчатых веществ. После появления в Японии португальцев он добавил к своему арсеналу и огнестрельное оружие. Все эти приспособления в дополнение к острым колючкам, которые он разбрасывал за собой, прикрывая свое отступление, помогали ему избежать пленения, замедляя, ослепляя, убивая, калеча или просто пугая преследователей.