По своей структуре каждый клан состоял из центрального, доминирующего дома или семьи, который давал ему имя, и различных социальных групп, известных, как томо или бэ. Ниже этих двух категорий, на самом дне иерархической лестницы клана, располагались бесправные рабы или яцуко, которые не имели права носить родовое имя. Все — без исключения — подчинялись власти вождя (удзи-но-оса), являвшегося абсолютным и бесспорным лидером клана. Эта интересная фигура, по всей видимости, играла доминирующую роль в определении его направлений и функций жизни.
Изначально, будучи военным лидером, о чем свидетельствует факт вторжения из континентальной Азии, он впоследствии превратился в наследственного представителя богов на земле и считался связующим звеном с божественными силами. По мере того как военное искусство вследствие естественного процесса разделения функций и ролей в эпоху перехода к оседлому образу жизни постепенно становилось прерогативой лидеров более низкого ранга, способность общаться с богами, раскрывать тайны и взывать к силам природы с помощью молитвословий (норито) и сложных ритуалов (мацури) стала основной ролью и функцией высших лидеров кланов и в определенной степени самого императора.
Здесь следует отметить, что этот религиозный характер в конечном итоге стал одним из самых важных атрибутов власти и привилегированного положения. Каждый клан, которому впоследствии было позволено появиться, независимо от того, кто являлся его основателем, считал основными свидетельствами своей силы мистические способности своего лидера.
Образцы вертикального, мистического превосходства стали появляться и среди тех групп людей, которые обладали какими-то специальными, профессиональными навыками, таких, как гончары, плотники и каменщики, независимо от того, работали ли они самостоятельно или, что было значительно чаще, принадлежали к какому-нибудь могущественному аристократическому клану. В первом случае члены этих профессиональных гильдий смотрели на своих собственных лидеров как на хранителей некоего сокровенного профессионального знания, божественного откровения, которым владели только они. Во втором случае простые ремесленники и их лидеры смотрели на вождя клана удзи-но-оса, чьи намеки на собственное божественное происхождение придавали ему особую политическую силу, как на носителя еще более глубокого тайного знания.
Самым ярким примером этой мистической традиции в наши дни могут служить кузнецы и мастера боевых искусств, которые в своей практике нередко обращаются к тайным ритуалам и церемониям, прямо или косвенно связанным с метафизическими областями человеческого существования. Этот элемент появлялся снова и снова как важный фактор в эволюции будзюцу.
Клан как основная социальная единица достигал самодостаточности за счет возделывания собственных рисовых полей, а также самостоятельного производства предметов утвари, текстиля, сельскохозяйственных инструментов и, конечно же, оружия. С самого начала история этих кланов отнюдь не была историей мирного сосуществования. Древнее оружие, найденное в курганах и дольменах, относящихся к периоду от 250 г. до н. э. до 560 г. н. э., свидетельствует о том, что в эту эпоху национального формирования доминирующим условием существования являлась война. К 600-м годам оружие японцев стало весьма совершенным. Китайские записи, составленные при дворе династии Суй на основании свидетельств японских посланников за век до появления первого письменного памятника японской словесности, рассказывают, что «луки, стрелы с железными и костяными наконечниками, мечи, арбалеты, длинные и короткие копья, доспехи из лакированных кож составляют их боевое снаряжение» (Brinkley 2, 182–183).
Ученые до сих пор заняты поисками других, более ясных свидетельств, касающихся истории пяти древних кланов кобэцу. Отомо, Кумэбэ, Накатоми, Имибэ и Мононобэ, которые упоминаются в древних японских анналах наряду с кланом императора Дзимму, Ямато.
В конечном итоге этот клан достиг неоспоримого превосходства над всеми другими. Главные лидеры клана Ямато и их потомки становились императорами Японии, которые считались титулованными правителями нации, а его культ богини солнца Аматэрасу затмил и поглотил все остальные культы, стоящие у корней синто, традиционной религии Японии. Каждый крупный клан имел собственные отряды воинов, но, судя по всему, особый интерес к искусству боя, а следовательно, и к его специализациям проявляли три клана. Например, клан Отомо порой называли Великие Эскорты, Кумэбэ — Военные Корпорации, а Мононобэ — Корпорации Оружия, в то время как Накатоми и Имибэ были в большей мере заняты религиозными и политическими функциями. Не ясно, являлись ли эти военные кланы и связанные с ними «корпорации» (бэ) независимыми структурами (как феодальные кланы, появлявшиеся в провинции много веков спустя), или же они просто представляли собой ветви императорского клана, через которые тот осуществлял свою политику экспансии и централизации власти. Учитывая постепенную, но беспрерывную консолидацию власти кланом Ямато, второе предположение кажется более достоверным. Однако само существование и особая компактность этих первых военных кланов ясно указывают на существование сильной оппозиции и соперничества среди различных политических сил в дополнение к сопротивлению враждебных айнов на постоянно отступающих границах.