Интересно отметить, что, когда эдиктом 1867 года было формально провозглашено возвращение власти императору в Киото, отряды «знаменосцев», большое количество «домашних вассалов» и воинов из кланов, преданных Токугава, начали быстрое передвижение из Осака в сторону Киото с намерением подавить то, что, по их мнению, являлось бунтом изменников против сёгуната, который правил страной и обеспечивал им безбедное существование на протяжении нескольких веков. Они были разбиты в сражениях при Тоба и Фусими императорскими войсками, официально объявлены врагами императора и оттеснены обратно к Эдо. Наконец, в 1868 году, по приказу самого сёгуна (который бежал из осажденного города) они сдались. В конечном итоге большинство этих некогда гордых представителей военной силы и власти были вынуждены оставить свои особняки в Эдо, распустить собственных слуг и вернуться к своим ленам в провинции (если они не были конфискованы) либо заняться коммерческой деятельностью.
Во времена Токугава, находясь на высоте своего привилегированного положения, хатамото и гокэнин жили в особняках, расположенных в западной и северной части замка сёгуна в Эдо. Этот величественный и роскошный замок, по сути, представлял собой огромный военный анклав, где внутренние рвы окружали особняки предводителей наиболее могущественных кланов, доказавших свою преданность сёгуну. Резиденции военных лидеров рангом пониже располагались ближе к периферии этого огромного сооружения, но все равно в пределах территории, защищенной внешними рвами. Те прямые вассалы, которые имели дозволение или приказ разместить свои резиденции и наблюдательные посты за пределами Эдо, обычно жили на расстоянии одного дня пути от центрального замка, благодаря чему они могли быстро откликнуться на призыв сёгуна.
Структура правительства Токугава (таблица 4) имела следующий вид: совет из четырех или пяти старейшин (родзу), которые избирались из самых могущественных даймё категории фудаи, имевших собственные замки, где часто председательствовал Великий старейшина (тайро); совет младших старейшин (вака-досиври), также избиравшихся из фудаи, но тех, кто не имел собственного замка; управляющие храмами и часовнями (дзися-бугё); управляющие финансами (кандзо-бугё), городские судьи (мати-бугё), которые входили в состав верховного суда (хёдзосё) и могущественные цензоры (мэцукэ), которыми руководил Великий цензор (о-мэцукэ). Под этими органами размещалась широкая масса исполнителей, включавшая упоминавшихся ранее хатамото и гокэнин, сборщиков налогов (дайкан) и полицейские силы. Последние несли службу в районах Эдо и состояли из стражников (ерики), полицейских (досин), патрульных (оккапики) и официальных надзирателей, которьге контролировали наиболее важные точки в городе. Надзиратели над военными резиденциями (цудзибан) разделялись в соответствии с областями, вверенными им для наблюдения: надзиратели кварталов хатамото (кумиай-цудзибан), надзиратели кварталов даймё (даймё-цудзибан) и прямые надзиратели правительства (когы-цудзибан). Кварталы простолюдинов имели своих собственных надзирателей (дзисимбан) и стражников у ворот (бантаро), которые в десять часов вечера закрывали ворота, расположенные в конце каждой городской улицы, после чего никто не мог через них пройти без разрешения властей.
В 1600 году Иэясу начал раздавать земельные участки в Эдо и его окрестностях своим наиболее преданным вассалам, которые впоследствии имели там две или более официальные резиденции. Размер этих участков измерялся в нубо — мере площади, примерно равной 36 квадратным футам, — и он варьировался от 90 000 квадратных футов для феодальных правителей низшего ранга до 252 000 квадратных футов для самых высокопоставленных и могущественных среди них.