Интересно отметить, что исход конфронтации на поле боя между хорошо обученными солдатами, вооруженными самым совершенным оружием своего времени, и неорганизованными отрядами крестьян, которые сражались тем, что им попалось под руку, не всегда складывался в пользу профессиональных воинов. Еще в конце Хэйанского периода многие императорские сборщики налогов жаловались на то, что они не могут выполнять свои обязанности в некоторых провинциях, несмотря на присутствие вооруженных эскортов.
Сопротивление им оказывали не только кланы, чьи вооруженные силы создавались на профессиональной основе, но и маленькие деревни, жители которых следовали за своими старостами. Так, например, в 1428 и 1485 годах сельские старосты в провинциях Оми и Ямасиро возглавили серию крестьянских восстаний против представителей сёгуната Асикага, назначенных центральным правительством, которое не могло защитить крестьян от бедствий, вызванных опустошительными рейдами армий феодальных правителей по сельской местности. Около восьми лет крестьяне срывали все попытки правительства и местных военных кланов преодолеть их сопротивление. Другой знаменитый крестьянский бунт произошел в провинции Этидзэн в четырнадцатом столетии, когда крестьяне восстали против армии генерала Асакура, посланного силой собрать с них налоги для правительственного центра в Киото. Крестьяне, вооруженные примитивным оружием, чаще всего переделанным из сельскохозяйственных инструментов, и возглавляемые местными священниками, оказались более чем достойными противниками для профессиональных фехтовальщиков из букё.
Даже после того как Токугава установили свою власть над всей страной и наступила эпоха сравнительного мира, боевые качества японского крестьянина еще не раз подвергались проверке на поле боя — теперь против еще более профессионально организованного военного истеблишмента (по мнению многих ученых). За период правления Токугава произошло несколько сотен крестьянских восстании. Именно в это время были окончательно уничтожены остатки социальной и территориальной мобильности крестьянства, которую букё постепенно ограничивали на протяжении многовековой феодальной междоусобицы. Крестьяне были привязаны к своим деревням и объединены круговой порукой в «пятидворки» в соответствии с системой коллективной ответственности, носившей название гонин-гуми. Согласно этой системе пять крестьянских семей совместно отвечали за любое действие, признанное незаконным военными властями округа, независимо от того, было ли это действие совершено всей группой или же только отдельными ее членами, без ведома остальных. Хидэёси позаимствовал эту систему в Китае, «где она была известна со времен империи Цзинь» (Norman, 102), и представил ее своему военному правительству в 1597 году. Каждая группа из пяти семей имела своего главу (кумигасира), и эти лидеры групп вместе с другими зажиточными крестьянами (то-сиёри) подчинялись сельскому старосте (нануси, сёйя), который, в свою очередь, напрямую докладывал о положении дел в деревне представителю военного правительства на их территории (гундай или дайкан). Крестьяне «обрабатывали всю пахотную землю в провинции, жили на ней и напрямую платили ренту даймё, каро или самураю» (Grinnan, 12). Эта рента оставалась неизменной величиной, то есть на ее размер не влияли природные факторы, такие, как засушливый сезон, наводнения или другие несчастья, как искусственного, так и естественного характера. В особых случаях чиновники военного правительства могли признать особую тяжесть ситуации и снизить ренту на ограниченный период времени, но за крестьянином оставалась определенная задолженность, которая никогда не прощалась полностью.
Крестьяне были привязаны к своим мура и отведенным им полям, им запрещалось под страхом самого сурового наказания (как индивидуального, так и коллективного) покидать свои дома или поля, они являлись объектом постоянного давления со стороны «обедневших самураев и феодальных правителей» (Embree 2, 6), и поэтому совсем неудивительно, что даже в период Токугава «произошло более тысячи крестьянских восстаний» (Rudowski, 255). Ядзаки приводит более точное число — 1240 восстаний «за 268 лет, с 1599 года до конца эпохи Эдо в 1867 году». (Yazaki, 251). Как указывалось выше, эти мятежи были необычайно жестокими, и их боялись даже букё, поскольку крестьяне, которых вынудили взяться за оружие, уже не останавливались ни перед чем. Масштаб таких восстаний варьировался от прекращения работы на полях до разрушения собственности и вооруженных столкновений. Как правило, восстания жестоко подавлялись, а их зачинщиков (хотя порой им удавалось добиться для своих последователей определенного возмещения ущерба, спровоцировавшего восстание) казнили без промедления. При этом они часто стоически переносили боль и демонстрировали презрение к смерти, которое буси считали своей исключительной особенностью. По-видимому, такой исход считался неизбежным для крестьянских восстаний. Однако многие крестьянские лидеры и их ближайшие сподвижники отказывались подчиняться этому обычаю. Вместо того чтобы вступать в прямую конфронтацию с официальными властями, они уходили в горы, где банды разбойников и нарушители закона всегда могли найти себе убежище, или же скрывались в темных закутках преступного мира, который существовал в каждом густонаселенном прибрежном городе или крупном торговом центре.