По мнению некоторых авторов, проблема узкой специализации боевых рю в период Токугава была основным источником того особого соперничества, которое проявлялось не в безобидных схоластических дебатах, а в ожесточенных столкновениях (вооруженных и невооруженных) между учениками различных школ, вспыхивавших всякий раз, когда они встречались. Подобная взаимная вражда часто продолжалась многие годы, зародившись еще до эпохи Токугава, когда жизнь ценилась очень дешево, а дуэли со смертельным исходом были частью повседневной жизни. Эти кровавые поединки смешивались с бесчисленными междоусобными конфликтами, которые сотрясали японское общество в так называемое «смутное время». Однако диктаторы Токугава не собирались терпеть беспорядки любого рода, особенно если они могли спровоцировать более крупные социальные взрывы. Таким образом, в период Эдо «были предприняты попытки погасить этот дух нездорового соперничества между боевыми рю» (Dore 2, 151). Власти изолировали каждую школу в пределах ее тренировочного лагеря, чтобы держать всех ее учеников под пристальным наблюдением, и, кроме того, в самих школах практика некогда смертоносных боевых искусств постепенно модифицировалась в сторону повышения безопасности для всех последователей того или иного рю. Те бойцы, которые создавали или поддерживали свою репутацию за счет смертельных поединков с другими мастерами боевых искусств, были вынуждены отвечать за неповиновение законам и указам, за-прощающим дуэли, либо устраивать такие поединки как можно дальше от зоны юрисдикции Эдо.
Знаменитая дуэль между двумя величайшими мастерами меча своего времени, Миямото Мусаси и Сасаки Кодзиро, состоялась на маленьком безлюдном островке в проливе Каммон, хотя на исход этого поединка тайно делали ставки управляющий провинцией и другие влиятельные люди.
Характерной особенностью обучения в боевых рю раннефеодальной Японии, которая вызывает большой интерес у исследователей будзюцу, была атмосфера секретности, доминировавшая почти в каждой школе. Обязательным предварительным условием принятия в школу была клятва хранить тайну, которую давал каждый ученик, отдавая себя на попечение учителя. Эти добровольно принимаемые узы абсолютной секретности являлись средством сохранения тайны не только в боевых искусствах или полувоенных школах различных единоборств, укоренившихся в японской культуре. «В Японии, — пишет Ямасита, — люди постоянно слышат о хидэн («тайные традиции»), окуги («тайные искусства») и хидзуцу («внутренние тайны») всевозможных направлений» (Yamashita, 265).
На самом деле, узы секретности имели в Японии самое широкое распространение — каждая ветвь этой своеобразной культуры, независимо от своей природы и функций, была организована по клановому образцу и создавала вокруг себя атмосферу замкнутости и таинственности. Так, например, решив записать народные пьесы (кёгэн), полученные в наследство от отца (пьесы, передававшиеся «из поколения в поколение посредством устной традиции»), Тораки извиняется за то, что он, в определенной степени, раскрывает профессиональные секреты, которые каждая театральная труппа или семья передавала только своим верным членам, и никогда посторонним. Даже математике (считавшейся «редким и отчасти эзотерическим искусством») обучали в специальных школах, каждая их которых практиковала свой метод обучения предмету, использовала особые «термины и символы» и, конечно же, «имела собственные «тайны», которые не печатались в книгах, а передавались посредством устного общения наиболее одаренным ученикам» (Dore 2, 147).