Вертикальная иерархическая система, характерная для общественных рю, связанных с каким-либо кланом, применялась также и в независимых школах будзюцу, где инструктор, не имеющий хозяина (то есть потомственные военный или мастер, который отказался от своего военного наследия), обучал студентов своему методу рукопашного боя за определенную плату — потенциальные студенты обычно обращались к учителю через его друзей или знакомых. Таких частных школ было достаточно много, особенно в начале периода Токугава, когда тысячи обездоленных воинов, чьи кланы были уничтожены или распущены, бродили по стране и зарабатывали себе на жизнь, как могли. В большинстве случаев эти школы открывали большие мастера рукопашного боя с оружием и без, которым приходилось доказывать свое искусство каждому, кто бросит им вызов, поскольку они не находились под защитой какого-либо клана. В таких школах абсолютное доминирование мастера, который считался (и считал себя сам) единственным источником власти и знаний, было общепризнанным фактом. С другой стороны, в структуре клана власть учителя, хотя порой достаточно значительная, всегда была уравновешена властью организации, которой он присягнул на верность, внутренними законами, которым он был обязан подчиняться, и теми лидерами, перед которыми он был в ответе за любое действие, способное причинить ущерб жизни и благополучию доверенных ему студентов.
В хрониках будзюцу (которые охватывают несколько столетий) трудно найти сколько-нибудь значительный пример образовательного учреждения, где процесс преподавания был бы построен не по вертикальному принципу — то есть в соответствии с горизонтальной и коллективной системой, которая позволяет студенту получать знания сразу от нескольких опытных инструкторов, работающих совместно над его развитием, каждый в своей специализации будзюцу, а не исповедующих, как это часто бывало, противоположные, взаимоисключающие взгляды на процесс обучения. Военные власти конца периода Эдо пытались как-то исправить эту ситуацию, но их усилия оказались запоздалыми и не принесли ощутимых результатов. На протяжении большей части периода Токугава студент, твердо решивший приобрести знания и практический опыт в области боевых искусств, был вынужден подчиниться жесткой дисциплине рю и преподававшего там сэнсэя. Таким образом, он мог обучаться по нескольку лет в каждой из боевых школ, и поэтому требовалось потратить целую жизнь на то, чтобы пройти через руки всех выдающихся мастеров, говоря лишь о самых популярных специализациях традиционного будзюцу в течение периода Токугава.
Как уже отмечалось ранее, большие кланы могли позволить себе содержать для своих воинов высших рангов сразу нескольких инструкторов под одной крышей, причем нередко по одной и той же специализации будзюцу. Однако последнее соглашение не всегда гарантировало удовлетворительный результат. Дело в том, что в этот исторический период должность инструктора боевых искусств в японском клане можно было получить не только за личные заслуги, но и по наследству или в силу старых обязательств, от которых чиновники клана обычно не желали отказываться в пользу «постороннего» мастера. Поэтому студент будзюцу (связанный с кланом), которого не устраивало качество, диапазон и глубина преподавания боевых искусств в школе клана, в конечном итоге мог попросить своего непосредственного начальника (чтобы тот обратился с соответствующей рекомендацией к властям клана) позволить ему совершить паломничество с целью обучения воинскому мастерству (муса-сугё). Если желаемое разрешение было получено, студент отправлялся в странствие по городам и весям Японии, от школы к школе и от инструктора к инструктору, имея при себе рекомендательное письмо, которое открывало для него многие (если не все) двери.