Таким образом, ниндзя выполняли роль наемников, которые предлагали себя в качестве шпионов наемных убийц, диверсантов и террористов большим и маленьким правителям японской феодальной эпохи. Когда возникала необходимость выполнить какую-то «неприглядную» задачу, связанный честью воин (который в соответствии с правилами своей профессии должен был вступить с врагом в открытый поединок), при наличии достаточных средств всегда имел возможность переложить ее на других. Большие организации или гильдии ниндзя предлагали свои услуги тому, кто был готов за них заплатить.
В качестве шпионов ниндзя впервые появились на исторической сцене вместе с работодателем королевской крови принцем-регентом Сётоку-тайси (574–622). Их часто нанимали воинственные монахи из горных храмов, бесстрашные ямабуси, которые в конце Хэйанского периода сражались против императорских войск, а также набирающего силу воинского сословия. Сильные гильдии ниндзя прочно укоренились в Киото (где они практически правили по ночам), и их школы быстро размножались, так что в течение Камакурского периода насчитывалось по меньшей мере двадцать пять крупных центров подготовки ниндзя, большинство из которых были расположены в провинциях Ига и Kara. Различные военные лидеры, желавшие установить в стране контроль центрального правительства, не раз пытались уменьшить концентрацию этих опасных бойцов. Так, например, Ода Нобунага направил против Сандаю в Уэно 46-тысячное войско и в результате уничтожил более четырех тысяч ниндзя. Судя по всему, последнее широкомасштабное использование этих бойцов состоялось при подавлении восстания в Симабара (1637) против сорока тысяч христиан, поднявших бунт на острове Кюсю.
С приходом к власти Токугава и укреплением их полицейского государства почти все общественные классы стали нанимать меньшие по размеру группы ниндзя, используя их против представителей другого класса, или даже в пределах одной социальной группы отдельные индивидуумы устраняли с их помощью своих соперников. Ниндзя также использовались в шпионской сети, созданной сёгуном для контроля над императорским двором и могущественным провинциальными правителям. Так, например, ниндзя провинции Kara имели репутацию тайных агентов Токугава; и, как говорят, «мобильные» отряды ниндзя сражались с группами воинов в локальных конфликтах, либо чтобы подавить попытки бунта, либо чтобы расширить собственный территориальный контроль. Отдельные правители и могущественные представители других классов, например богатые торговцы, тоже нанимали ниндзя, которые оставили за собой непрерывный список более пятисот лет интриг, волнений, убийств и других сопутствующих форм беспорядка.
Семьи ниндзя представляли собой тесно сплоченные, замкнутые коллективы, интегрированные в более крупные группы (в соответствии с древней клановой структурой). У них были свои лидеры (дионин), которые составляли планы, заключали союзы, подписывали контракты и т. д, а также младшие начальники (гэнин) и простые агенты, беспрекословно исполнявшие все приказания. Эти группы формировали крупные гильдии, со своими территориями и специфическими обязанностями — и то и другое ревностно охранялось. Посторонний человек практически не имел возможности присоединиться к такой группе и стать ниндзя; обычно для этого нужно было родиться в семье профессионалов. Искусства, технические приемы, оружие каждой семьи, каждой группы хранились под строгим секретом и передавались только от отца к сыну, и даже тогда с крайней осмотрительностью. Раскрытие секретов ниндзюцу посторонним людям означало смерть от рук ниндзя из той же группы. Пленение также обычно влекло за собою смерть, либо от собственных рук, либо от рук другого ниндзя, который оставлял после себя для допроса только холодный труп.