Таким образом, книги и документы (торимаки), связанные с традициями, искусствами, техническими приемами ниндзюцу, считались тайными семейными сокровищами, которые каждое поколение должно оберегать и передавать следующему. Они содержали инструкции, касающиеся той боевой техники, которую ниндзя должен был изучить и освоить на самом высоком уровне мастерства (включая технические приемы таких традиционных боевых искусств, как стрельба из лука, фехтование на копьях и мечах). В свою очередь, ниндзя умело адаптировали эти искусства, приспосабливая их для своих дьявольских целей. Например, вместо длинного боевого лука они использовали короткий разборный и также изобрели складное телескопическое копье, производившее шокирующее воздействие, когда оно внезапно вытягивалось в полную длину.
Члены Кюсин Рю, одной из школ ниндзюцу, прославились благодаря своим нетрадиционным методам боевого применения копья (бисэто). Кроме того, они использовали мечи и другие схожие клинки, установленные на концах различных складных шестов, к которым также прикреплялись цепи для быстрого возвращения оружия после броска; часто лезвия выстреливали скрытые пружины, или их просто бросали рукой в соответствии с техникой сюрикэндзю-цу. Ниндзя также прекрасно владели техникой иайдзюцу, которая позволяла им выхватывать мечи и кинжалы с молниеносной быстротой. Фудо Рю, еще одна школа ниндзюцу феодальной Японии, считалась самой передовой в развитии этого конкретного вида виртуозного обращения с клинками.
Однако ниндзя располагали также полным набором специализированного оружия, приспособленного для их конкретных целей, каждое из которых имело свой собственный, тщательно проработанный метод использования. Выдувные трубки, веревки с ножами и крючками, удавки, различные шипы (тоники), бронзовые кастеты (суко), широкий ассортимент маленьких лезвий для метания (сюрикэн), включая кинжалы, дротики, звездообразные диски и т. д., составляли их арсенал. Сюрикэн, или «иглы», обычно носили на специальном ремешке, в связке по пять штук, и ниндзя могли метать эти смертоносные снаряды в быстрой последовательности, из любого положения, при любом освещении и с разной дистанции. Методы метания сюрикэн были сгруппированы и приобрели статус самостоятельного искусства (сюрикэндзюцу). Даже члены воинского сословия изучали его технику, чтобы использовать свои короткие мечи (вакидзаси), кинжалы (танто) и ножи (такие, как когатана и кодзука) с большей точностью и эффективностью на длинной дистанции. Сюрикэн также могли иметь форму звездообразного диска с многочисленными острыми лучами, отходящими от сплошного центра. Эти острые звездочки, которые иногда называли сакэн, ниндзя бросали резким движением кисти, и, быстро вращаясь, они летели по направлению к цели, часто ничего не подозревающей до тех пор, пока не становилось слишком поздно. Особенно знаменитыми были цепочки или шнуры с вращающейся гирькой на одном конце и обоюдоострым лезвием на другом (кётэцу-согэ), которыми ниндзя умели пользоваться с безжалостной точностью. В их арсенале был и бамбуковый посох, выглядевший совершенно невинно в руках невооруженного с виду путника — посох, однако, с одного конца скрывал цепь с гирькой, а с другого был утяжелен свинцом.
Способность ниндзя проникать во вражеские укрепления (дома, замки, военные лагеря, отдельные комнаты и т. д.) была основана на его знании практической психологии, а также владении впечатляющим набором специального инвентаря (веревки с крючьями, веревочные лестницы, специальные ботинки, ручные шипы и т. д.), часть которого он мог использовать и в качестве оружия. Кроме того, он обычно брал с собою дыхательные трубки и надувные мехи, позволявшие ему долгое время оставаться под водой и со сравнительно легкостью пересекать рвы замков, озера или болота. Будучи искусным химиком, ниндзя часто использовал отравленные дротики, брызгающие кислотою трубки, ослепляющие гранаты, дымовые шашки и т. д., умело адаптируя для своих конкретных нужд древнекитайские достижения в химии и в изготовлении взрывчатых веществ. После появления в Японии португальцев он добавил к своему арсеналу и огнестрельное оружие. Все эти приспособления в дополнение к острым колючкам, которые он разбрасывал за собой, прикрывая свое отступление, помогали ему избежать пленения, замедляя, ослепляя, убивая, калеча или просто пугая преследователей.
Среди всех невооруженных методов единоборств, которыми он владел, доминировала дзюдзюцу в его самой утилитарной и прикладной форме. Однако школы ниндзюцу специализировались и на особых методах применения насилия, подобные которым редко можно встретить где-то еще. К примеру, ниндзя из Гокку Рю были экспертами в нанесении смертоносных ударов пальцами рук по жизненно важным органам человеческого тела. Этот метод стал известен как юбизюцу. Ученики Кото Рю отличались особой ловкостью в ломании костей (коппо).