Эпоха господства клана Тайра известна как период Рокухара (1156–1185). Он подошел к концу после того, как Минамото Ёритомо (1148–1199), чья жизнь была спасена после поражения его клана в 1160 году, сумел поднять и объединить кланы, враждебные Тайра. Под его командованием эти силы нанесли поражение Тайра при Итинотани (1184 год), Ясима (1185 год) и Данноура (1185 год). Этот военачальник, которого вырастили в Идзу вассалы клана Тайра (хитроумное семейство Ходзё), как правило, использовал искусных полководцев для достижения решающего преимущества на поле боя — таких людей, как его младший единокровный брат Ёсицунэ и его кузен Ёсинака. Однако оба этих человека и их семьи были сразу же устранены (их либо вынудили совершить самоубийство, либо открыто убили) после того, как они одержали для него великие победы. После этого Ёритомо присвоил себе титул сэйи тайсёгун. По-видимому, этот титул происходит от названия древнего назначения, получаемого от императора — сэйиси («посланный против варваров») и титула тайсё, который носил главнокомандующий армии. Последний титул появляется в хрониках девятого века, и его носят командиры императорской охраны. Он также присваивался императорским декретом таким выдающимся фигурам прошлого, как Саканоуэ Тамурамаро, который, одержав целый ряд внушительных побед в конце восьмого века, сразу же вернул этот титул императору. Однако в случае с Ёритомо он стал наследственным правом его дома, а впоследствии принимался и удерживался длинной чередой военных диктаторов, которые управляли Японией от имени императора вплоть до конца девятнадцатого столетия. Во всей стране этих правителей называли сокращенной версией титула — сёгун.
Ёритомо основал свой центр военного командования, известный как полевая ставка или палаточный штаб (баку-фу), в Камакура. Конфисковав поместья семьи Тайра (как и тех феодальных правителей, которые имели неосторожность выступить на стороне этого обреченного клана), он назначил в каждую провинцию военных губернаторов, или протекторов (сюго), и поместных начальников (дзито) во все феодальные поместья, подлежащие налогообложению. Таким образом он создал финансовую основу, которая позволяла его клану и кланам союзников содержать регулярные военные силы и поддерживать их в состоянии высокой боевой готовности. Период, на протяжении которого власть принадлежала основанному Ёритомо военному правительству, известен, как Камакурский сёгунат, и он продолжался с 1185 по 1333 год. Древняя система землевладения, основанная на цепочке владелец — управляющий — арендатор — работник, стала более милитаризованной по своей структуре и функциям. Члены новых территориальных объединений, контролируемых каждым кланом, должны были практиковаться в использовании традиционных видов оружия. Вполне естественно, лидеры кланов гарантировали себе привилегированное положение, и оно со временем стало деспотически абсолютным и практически недостижимым.
После смерти Ёритомо в 1199 году власть клана Минамото перешла к семье Ходзё, члены которой, будучи вассалами Тайра, укрывали его в Идзу и впоследствии были щедро им вознаграждены[6]. Они проявили себя как умелые государственные деятели, искусно маневрируя, чтобы подавить бунт придворной знати в 1221 году, реорганизовать порядок наследования престола и правила избрания придворных чиновников, перераспределить конфискованные земли между феодальными правителями, издать один из первых феодальных сводов законов («Дзёэй сикимоку»), реформировать механизм управления и сбора налогов в стране, собрать кланы для отражения монгольского нашествия в 1274 и 1281 годах, развивать искусство и литературу (в основном эпического и военного содержания) и способствовать распространению буддистской школы Дзен, чья аскетическая простота мысли и действия оказалась по вкусу прагматичной душе воина.
Однако усилия, предпринятые для отражения нашествия монголов, серьезно опустошили финансовые ресурсы феодальных правителей, и началась новая эра изменения существующего порядка землевладения: торговцам было запрещено требовать уплаты задолженности с воинов; новые и старые земли были насильственно присвоены государственными чиновниками, которые объявили себя владельцами территорий, ранее переданных под их контроль; сильные землевладельцы расширяли свои поместья за счет слабых соседей.