Наказания за несанкционированные передвижения и прочие преступления были необычайно суровыми и (к большому удивлению европейских наблюдателей, но в полном соответствии с принципом коллективной ответственности, типичным для клановой системы) затрагивали не только самого виновного, но и всю его семью.
Существовало два типа наказаний: самые строгие варьировались от общественного порицания до тюремного заключения, публичной порки, экспатриации и смертной казни; к легким относились такие наказания, как нанесение татуировки, конфискация собственности и понижение в классе или ранге. Наказание варьировалось в соответствии с классовой принадлежностью и рангом преступника и сопровождалось различными ритуалами. Представители воинского сословия несли самую тяжелую ответственность перед законом за любое правонарушение, поскольку их проступок расценивался как прямое оскорбление той системы, представителями которой они являлись и которую должны были поддерживать.
При рассмотрении основных норм морали, принятых в феодальной Японии, становится очевидным, что вся концепция государства была основана на взаимоотношениях между начальником и подчиненным. Правительство Токугава в качестве официального морального кодекса приняло одну из интерпретаций конфуцианского учения, автором которой был сунский неоконфуцианец Чжу Си (1130–1200), особо подчеркивавший важность беспрекословного повиновения и преданности подчиненного своему начальнику. Его представление конфуцианских идей (суси-гаку или согаку) стало «теоретической основой феодального общества» (Goedertier, 273) и дошло даже до того, что официальным декретом было запрещено преподавание неортодоксальных учений в государственных школах.
Основными принципами суси-гаку являлись вертикальная иерархия и жесткий прагматизм в исполнении обязанностей, наложенных на человека теми, кто расположен выше его в этой иерархии. Данная интерпретация умалчивала о том, что высокое общественное положение может быть не только наследственной прерогативой, но и результатом высоких личных заслуг, и в ней также отсутствовала концепция социальной справедливости для всех членов общества (включая императора и сёгуна). Эта версия конфуцианской теории взаимоотношений правительства и общества стала искрой, пробудившей интерес к трудам китайских мыслителей и давшей рождение философским школам, которые не всегда вызывали одобрение у военных диктаторов. Однако достаточно долгий период времени данная интерпретация укрепляла позицию сёгуна и оправдывала консолидацию власти в его руках. Она также предоставила материал для более четкой формулировки «кредо» воинов (буси) и «пути» (до) самурая, которые гармонично слились в кодекс чести, ставший известным как «путь воина» (бусидо).
Благодаря всем этим мерам юридического, философского, военного и социального характера в стране просто не могло произойти нечто «неожиданное» как на практике, так и в теории без ведома правителей из клана Токугава. Им принадлежит
«сомнительная заслуга называться одним из первых правительств в мире, которое сумело организовать обширную и весьма эффективную сеть тайной полиции и сделать ее одним из важнейших государственных органов. При таком многовековом опыте совсем не удивительно, что в последние годы тайная полиция так ярко выделялась на политическом портрете Японии» (Reischauer 1, 83–84).