Таким образом, в Древней Японии доминировало божественное начало. Император одновременно являлся верховным жрецом шаманского анимизма, находившегося у корней религии синто, а позднее у той гибридной и синкретической формы буддизма, которая была воспринята из китайских источников императорским двором в Нара.
По мнению некоторых историков, столкновение между первым и последним не сопровождалось чрезмерным насилием, поскольку религия в Японии не оставалась чистой и неизменной. Буддизм (подобно даосизму, который пришел I? Японию из Китая) был японизирован и адаптирован в соответствии с национальными представлениями о божественном и общими принципами существования. Однако определенные исторические свидетельства указывают на то, что распространение в Японии буддизма (в основном под патронажем клана Сога) далеко не всегда происходило бескровно. Но со временем буддийское учение распалось на серию типично японских сект и школ, чьи последователи часто нередко были организованы в объединения военного или полувоенного характера. В хрониках периода Нара упоминаются шесть буддийских сект, существовавших в столице: Дзодзицу, которая вела свое происхождение от учения Хинаяна и в конечном итоге слилась с сектой Санрон; Куса, основанная в 658 году двумя японскими священниками, исповедовавшими основные положения древнеиндийской философской школы Сарвастивада; Хоссо, которая была основана монахом Досё, исповедовавшим учение Йо-гочара, и имела в Нара большие независимые храмы, такие, как Кофукудзи и Гангодзи; Санрон. представлявшая в Японии философскую школу Мадхьямика («срединного пути»), которую основал в Индии Нараджуна, а впоследствии завез в Японию корейский священник Экван; Кэгон, представлявшая в Японии философскую традицию Аватамсака, центром которой по сей день является знаменитый храм То-дайдзи, и секта Рицу. представлявшая доктрину Винайя, которая достигла Японии в 754 году.
В течение периода Хэйан, когда члены семьи Фудзивара заняли все ключевые позиции при императорском дворе, были основаны и другие буддийские школы. Среди них можно выделить секту Дзёдо, которую основал монах Хо-нэн Сёнин (он же Гэнку), обучавшийся в школах секты Тэн-дай; различные секты амидаизма, возникшие из учения Гэн-сина в десятом столетии, а также крайне противоречивая и мятежная секта Нитирэн и различные дзен-буддийские секты того же периода (из которых Риндзай, Сото и Обаку действуют и поныне). Большинство этих сект стали крупными землевладельцами (как и церковь в Европе в течение феодального периода), и их лидеры, назначавшиеся на свои должности императором и могуществе иными аристократическими семьями, всегда проявляли живой интерес к политике. Вполне естественно, такой интерес постоянно вовлекал их в придворные интриги, территориальные конфликты или священные войны, которые, как это ни парадоксально, велись во имя Будды. Из монахов и мирян формировались специальные отряды стражников (одзонакама), которые охраняли священную собственность крупных храмов от осквернения. Их последующее отделение от государства, сопровождавшееся политикой территориального расширения, вызвало потребность в еще более крупных формированиях вооруженных людей, которые обычно набирались из рядов монахов и священников (тера-буси) или безземельных крестьян, наемных солдат и т. д.
Однако крупные монашеские ордена, обосновавшиеся высоко в горах, с их воинственными когортами «горных воинов», известных как ямахоси, а позднее как ямабуси, принадлежат к числу одних из самых примечательных персонажей японской истории периода с десятого по семнадцатый век. По-видимому, эти ордена были основаны отшельниками, аскетами и прочими «святыми людьми», которые, следуя по пути единения с природой, сумели овладеть сверхъестественными силами. Их поиски привели к появлению различных методологий, которые получили название «путь сверхъестественных сил» (сюгэндо). По мнению многих ученых, сюгэндо «не имел основателя» (Renondeau, 26), но в древних хрониках постоянно упоминается Эн-но Одзуно, больше известный как Эн-но Убасоку («практикующий мирянин»), или Эн-но Гэдза («Эн, врачеватель»).