Со временем и по мере того, как превратности судьбы удаляли того или иного правителя из его города-замка, многие из этих корпораций и гильдий становились автономными. Органы самоуправления стали появляться в Японии задолго до прихода к власти Токугава, особенно в таких городах, как древняя столица Нара, Киото, крупнейший торговый город и порт Сакаи, Хакада и Мацуяма. Нередко эти местные формы самоуправления, находившиеся под сильным влиянием торговцев, приобретали воинственный характер, когда они сталкивались с постоянно растущими требованиями букв в «изменчивую эпоху гражданских войн» (Yazaki, 158). Эти торговцы, особенно те, которые получали большой доход не только за счет расчетливого ведения обычных торговых операций, но также и благодаря тому, что они поддерживали связь с такими сомнительными элементами, как пираты (вако), свирепствовавшими в Восточно-Китайском море, без колебаний вкладывали свои деньги в производство оружия, содержание наемников и мобилизацию собственных когорт для противостояния букё. Некоторые вольные города дорого заплатили за свою независимость. Судьба других оказалась несколько лучше. Однако букё никогда не забывали и не прощали до конца своих прежних противников. Согласно Ядзаки именно потому, что некоторые торговцы сумели подняться до уровня «непризнанных центральной властью провинциальных правителей», после того как «самые могущественные из феодальных князей смогли привести нацию к наиболее полному объединению за весь феодальный период японской истории, этих торговцев быстро разоружили и бросили на самое дно строго контролируемой социальной лестницы» (Yazaki, 155). Внезапно торговцы обнаружили, что они находятся ниже крестьян, подвластных им на протяжении всего периода Муромати.
В течение периода Токугава хэймин были заключены в еще более тесные рамки классового общества. Им присваивали различные ранги в провинциальных кланах или в городах, где они были привязаны к определенным районам, кварталам и улицам, благодаря чему военным властям стало легче их идентифицировать и держать под контролем. Почти все европейцы, посетившие Японию в шестнадцатом столетии, сразу же отмечали, под каким необычайно строгим надзором живет в этой стране городское население. «Каждая улица или даже отдельные ее части, — пишет Гриффис в своей статье, посвященной улицам Эдо, — находились под надзором младшего чиновника или старосты, который проживал на той же самой улице. Контроль над этими старостами осуществлял квартальный и его помощники» (Griffis, 28).
В состав квартала (дза) обычно входило более двух улиц, и власть в нем представляли местные чиновники, которые занимались регистрацией состава семьи и места жительства, а также следили за своевременностью уплаты налогов. Кроме того, там были свои пожарники и стражники, дежурившие у ворот. Ведь «каждый квартал был окружен рвом или стенами, и попасть в него можно было лишь через охраняемые ворота. В случае возникновения разного рода волнений власти почти всегда имели возможность закрыть ворота и ограничить распространение эпидемии, бунта и т. д. одним кварталом» (Griffis, 28). По ночам городские кварталы наглухо перекрывались друг от друга, и всякий, кто по какой-либо причине хотел покинуть свой квартал после наступления темноты должен был иметь при себе соответствующее разрешение — пропуск, который стражники подвергали тщательной проверке. Лишь после этого они открывали ворота и объявляли о проходе посетителя в соседний квартал «громким стуком специальных колотушек» (Dore 1, 70). Эта репрессивная система, которая, как рассказывает нам Франциск Карон (1600–1673), существовала во всех городах страны, была еще более усилена за счет распространения системы коллективной ответственности гонингуми на городское население. «На каждой улице домовладельцы были разбиты на группы по пять человек, связанных круговой порукой и шпионивших друг за другом. При такой системе было достаточно просто установить настоящего виновника пожара, мятежа, кражи и т. д.» (Griffis, 28). Домовладельцы и городские чиновники несли ответственность перед тремя городскими старейшинами (мати-досиёри), которые не принадлежали к букё, но пожизненно сохраняли за собой это звание и могли передавать его своим наследникам. Эти городские старейшины напрямую подчинялись двум городским судьям из воинского сословия (мати-бугё).