Сибуя, способствовавшие триумфу Асикага на Кюсю, немедленно получили вознаграждение, как следует из письма, подписанного Такаудзи за день до того, как он выступил из Хаката на Киото. В нем он говорит о земле, дарованной Сибуя Сигэмунэ, который принадлежал к той ветви клана, которая носила имя Таки, «в награду за его заслуги». Сибуя, вероятно, присоединились к Такаудзи во время похода на Киото. Если это так, то они могли участвовать и в решающей битве при Минатогава.
Сражение произошло, когда Такаудзи продвигался вдоль берега Внутреннего моря. В Томо, на полпути к Киото, состоялся военный совет, на котором решено было наступать двумя отрядами. Один, под командованием Такаудзи, шел морем, другой, возглавляемый Асикага Тадаёси, двигался вдоль берега, а авангард вел Сони Ёрихиса, который прибыл с Кюсю. Пока две армии продвигались на восток, они получили значительные подкрепления, прибывшие морем с Сикоку, которыми командовал Хосокава. 24 июня Такаудзи достиг Кодзима в Бидзэн, а 4 июля бросил якорь у Акаси. Тем временем вторая армия, двигавшаяся по суше, дошла до Ити-но-тани, места славной победы Ёсицунэ над кланом Тайра в 1184 г. Провести здесь ночь перед битвой было весьма символично.
Известия об энергичном наступлении Асикага вызвали беспокойство среди сторонников лоялистов в Киото, поскольку Нитта Ёсисада вынужден был отступить под его натиском. Император Го-Дайго послал за Кусуноки Масасигэ и велел ему оказать поддержку Нитта. Кусуноки, как человек военный, возражал против такого образа действий, памятуя о смуте Хогэн, но его возражения были отвергнуты. Кусуноки считал, что вступать с противником в открытое сражение слишком рискованно. Он посоветовал Го – Дайго укрыться на горе Хиэй – тогда Такаудзи не устоит перед искушением войти в столицу. Там его можно будет атаковать объединенными силами монахов и самураев, а Нитта отрезал бы ему пути к отступлению. Но к мудрому совету самурая не прислушались, и Кусуноки поневоле вынужден был согласиться с решением императора. Следуя идеалам самурайской верности, он решил умереть в бою и отправился в путь убежденным, что назад уже не вернется. Уходя, он сказал своему сыну Масацура, что отдаст жизнь за императора и что делает это охотно, зная, что когда-нибудь Масацура, которому тогда было десять лет, продолжит его дело.
Лоялисты, которым угрожала атака и с суши и с моря, вышли на позиции. Нитта Ёсисада, главнокомандующий, прикрывал берег моря между реками Минато и Икута. Кусуноки стоял против армии Асикага Тадаёси, спиной к реке Минато. Тадаёси разделил войско на три части. Сам он стоял в центре, в то время как Сони двигался вдоль берега, поддерживая связь с флотом, а Сиба поднялся на возвышенность, угрожая правому флангу Кусуноки.
Первая стычка произошла, когда войско Хосокава попыталось высадиться. Лоялисты оказали отчаянное сопротивление, самураи Хосокава были отброшены назад к лодкам, и им пришлось плыть вдоль берега дальше на восток. Нитта тем временем был атакован Сони и, поскольку Хосокава вскоре сумел высадить свое войско в устье реки Икута, стал отходить, чтобы отразить удар с его стороны. Кусуноки, таким образом, остался один на противоположном берегу Минато. Он еще мог держаться против Тадаёси и Сиба, но высадка армии Такаудзи поставила его в сложное положение. Хосокава между тем заставил Нитта отступить, и в знойный полдень 5 июля 1336 г. Кусуноки был атакован со всех сторон. В конце концов, весь израненный, Кусуноки Масасигэ совершил харакири, и дело лоялистов было проиграно.
Так Кусуноки Масасигэ вошел в пантеон японских героев, присоединившись к принцу Ямато и Ёсицунэ как воплощение самурайской доблести. И в жизни, и в смерти он оставался одинокой фигурой, идеальной для исполнения роли, которую ему уготовала судьба. Его верность императору была непоколебимой, из всех сторонников Го-Дайго именно он принес наибольшие жертвы. Пять веков спустя, во время реставрации Мэйдзи, образ Кусуноки Масасигэ вдохновлял тех самураев, которые стали создавать новый культ верности императору. В истории XIV века Кусуноки остался непревзойденным образцом личной преданности монарху, а не просто институту монархии.
Сражение при Минатогава было решающим, но война на этом не закончилась. Войско Асикага с триумфом вошло в Киото 8 июля, а Го-Дайго бежал на гору Хиэй. Такаудзи посадил на трон другого принца под именем императора Комо, и 12 ноября Го-Дайго передал императорские регалии этому новому государю. Как оказалось впоследствии, то были не подлинные регалии, а копии, изготовленные для такого случая. Го-Дайго перебрался с горы Хиэй в Ёсино, в горы к югу от Нара, и стал править оттуда как законный император. С 1337 по 1392 гг. в Японии было два императора: законная линия, известная как Южный Двор, правила в Ёсино, а ставленники Асикага, или Северный Двор, – в Киото.
Враждебные действия между дворами продолжались на протяжении всего периода раскола. В 1338 г. Асикага Такаудзи был официально провозглашен первым сёгуном Асикага. В том же году был убит Нитта Ёсисада, в 1339 г. скончался император Го-Дайго, как говорят, сжимая эфес меча в правой руке и «Сутру Лотоса» в левой. Чтя заветы отца, Кусуноки Масацура поддерживал пламя сопротивления лоялистов. В 1347 г. он стал главнокомандующим армии Южного Двора при преемнике Го-Дайго, двенадцатилетнем Го-Мураками. В 1343 г. его атаковали войска Асикага под командованием Ко Моронао и Ко Мороясу. Он быстро отступил к Ёсино, где его принял юный император, который сказал, что клану Кусуноки доверяет больше, чем собственным локтям и бедрам. Это очень тронуло Масацура. Он и его люди помолились у гробницы Го-Дайго, на которой мечами вырезали свои имена. Перед уходом Масацура оставил прощальные стихи на двери храма, нацарапав их наконечником стрелы: