Часто монахи вдохновляли себя в бою присутствием большого переносного микоси (ковчега), в котором, как считалось, обитало божество. Его несли на длинных шестах до двадцати монахов. Враждебные действия против микоси расценивались как нападение на самого бога. Во время мятежа, который последовал за убийством монаха с горы Хиэй одним из придворных, великий микоси горы Хиэй, в котором обретался дух Царя гор, внесли впереди армии монахов на улицы Киото. Монахи стояли вокруг него и в качестве проклятия читали нараспев шестьсот свитков буддийской сутры «Дай хання кё». Иногда микоси оставляли на улице, а сами монахи возвращались на гору. Там он и стоял на страх горожанам, пока требования монахов не удовлетворяли.
Однако в полной мере всю свою ярость монахи приберегали для собственных диспутов. То были не религиозные войны, как мы их себе представляем: спор между монастырями обычно возникал из-за земли или престижа. Вопрос зачастую решался путем сожжения враждебного монастыря. За-ключались союзы между монастырями – впрочем, они легко и распадались. В 989 и 1006 гг. Энрякудзи воевал против Кофукудзи. В 1081 г. Энрякудзи объединился с Миидэра против Кофукудзи, и во время этого столкновения монахи Кофукудзи сожгли Миидэра и унесли много добычи. Позже, в том же году, монахи Энрякудзи поссорились с Миидэра и снова сожгли его. В 1113 г. монахи Энрякудзи сожгли храм Киёмидзу из-за разногласий, связанных с выбором настоятеля. В 1140 г. Энрякудзи вновь объявил войну Миидэра, а в 1142 г. монахи Миидэра напали на Энрякудзи. Этот длинный список пополнялся до тех пор, пока вылазки воинствующих монахов не растворились в великой войне, охватившей всю страну.
Все началось с незначительного инцидента. В январе 1081 г. люди Оми, которые подчинялись Энрякудзи, напали на жителей Оцу, которые были подданными Миидэра. Хотя люди Оцу и принесли жалобу в Энрякудзи, ничего предпринято не было. Тогда они обратились в Миидэра, где им посоветовали никогда больше не выполнять работ для Энрякудзи. Это привело в ярость монахов Энрякудзи, которые в июне выслали войско против Миидэра. В Миидэра их уже ждали. Первое нападение было отбито, но они с удвоенной силой снова пошли на штурм. Настоятель Энрякудзи лично руководил военными действиями и так подстегивал пыл своих сторонников, что, когда пламя угасло, уничтоженными оказались 294 зала, 15 хранилищ сутр, 6 звонниц, 4 трапезных, 624 монашеских обители и более 1 500 жилых домов – по сути дела, весь монастырский комплекс за исключением нескольких зданий. Вслед за этим монахи Миидэра в свою очередь двинулись на Энрякудзи с большой армией. Правительство, сильно обеспокоенное, послало солдат, чтобы усмирить их, однако в сентябре военные действия возобновились, а в столице пошли слухи, что два монастыря готовы объединиться и напасть на Киото. Императорский двор в полном ужасе обратился к единственной силе, способной противостоять такому вторжению, и для защиты столицы назначил сёгуном Минамото Ёсииэ. Этот решительный человек, покрытый славой Первой девятилетней войны, которому два года спустя предстояло выступить на Вторую трехлетнюю войну, с готовностью принял назначение. Самураи укрепили столицу, но ожидавшееся нападение так и не состоялось, и Ёсииэ вернулся к своим обычным обязанностям.
Десять лет спустя, в 1092 г., двор вновь счел полезным использовать Минамото против монахов. По поручению правительства Минамото Ёситика, второй сын Ёсииэ, конфисковал поместье в провинции Мино, недавно основанное Энрякудзи. Он вполне справедливо считал, что он всего лишь поступает в соответствии с законом, запрещавшим храмам торговать землей. Монахи тем не менее настаивали на своем и послали большое войско в Киото. Столкнувшись с силами Минамото, они нехотя отступили.
Несмотря на все бунтарство монахов, императорская фамилия продолжала одаривать монастыри землями, золотом и серебром. Возможно, двор надеялся завоевать их расположение подобной демонстрацией религиозного рвения, но это на них не действовало. Всякий раз, когда двор пытался вмешаться в дела духовенства, поднимался страшный шум, и ярость монахов выплескивалась на улицы города. И двор, и клан Фудзивара, хотя и обладали достаточной силой, чтобы разоружить монастыри, были слишком ревностными буддистами и не решались поступить с монахами так, как те заслуживали. Несмотря на присутствие в столице самураев, монахи все больше и больше наглели.
В 1146 г. молодой самурай по имени Тайра Киёмори в первый раз вступил в конфликт с монахами. Киёмори был талантливым молодым человеком неясного происхождения. Официально его отцом считался Тайра Тадамори, великий усмиритель пиратов, которому в награду за его заслуги была дарована любимая наложница императора. Девять месяцев спустя она родила сына, того самого Киёмори, так что молодой Киёмори мог в какой-то мере претендовать на принадлежность к императорскому роду. В день праздника Гион в 1146 г. один из приближенных Киёмори затеял ссору с монахом из святилища Гион. Поклявшись отомстить за нанесенное его роду оскорбление, Киёмори с отрядом самураев напал на монахов-воинов Гион, которые в тот момент несли микоси. Киёмори с полным пренебрежением к религиозным предрассудкам пустил в микоси стрелу. Стрела ударила в висевший перед ковчегом гонг, повсюду разнеся весть о неслыханном святотатстве. Разгневанные нападением на микоси, монахи Энрякудзи послали в Киото 7 000 монахов-воинов, которые, выкрикивая всевозможные проклятия, потребовали немедленной высылки Киёмори из столицы. Некоторые члены клана Фудзивара, завидовавшие растущему влиянию Киёмори и подобных ему самураев, уговаривали императора подписать указ об изгнании, однако двор, безопасность которого теперь целиком зависела от самураев, оправдал Киёмори, приговорив его лишь к уплате небольшого штрафа.