Еще большее смятение среди Тайра вызвал отданный Ёсицунэ приказ лучникам сосредоточить огонь на гребцах и рулевых. Вскоре многие суда Тайра уже беспомощно дрейфовали по течению, Минамото обступили их со всех сторон, и Томомори понял, что все потеряно. Он взошел на борт судна, где находился малолетний император, чтобы сообщить, что сражение проиграно и единственным выходом остается самоубийство. Бабка императора, вдова Киёмори, взяла восьмилетнего государя за руку, и они медленно подошли к борту корабля. Здесь они вознесли молитвы Великой богине в Исэ и Будде и со словами: «Там на дне, под волнами, мы найдем другую столицу» бросились в волны.
Тут началось самое трагическое массовое самоубийство в истории самураев. Мать императора бросилась в море вслед за ними, но ее выловил один из самураев Минамото, подцепив за волосы боевыми вилами. Жена Сигэхира тоже собиралась броситься в воду, но стрела пригвоздила край ее одежды к борту судна, заставив выронить шкатулку, которую она несла. Оказалось, что в ней находилось священное зеркало, одна из императорских регалий. Священный меч уже бросили в море. Тайра Норимори и Цунэмори тем временем привязали к своим доспехам по тяжелому якорю и бросились в море, взявшись за руки. Так же поступили другие члены семьи – Сукэмори, Аримори и Юкимори. Однако Мунэмори, слабый духом, стоял в нерешительности, пока один самурай, которому подобное поведение вождя показалось отвратительным, не столкнул его в воду. Мунэмори оказался хорошим пловцом и продержался на воде до тех пор, пока Минамото не взяли его в плен. Его мать высказалась по поводу его трусости, прежде чем броситься в воду с юным императором. Она якобы сказала даже, что Мунэмори – сын вовсе не прославленного Киёмори, а торговца зонтиками, который согласился отдать его в обмен на новорожденную девочку. Последним в тот день покончил с собой Тайра Томомори. Он бросился в море, облачившись в два комплекта доспехов.
О скорбный вид! Алые знамена, алые стяги, брошенные, изорванные, плавали в море, как багряные кленовые листья, что устилают воды реки Тацута, сорванные порывами бури. Алым цветом окрасились белопенные волны, набегающие на берег. Опустевшие судна, потерявшие кормчих, гонимые ветром, увлекаемые течением, качались на волнах и уносились в неведомые морские дали...
Сражение при Дан-но-ура закончилось полным уничтожением клана Тайра. Едва ли кто из упомянутых здесь членов этого рода уцелел в этом бою, и после Дан-но-ура имя Тайра исчезает со страниц японской истории. Ни одна из побед в истории самураев не была столь полной, как эта. Сами масштабы побоища, жертвой которого стал целый клан, отвели ему достойное место в многообразном мире японских рассказов о призраках. Массовая гибель стольких людей не могла не произвести впечатления и на местных жителей. В течение многих столетий моряки боялись заходить в воды Дан-но-ура, опасаясь встречи с неугомонными призраками Тайра, обреченными бродить среди волн. Фантазия крестьян рисовала целые призрачные армии, выходившие из моря с бездонными черпаками, которыми они пытались очистить его от вековой скверны. Существует известная легенда о крабах хэйкэ, в панцирях которых заключены души мертвых самураев (при избытке воображения действительно можно разглядеть в их панцирях очертание человеческого лица).
Война Гэмпэй подошла к концу, и Минамото Ёритомо, «властитель Камакура», стал реальным правителем Японии. Меры, которые он принял для укрепления своего положения, сильно отличались от методов Тайра и Фудзивара. Ёритомо решил править из Камакура, и в 1192 г. принял титул сэйи-тай – сёгуна. Титул сёгуна, или «главнокомандующего, покоряющего варваров», был до тех пор временным – император его давал военачальнику, которому поручалось подавить какой-нибудь мятеж. Ёритомо превратил этот временный титул в постоянный – данное ему новым императором поручение исполнялось до 4 января 1868 года! Таким образом Ёритомо установил наследственную военную диктатуру, которая навеки должна была принадлежать роду Минамото, получившую название сёгунат, или бакуфу – последнее слово происходит от маку, больших полотен, которые окружают ставку полководца на поле боя. Сёгунат стал правительством самураев, состоявшим из самураев и действовавшим в интересах самураев. Институт императорской власти был сохранен, но вся реальная политическая власть перешла в руки самураев, единственной силы, которая осталась в стране. Они и стали настоящими победителями в войне Гэмпэй.