Были разработаны планы для проведения быстрой и крупномасштабной мобилизации, как только начнется второе вторжение. Четырем самым западным провинциям Кюсю была поручена защита морского побережья непосредственно в пределах их территорий. На Кюсю были созданы отряды береговой охраны, а на случай внезапной атаки на Кокурикудо там тоже провели мобилизацию. Были приняты меры к тому, чтобы каждый, получивший приказ о мобилизации, его выполнил.
К 1279 г. монгольское завоевание Китая практически завершилось, и в распоряжение Хубилая перешел значительный морской флот южного Китая. От Кореи опять потребовали подготовить дополнительные суда и войско, и она действительно предоставила 900 кораблей, 10 000 корейских солдат и 17 000 моряков. Эти силы были сосредоточены в Айура в Корее, и к ним присоединилось 15 000 китайцев и монголов. Это был авангард армии вторжения, за которым должно было последовать огромное китайское войско в 100 000 человек и 60 000 моряков на 3 500 судах. Этот второй эшелон, получивший название армии «к югу от Янцзы», должен был ко 2 июля соединиться с восточной армией у острова Ики и сосредоточиться для совместной атаки на Кюсю.
Восточная (Корейская) армия отплыла 22 мая 1281 г. и 9 июня вторглась на остров Цусима. Сопротивление было гораздо более упорным, чем во время первого вторжения, и на Цусима, и на Ики, где монголы высадились 14 июня. Китай-ский флот еще не снялся с якоря – у его командиров возникли проблемы с формированием и обеспечением столь огромного войска, поэтому восточная армия попыталась начать наступление раньше намеченного срока, не дожидаясь подкреплений. 21 июня дозорные на побережье Кюсю заметили «круглые носы и складчатые паруса» вражеского флота. Это оказалась, однако, лишь часть монгольского войска, направлявшаяся на западный Хонсю для отвлекающего маневра, чтобы прикрыть высадку основных сил на Кюсю. Пока этот отряд проплывал мимо, главные силы направились в бухту Хаката. Монголы попытались высадиться на отмели Сига, у самого конца стены, откуда им легче всего было бы зайти во фланг японцам. Однако они встретили столь яростное сопротивление, что после нескольких дней непрерывных сражений им удалось высадить только один отряд. Поскольку стену удерживали на всем ее протяжении, японцам удалось перейти от обороны к нападению. Они выходили из Хаката на маленьких, быстрых и маневренных лодках, по десять – пятнадцать человек в каждой, и предпринимали ночные атаки на монгольские суда, нанося внезапные удары и столь же внезапно отступая. Фанатичные самураи подходили к монгольскому кораблю, валили собственную мачту, чтобы использовать ее как абордажный мостик, вступали в рукопашную схватку с монголами и возвращались назад. В одном случае тридцать самураев вплавь добрались до корабля, отрубили головы команде и уплыли обратно. Другой прославленный эпизод связан с неким Кусано Дзиро, который атаковал монгольский корабль при свете дня. Несмотря на ливень стрел и на то, что Кусано потерял в бою левую руку, он сжег корабль и захватил двадцать одну голову.
Наиболее известный из этих рейдов на «малых судах» был проведен Коно Митиари, который также вышел при свете дня на двух лодках, с виду невооруженных. Монголы подумали, что они идут сдаваться, и не стали открывать огонь. Японские лодки подошли вплотную, самураи свалили мачты и бросились на абордаж. Коно Митиари убил капитана корабля, взял в плен военачальника высокого ранга и ушел под прикрытием горящего судна.
В конце концов 30 июня монголы отвели войска на остров Такасима и попытались высадиться на другом участке побережья. Их снова отбросили. Монголам приходилось оставаться на переполненных судах, в страшной тесноте. Стояла удушливая жара. Началась эпидемия, которая унесла 3 000 человек, а корабли стали гнить. Поскольку армия Янцзы была еще в пути, монголам оставалось только ждать и отбивать атаки японцев.