Успех Ёсицунэ был теперь главным его козырем. Вожди самураев видели, как он дважды разбил Тайра в бою, и поспешили связать свою судьбу с белым стягом Минамото. Ёсицунэ был особенно рад принять клятву верности от нескольких самураев-мореплавателей, которые помогли доставить армию Минамото к месту одной из самых решающих битв в истории Японии - Дан-но - ура.
Ситуация накануне битвы, 24 апреля 1185 г., складывалась следующая: флот Тайра под командованием Тайра Томомори базировался на Хикосима, откуда они могли контролировать западные подходы к проливу Симоносэки. Флот Минамото быстро подходил со стороны Сикоку, когда флот Тайра покинул базу и вышел в море, как они обычно поступали со времен Ити-но-тани. Они плыли на восток по проливу, пока не поравнялись с Та-но-ура на Кюсю, в нескольких милях к востоку от современного города Кита-Кюсю. В это же время флот Минамото подошел к острову Мандзусима. Теперь оба флота стояли всего в двух милях друг от друга.
Тайра были уверены в себе. В войне на море они бесспорно были опытнее Минамото, однако благодаря недавно заключенным Ёсицунэ союзам флот Минамото превосходил их численностью: соотношение было примерно 850 к 400, и новые союзники Минамото управлялись с кораблями не хуже Тайра. Тайра Томомори обратился с проникновенной речью к членам своего клана, напомнив им, что на этот раз отступать будет некуда. Им следует не страшиться за свою жизнь, а сражаться как можно храбрее. Затем Тайра Кагэкиё призвал своих самураев прежде всего вступить в схватку с Ёсицунэ. "Узнать его будет нетрудно, сказал он, - он лицом бел, ростом мал, зубы торчат вперед". Единственный самурай, в верности которого Томомори сомневался, был некий Тагути Сигэёси. Подозревая его в предательских замыслах, Томомори спросил у Мунэмори позволения на всякий случай его обезглавить. Но эта просьба была отвергнута, и поскольку сражение уже начиналось, Сигэёси позволили занять место в боевом порядке Тайра. В качестве меры предосторожности императора поместили на обычный корабль, а увешанный вымпелами флагман служил прикрытием. Суда, которые они использовали, были очень простыми. Никакого собственного вооружения они не имели и служили лишь в качестве плавучих платформ для самураев.
Минамото выстроили свои суда в линию, а Тайра разбились на три эскадры. Сражение началось между 6 и 8 часами утра 15 апреля 1185 г. напротив пляжа на Хонсю, известного как Дан-но-ура. Тайра воспользовались приливом, и течение понесло их суда на восток, на флот Минамото. Когда их передовые суда подошли на расстояние около 300 метров, завязалась перестрелка. Течение было несильным, и стрелки Тайра поразили многих противников. Казалось, сражение разворачивается так, как они хотели, и Томомори старался использовать это преимущество, насколько позволяли обстоятельства.
Около 11 часов два флота сблизились, и вокруг Ёсицунэ разгорелась жестокая схватка. Тайра Норицунэ едва не захватил его в плен, проложив себе путь на судно Ёсицунэ. Ёсицунэ спасся, перебравшись на другую лодку, а тем временем три самурая набросились на Норицунэ. Он столкнул одного за борт, а двух других обхватил руками и бросился в море. Два фактора, однако, существенно изменили ситуацию. Во-первых, изменилось направление приливного течения, и теперь преимущество было на стороне Минамото, которые со скоростью восьми узлов теснили Тайра к Дан - но-ура. Вторым фактором стала измена Тагути Сигэёси, который внезапно спустил красный флаг Тайра и покинул их строй, чтобы присоединиться к Ёсицунэ. Поднявшись на борт корабля Ёсицунэ, он раскрыл ему местопребывание императора, и тогда все силы Минамото были брошены против одного корабля.
Еще большее смятение среди Тайра вызвал отданный Ёсицунэ приказ лучникам сосредоточить огонь на гребцах и рулевых. Вскоре многие суда Тайра уже беспомощно дрейфовали по течению, Минамото обступили их со всех сторон, и Томомори понял, что все потеряно. Он взошел на борт судна, где находился малолетний император, чтобы сообщить, что сражение проиграно и единственным выходом остается самоубийство. Бабка императора, вдова Киёмори, взяла восьмилетнего государя за руку, и они медленно подошли к борту корабля. Здесь они вознесли молитвы Великой богине в Исэ и Будде и со словами: "Там на дне, под волнами, мы найдем другую столицу" бросились в волны.
Тут началось самое трагическое массовое самоубийство в истории самураев. Мать императора бросилась в море вслед за ними, но ее выловил один из самураев Минамото, подцепив за волосы боевыми вилами. Жена Сигэхира тоже собиралась броситься в воду, но стрела пригвоздила край ее одежды к борту судна, заставив выронить шкатулку, которую она несла. Оказалось, что в ней находилось священное зеркало, одна из императорских регалий. Священный меч уже бросили в море. Тайра Норимори и Цунэмори тем временем привязали к своим доспехам по тяжелому якорю и бросились в море, взявшись за руки. Так же поступили другие члены семьи - Сукэмори, Аримори и Юкимори. Однако Мунэмори, слабый духом, стоял в нерешительности, пока один самурай, которому подобное поведение вождя показалось отвратительным, не столкнул его в воду. Мунэмори оказался хорошим пловцом и продержался на воде до тех пор, пока Минамото не взяли его в плен. Его мать высказалась по поводу его трусости, прежде чем броситься в воду с юным императором. Она якобы сказала даже, что Мунэмори сын вовсе не прославленного Киёмори, а торговца зонтиками, который согласился отдать его в обмен на новорожденную девочку. Последним в тот день покончил с собой Тайра Томомори. Он бросился в море, облачившись в два комплекта доспехов.
О скорбный вид! Алые знамена, алые стяги, брошенные, изорванные, плавали в море, как багряные кленовые листья, что устилают воды реки Тацута, сорванные порывами бури. Алым цветом окрасились белопенные волны, набегающие на берег. Опустевшие судна, потерявшие кормчих, гонимые ветром, увлекаемые течением, качались на волнах и уносились в неведомые морские дали...
Сражение при Дан-но-ура закончилось полным уничтожением клана Тайра. Едва ли кто из упомянутых здесь членов этого рода уцелел в этом бою, и после Дан-но-ура имя Тайра исчезает со страниц японской истории. Ни одна из побед в истории самураев не была столь полной, как эта. Сами масштабы побоища, жертвой которого стал целый клан, отвели ему достойное место в многообразном мире японских рассказов о призраках. Массовая гибель стольких людей не могла не произвести впечатления и на местных жителей. В течение многих столетий моряки боялись заходить в воды Дан-но-ура, опасаясь встречи с неугомонными призраками Тайра, обреченными бродить среди волн. Фантазия крестьян рисовала целые призрачные армии, выходившие из моря с бездонными черпаками, которыми они пытались очистить его от вековой скверны. Существует известная легенда о крабах хэйкэ, в панцирях которых заключены души мертвых самураев (при избытке воображения действительно можно разглядеть в их панцирях очертание человеческого лица).
Война Гэмпэй подошла к концу, и Минамото Ёритомо, "властитель Камакура", стал реальным правителем Японии. Меры, которые он принял для укрепления своего положения, сильно отличались от методов Тайра и Фудзивара. Ёритомо решил править из Камакура, и в 1192 г. принял титул сэйи-тай сёгуна. Титул сёгуна, или "главнокомандующего, покоряющего варваров", был до тех пор временным - император его давал военачальнику, которому поручалось подавить какой-нибудь мятеж. Ёритомо превратил этот временный титул в постоянный - данное ему новым императором поручение исполнялось до 4 января 1868 года! Таким образом Ёритомо установил наследственную военную диктатуру, которая навеки должна была принадлежать роду Минамото, получившую название сёгунат, или бакуфу - последнее слово происходит от маку, больших полотен, которые окружают ставку полководца на поле боя. Сёгунат стал правительством самураев, состоявшим из самураев и действовавшим в интересах самураев. Институт императорской власти был сохранен, но вся реальная политическая власть перешла в руки самураев, единственной силы, которая осталась в стране. Они и стали настоящими победителями в войне Гэмпэй.
Что касается величайших из самураев, то их награда была невелика. Зависть и подозрительность привели к тому, что Ёритомо стал преследовать Ёсицунэ. Собственного брата, человека, который помог ему достичь столь высокого положения, он объявил вне закона. После Дан-но-ура за Ёсицунэ в течение четырех лет охотились по всей Японии, как за диким зверем. С горсткой верных соратников, включая неизменного Бэнкэя, он ухитрялся уходить от шпионов брата и преследовавших его армий. Эти приключения превратили Ёсицунэ в мифологическую фигуру, вдохновлявшую многие поколения художников и драматургов. Путешествуя по морю, он встречал призраки Тайра, а один случай, когда он едва сумел уйти от преследователей, достоин особого упоминания, поскольку иллюстрирует характер взаимоотношений между самураем и его слугой.