Кроме Токугава, которые владели 20% всех земель, были и другие имена, одни - их прежние союзники, другие - бывшие враги, которые управляли своими владениями так же, как и их господа в Эдо, только владения их были меньше. Крупнейшими из этих даймё были Маэда, доход которых составлял примерно четверть дохода Токугава. Когда установился сёгунат Токугава, термин даймё, до тех пор применимый к любому крупному землевладельцу, стал обозначать землевладельца, годовой доход которого составлял 10 000 коку или более. Даймё, таким образом, стали высшей прослойкой самурай-ского сословия при сёгунате. Стремительный рост укрепленных городов и распределение даймё по провинциям, указанным Токугава, еще более усилили заметную уже при Нобунага тенденцию к превращению самураев в замкнутое сословие. Хидэёси отнял у крестьян оружие. Теперь Иэясу и его преемники лишали их самоуважения. Если крестьянин оскорбил самурая, он мог быть убит на месте самурайским мечом. Рассказывают историю, как один старый торговец маслом обругал Иэясу, и тогда один из его приближенных рубанул его мечом по шее. Клинок прошел сквозь нее так стремительно, что торговец сделал еще несколько шагов, прежде чем голова скатилась с его плеч. Случаи столь быстрого возмездия были, к счастью, очень редкими, но два меча на поясе самурая оставались символом его власти, которую низшие сословия волей-неволей должны были признавать.
С военной точки зрения, в годы мира и организация, и личный состав военной машины Токугава все больше и больше бюрократизировались. В системе Токугава самурайское сословие делилось на хатамото, или "знаменных", и го-кэнин, или "домашних". Хатамото, что буквально означает "под знаменем", самураи с доходом от 100 до 10 000 коку. "Домашние" имели доход менее 100 коку; существовали также соответствующие подразделения для приближенных даймё.
Основной военной функцией "знаменных" и "домашних" было формирование армии запаса. В случае войны "знаменные" должны были снарядить определенное число всадников, соответствующим образом вооруженных, и число это зависело от их дохода. В самом начале сёгуната Токугава число это равнялось приблизительно трем воинам на каждые 100 коку, откуда можно рассчитать и вклад отдельных даймё в формирование армий, сражавшихся при Сэкигахара. Надо отметить, что во время корейской войны Хидэёси потребовал от даймё Кюсю по шесть человек на каждые 100 коку и меньшее число людей от других магнатов, пропорционально удаленности их владений от Кюсю. Разнарядка, или предписание о распределении по видам оружия, пересматривалась в 1616, 1632 и 1642 гг., и последнее предписание оставалось в силе до конца существования сёгуната. По предписанию 1649 г. "знаменный" с доходом, скажем, в 200 коку должен был выставить одного меченосца самурайского сословия ("домашнего"), одного копьеносца (дитто) и трех человек прислуги (простолюдинов), что составляло, включая его самого, шесть человек. "Знаменный" с доходом в 1 000 коку выставлял одного аркебузира, одного лучника, двух копьеносцев, пять меченосцев и пять человек прислуги. Это совпадает с описанием европейского наблюдателя того времени, согласно которому даймё должен был снарядить по двадцать пехотинцев и по два всадника на каждые 1 000 коку своего годового дохода.
Элиту армии Токугава составляла О-бан, или Великая Гвардия, которая первоначально делилась на три отряда. Когда армия Иэясу во время корейской войны отправилась в Нагоя нести гарнизонную службу, их было уже пять, а к 1623 г. число отрядов достигло двенадцати. Каждый отряд включал капитана (о-бан касира), пять лейтенантов (о-бан кумигасира) и пятнадцать гвардейцев (о-бан). Каждый капитан имел под своим началом тридцать "домашних", а его перечисленные выше подчиненные выставляли своих людей в соответствии с разнарядкой. Помимо Великой Гвардии, существовали также лейб-гвардия (соин-бан), охранявшая персону сёгуна; Внутренняя Стража (косо-бан), охранявшая замок Эдо; Новая Гвардия (син - бан), ничего конкретного не охранявшая и сформированная в 1643 г., скорее всего, затем, чтобы обеспечить должностями родственников многочисленных наложниц третьего сёгуна Токугава, Иэмицу.
Помимо бан, существовал еще целый ряд специальных подразделений, различавшихся главным образом вооружением, как, например, 25 отрядов по сотне всадников, вооруженных ружьями и известных как тэппо хяку-нин - гуми. С точки зрения военной они были эффективнее вооруженных мечами конников Великой Гвардии, но по статусу тем не менее стояли гораздо ниже. Зачисление в бан, особенно в Великую Гвардию, было престижно и служило началом военной карьеры. Особого мастерства в обращении с оружием для этого не требовалось, и, поскольку воевать было не с кем, поддерживать боеспособность армии было непросто. В 1650 г. вышел закон, запрещавший праздным гвардейцам устраивать поединки и осуществлять кровную месть, за которым последовал другой закон, предписывавший им содержать в порядке военное снаряжение. В 1694 г. появился даже закон, требовавший, чтобы самураи армии сёгуната совершенствовались в военном искусстве, что странным образом противоречит распространенному взгляду на самураев. Многие гвардейцы Великой Гвардии, как оказалось, не умели даже плавать, не говоря уже об обращении с мечом. Энергичный сёгун Ёсимунэ попытался в 1701 г. возродить спартанские доблести самурайства, но его призывы ни к чему не привели. Упадок самурайства был вызван не только отсутствием возможности попрактиковаться в военном деле. К концу семнадцатого века самураев занимали не столько тонкости фехтовального искусства, сколь необходимость сохранить платежеспособность. В мире постоянно растущих цен ежегодное жалованье, выраженное в рисе, обеспечивало самураю фиксированный годовой доход. Уже в 1630 г. расходы, связанные с периодическим пребыванием в Эдо для несения стражи и выполнения других обязанностей, вызывали у многих финансовые затруднения. Предметы роскоши, которых требовала жизнь в столице сёгунов, стоили дорого, и это сказывалось на способности знаменного самурая содержать ту вооруженную свиту, которую он обязан был выставлять согласно предписанию. В 1633 г. жалованье было повышено, однако его все равно было недостаточно, чтобы удержать самураев от посещения ломбардов и ростовщиков. В 1673 г. один самурай, с жалованьем в 300 коку, столкнулся с неразрешимой финансовой проблемой. Его жалованье было равно 75 рё в серебряной монете (что соответствует примерно полутора килограммам золота), однако в тот год он потратил 38 рё на содержание всадников и прислуги, 10 на покупку коня и фураж, 18 на масло, овощи и прочие предметы первой необходимости и 30 на одежду, бумагу и всякую всячину, что составило в итоге 108 рё. Недостающие деньги ему пришлось занимать у ростовщиков. В концу XVIII века один самурай продал свое жалованье в рисе, чтобы заплатить за жилье. Хотя самурай и пользовался правом носить два меча, звонкой монетой владело презренное торговое сословие.
Самый яркий пример все большего обнищания самурайского сословия относится к 1856 г., к самому концу правления Токугава, когда один самурай вынужден был занимать деньги у тех самых крестьян, которые обрабатывали его земли. Крестьяне, над которыми в теории он имел право жизни и смерти, грозили оставить должности сельских старост, если он не сократит свои расходы; для начала, предложили они, ему неплохо было бы выгнать собственного брата, бездельника и транжира.
В Японии Токугава далеко не все самураи занимались исключительно военным делом. Многие самураи, с важным видом шествовавшие по Эдо, выполняли всего-навсего различные мелкие поручения, вроде наблюдения за ремонтом стен замка или оценки ущерба от наводнения. Пусть сама идея вооруженных до зубов гражданских служащих и кажется забавной, эти люди также были самураями, их статус был равен статусу военнослужащих, и теоретически они также были обязаны содержать вооруженную свиту в соответствии с предписанием. Представьте себе городскую ратушу, где вместо обычных чиновников за столами сидят офицеры местного гарнизона. К тому же, как и у их коллег в гвардии, у них возникали те же самые экономические проблемы.