Иноземного вторжения, которого Бандзан опасался, не произошло, однако, когда он был еще молодым, самураи были весьма обескуражены одним внутренним событием. Это было восстание на Симабара, мятеж, которому по причине его религиозной подоплеки много внимания было уделено западными историками. Само восстание началось как крестьянский бунт, возглавленный горсткой отчаянных ронинов, которые восстали против чудовищных злоупотреблений местного даймё, Мацукура Сигэхару. Этот отвратительный тип имел обыкновение пытать своих крестьян всевозможными мучительными способами, как-то: связывал их, одевая в соломенный дождевик, а затем поджигал солому. Мало у кого из повстанцев было оружие, когда начался мятеж, но они быстро восполнили этот пробел, заманив в засаду правительственный карательный отряд. Затем они укрылись в полуразрушенном замке Хара на полуострове Симабара, который наскоро восстановили. Вскоре на стенах замка появились христианские знамена и большие деревянные кресты, и он превратился в средоточие сопротивления любым формам угнетения. Считают, что в замке собралось до 37 000 человек, включая женщин и детей, когда Итакура Сигэмаса попытался взять его штурмом во главе 50-тысячной армии. К великому изумлению и негодованию самураев, им пришлось отступить с большими потерями. Во время очередного приступа, в день японского нового года в 1638 г., Итакура был убит, а его преемник Мацудайра Нобуцуна начал блокаду замка. И здесь, уже не в первый раз в истории Японии, пришли на помощь европейские "торговцы оружием". Голландские пушки бомбардировали замок с суши, а голландские корабли обстреливали его с моря. Голландское участие, однако, вскоре прекратилось - в лагерь осаждавших были выпущены из замка стрелы с посланиями, где их осмеивали за то, что они полагаются на иностранцев. К 4 апреля 1638 г. в замке кончилась провизия, а вылазка, которую осажденные предприняли, чтобы захватить припасы, окончилась неудачно. 12 апреля осаждавшие атаковали ослабленный гарнизон, и им удалось прорваться через внешние стены. После двухдневного сражения замок пал, его защитники отбивались до последнего, используя в качестве оружия горшки и кухонные котлы.
Восстание на Симабара было потрясением для сёгуната. Толпа христиан, земледельцев и ронинов, смогла противостоять армии хорошо обученных, как считалось, самураев. Это событие было предвестником упадка самурайства.
Самым непосредственным результатом восстания на Симабара стало появление амбициозного проекта, который, будь он осуществлен, мог бы добавить немало интересных глав к истории самураев. В 1624 г. несколько кораблей, принадлежавших Мацукура Сигэмаса, даймё Симабара и отцу упомянутого выше тирана Сигэхару, были занесены ветром в Лусон на Филиппинских островах. Моряки вступили в контакт с местным населением и по возвращении доложили обо всем Мацукура. Описание Филиппин заставило Мацукура подумать о вторжении на эти острова, и он обратился за разрешением к сёгуну. Столь невероятный замысел едва ли мог получить поддержку, если бы не тогдашнее соперничество между голландскими протестантами и испанскими католиками. Голландцы увидели в этом плане прекрасный способ уменьшить испанское влияние в регионе и снабдили сёгуна картами, лоциями, пушками и бесчисленными советами. Они предложили даже переправить всю японскую армию вторжения численностью порядка 10 000 солдат и обеспечить охрану транспортных судов от испанских галеонов. Проект отложили, когда в 1630 г. умер Мацукура, но в 1637 г. сёгун дал разрешение продолжить подготовку к вторжению на Филиппины. Однако в 1637 г.сын Мацукура Сигэмаса был занят подавлением мятежа на Симабара, а когда восстание закончилось, бессмысленность этого проекта стала очевидна, и от него просто отказались.
Еще одним следствием восстания на Симабара стало то, что сёгунат вновь обратил внимание на европейскую военную технологию. Неудачная бомбардировка Симабара продемонстрировала японцам необходимость взять на вооружение что-то вроде мортиры, на случай, если подобное восстание повторится. Голландцы уже предлагали им мортиры, видимо, в оправдание неэффективности произведенного ими обстрела замка; так или иначе, в 1639 г. голландцы продемонстрировали это новое оружие японцам. Самураи и прежде сталкивались с подобным оружием, однако голландские мортиры произвели на них гораздо большее впечатление. Они стреляли двенадцатидюймовыми бомбами, обладавшими огромной разрушительной силой. В качестве испытательного полигона был выбран участок земли с пятью стоявшими на нем домами. Несчастных жителей выселили, и демонстрация началась. Первый выстрел не достиг цели, и бомба упала на залитое водой рисовое поле. Японские наблюдатели уже решили, что она пропала, как вдруг она разорвалась с такой силой, что в воздух взлетели кучи грязи. Второй снаряд разорвался в стволе и произвел большие разрушения. Японцев, однако, это не обескуражило: раны перевязали, и демонстрация продолжалась. Следующая бомба также не долетела до домов, но упала на твердую землю, где после взрыва образовалась воронка в три метра шириной и в два глубиной. Пятый снаряд разорвался в воздухе, что очень удивило японцев, и тогда голландский артиллерист пояснил, что он сделал это специально, чтобы повеселить их. Всего было выпущено одиннадцать бомб, и японцы убедились, что, упади они в крепости, наделали бы много вреда; однако они были разочарованы тем, что ни один из снарядов не попал в дома. Поэтому голландцев попросили поместить бомбу в один из домов и поджечь запал. Так и сделали. Бомба взорвалась со страшным грохотом и подожгла крышу. Зрителей это так восхитило, что они разразились бурными аплодисментами.
Поставки мортир и другого оружия, наряду с твердой антикатолической позицией, обеспечили голландцам определенный иммунитет при изгнании иноземцев в 1640 г. В течение последующих двух столетий маленькая голландская фактория на Дэдзима, искусственном островке в гавани Нагасаки, оставалась центром распространения европейской военной науки. За этим единственным исключением ни одному иностранцу не разрешалось ступать на японскую землю и ни одному японцу не позволялось ее покидать. И хотя закрытие Японии вовсе не было столь абсолютным, как часто думают, оно имело далеко идущие последствия для истории этой страны.
Еще одним свидетельством упадка самурайства стала деградация японских доспехов. Затяжные войны шестнадцатого века довели защитное вооружение до такого совершенства, что доспехи могли выдержать выстрел из аркебузы и в то же время допускали максимально возможную свободу движения. Был разработан новый тип доспехов, где нагрузка снималась с плеч и переносилась на бедра; возникло массовое производство доспехов для асигару, включая дзингаса, или "солдатскую шляпу", которую, по совету Иэясу, следовало делать из железа, чтобы солдаты могли варить в ней рис.
Когда на смену воинственному периоду Момояма пришли мирные дни Эдо, те свойства вооружения, которые делали его столь удобным "боевым облачением", пришли в упадок или совсем исчезли. Увеличение количества украшений создавало больше мест, где мог застрять наконечник копья. Использование рельефных украшений настолько ослабило прочность брони, что она уже не могла противостоять аркебузной пуле. Семейство Мётин, в прошлом известные изготовители боевых доспехов, обратилось к созданию произведений искусства. Теперь их изысканные, богато украшенные изделия едва ли смогли бы принести какую-то пользу в бою. Действительно, это вооружение, столь редкое и дорогое в наши дни, было ничуть не менее редким и дорогим уже тогда, когда его только что изготовили. Самураи, не достигшие ранга даймё, покупали то вооружение, которое было им по карману, а для подавляющего большинства самураев понятия "полный комплект доспехов" вообще не существовало. Они выбирали у оружейников панцири, перчатки и шлемы по той цене, которую могли себе позволить. Потому самураи низших рангов чаще всего приобретали доспехи попроще и, соответственно, более эффективные в условиях войны.