Окончательный раскол произошел из-за сепаратного мира с Германией. Брестский мир весной 1918 года, с одной стороны, спас правительство большевиков, с другой, настроил против них пол-России. Спиридонова поначалу была сторонницей немедленного мира с немцами. Потом когда немецкие войска двинулись вперед, ее мнение изменилось. Левые эсеры провели свой съезд и потребовали расторжения Брестского договора, считая, что он душит мировую революцию.
4 июля 1918 года в Большом театре открылся пятый всероссийский съезд Советов. Председательствовал Яков Михайлович Свердлов. Настроения в зале были антибольшевистские. Они усилились, когда выступил представитель Украины, который сказал, что украинцы уже восстали против германских оккупационных войск, и призвал революционную Россию прийти им на помощь.
«Неистовое негодование, возмущение, — писал присутствовавший на съезде сотрудник французской военной миссии капитан Жак Садуль, — особенно заметно на скамьях левых эсеров, расположенных справа от президиума. Крики «Долой Брест!», «Долой Мирбаха!», «Долой германских прислужников!» раздаются со всех сторон. Дипломатической ложе грозят кулаками. В течение дня Троцкий произносит две речи. Он устал и нервничает. Его голос перекрывают выкрики левых эсеров, которые обзывают его Керенским и лакеем Мирбаха…»
Лев Давидович Троцкий уже ушел в отставку с поста наркома по иностранным делам и возглавил Красную армию, которую еще предстояло сформировать. Он лучше других знал, что военный конфликт с германской армией смертельно опасен для советской власти. Троцкий потребовал расстреливать всех, кто ведет враждебные действия на демаркационной линии с немцами: раз подписали мир, не надо их провоцировать.
Эсеры, требовавшие продолжения войны с Германией, приняли слова Троцкого на свой счет. С револьвером на боку член ЦК партии эсеров Борис Давидович Камков обрушился с бранью на немецкого посла графа Вильгельма Мирбаха и назвал большевиков «лакеями германского империализма».
Борис Камков, отражая настроения эсеров, которые были крестьянской партией, пригрозил большевикам:
— Ваши продотряды и ваши комбеды мы выбросим из деревни за шиворот.
Посол Мирбах был влиятельным человеком в Москве. От него многое зависело.
«На Украине находились немцы, — вспоминал один бывший офицер, намеревавшийся уехать в Киев, — пропуск получить можно было у германского посла в Москве графа Мирбаха. В мае я отправился в Москву. Перед германским консульством были большие толпы желавших получить пропуск на Украину. Я записался в очередь и уехал опять в Рыбинск, так как моя очередь могла быть в июне — через месяц».
6 июля 1918 года несколько членов ЦК эсеров демонстративно покинули Большой театр, где шел съезд Советов, и собрались в штабе отряда ВЧК в Покровских казармах в Большом Трехсвятительском переулке.
Эсеры убили германского посла, и это стало сигналом к вооруженному восстанию. Левые эсеры располагали вооруженными отрядами в Москве и считали, что вполне могут взять власть. Они все еще считали себя самой популярной партией в крестьянской России. На выборах в Учредительное собрание деревня голосовала за эсеров, которые обещали дать им землю. На выборах в Советы им достались голоса почти всех крестьян.
Ликвидацию мятежа взял на себя нарком по военным и морским делам Лев Троцкий. Под предлогом проведения совещания из Большого театра вывели всех делегатов съезда Советов, кроме левых эсеров.
«К восьми часам вечера, — писал Жак Садуль, — в зале, не считая нескольких журналистов, остаются только делегаты левых эсеров и их сторонники. Театр окружен красноармейцами. Выходы охраняются…
Большевики проявили хладнокровие, замечательную быстроту в принятии решений, задержав в этом зале почти всех делегатов и большинство лидеров эсеров, в том числе и Спиридонову. Они завладели драгоценными заложниками и оставили эсеров без их самых самоотверженных агитаторов. Делегаты чувствуют, что они в руках безжалостного противника. В пустом на три четверти зале, который кажется темным при ярком свете люстр, левые эсеры принимают решение организовать митинг. Председательствует Спиридонова.
Стоя, все, как один, низкими голосами они поют похоронный марш, затем «Интернационал», потом другие революционные песни, пронзительно грустные. Вскоре, однако, эти молодые, готовые бороться, пылкие люди берут себя в руки. Их охватывает чуть нервное веселье. Ораторы произносят проникновенные или юмористические речи…»