Но по возвращении в Москву Лев Александрович и ближайшие его помощники были арестованы по абсурдному доносу. Он отказался подписывать признания в несуществующих преступлениях, хотя ежовские заплечных дел мастера переломали ему все рёбра.
Оказавшись в лагерях Печоры, Зильбер разработал и получил дрожжевой препарат на основе ягеля, чем спас жизнь сотням заключённых, погибавших от авитаминоза.
Когда же с самим Ежовым покончили, у Зильбера, выпущенного на свободу, образовалась небольшая — примерно с год — передышка, которой он воспользовался для написания и публикации монографии по итогам экспедиции.
Затем он был вторично арестован уже при Берии. По слухам, истинной причиной срока в этот раз стал отказ Зильбера участвовать в создании бактериологического оружия.
Сын Зильбера вспоминал об отце: «Во время второго заключения он оказался в так называемой шарашке — закрытом учреждении НКВД, в котором арестованные учёные трудились под постоянным и бдительным контролем. Тем не менее работа в „химической шарашке“ была отдушиной, позволившей хотя бы частично вернуться в науку, без которой Лев Александрович существовать не мог. Как он позже писал, „обстоятельства сложились так, что у меня было достаточно времени для того, чтобы подумать“. Действительно, работа в „шарашке“ предоставила эту возможность, там не вызывали на допросы, не истязали».
Страсть Льва Александровича к науке не исчезла и в условиях заключения. На махорку, например, он выменивал пойманных крыс и мышей для продолжения своих экспериментов.
Тогда его захватила проблема рака. Именно там, на зоне, Зильбер впервые дошёл до идеи, что вирус — агент, который инициирует рост опухоли, но сам в ней не принимает участие.
Не так давно Нобелевский комитет присудил премию по медицине учёному из Германского центра исследования рака Харальду цур Хаузену <«а открытие вирусов папилломы человека, инициирующих рак шейки матки». И теперь на Западе всем девочкам положено делать прививки для предотвращения этого опасного и очень распространённого заболевания.
Дважды Зильбер побывал в заключении, и дважды его вырывали из лап советской инквизиции друзья и коллеги. Искренне восхищён мужеством наших учёных, которые не побоялись заступиться. В марте 1944 года 50-летнего Зильбера освободили. Причиной тому стало письмо о его невиновности, направленное Сталину главным хирургом Красной армии Бурденко, вице-президентом Академии наук Орбели, писателем Кавериным и бывшей женой Зильбера Зинаидой Ермольевой — создательницей пенициллина.
Попутно вспоминается и поступок академика Петра Капицы, который заступился за Ландау. Это была настоящая интеллигенция!
Согласно легенде, после публикации монографии по энцефалиту в 1946 году «отец народов» даже извинился перед Зильбером за несправедливость и собственноручно вручил ему премию своего имени.
Компенсация морального ущерба, как ныне выражаются господа демократы.
Но вряд ли от этого было легче.