Согласно показаниям Лиззи, именно тело Эндрю Бордена она «обнаружила» первым. Он все еще лежал на кушетке, правая щека покоилась на подушке, но из-за повреждений он был фактически неузнаваем. По лицу струилась кровь, один глаз был разнесен почти надвое и вываливался из глазницы, нос отрублен, всего на лице насчитывалось одиннадцать ран. Череп смят, будто он был не прочнее яичной скорлупы.
Возникло замешательство. Лиззи начала кричать, чтобы спустилась Бриджит, после чего послала прислугу за семейным доктором. На стенах гостиной повсюду была кровь, пятна также ясно виднелись на ковре и на софе.
Согласно записям полицейских, доктор Боуэн прибыл в 11.30 утра, а к 11.45 семь полицейских вместе с медэкспертом Вильямом Доланом уже тоже находились там. Вскоре доктор Боуэн покинул дом, чтобы послать телеграмму Эмме Борден, в которой сообщил ей о преступлении. Когда он вернулся, его встретила еще более страшная новость: Бриджит с соседкой, миссис Эдди Черчилль, поднялись наверх и обнаружили там Эбби Борден, лежащую вниз лицом в луже собственной крови. Голова была почти отделена от тела мощным ударом но шее, а другой удар стесал огромный лоскут кожи со скальпа. (Позднее было установлено, что Эбби Борден умерла от первого полученного удара, потому что хоть раны и были глубокими, очень мало крови было разбрызгано по стенам и на мебели.)
Начался осмотр. Первым делом офицер Майкл Маллели спросил Лиззи Борден, есть ли в доме топоры, на что она ответила, что есть, даже несколько. Бриджит повела офицера в подвал, где Маллели обнаружил четыре похожих предмета. Один был в высохшей крови и в чем-то похожем на волосы (позднее выяснилось, что кровь и шерсть были коровьи), а другой со сломанным топорищем, в пепле. Этот второй топор и был, в конце концов, представлен в суде как вещественное доказательство. Затем Лиззи задали вопрос о ее местонахождении во время убийств. После того как она объяснила полиции, что находилась в сарае, где искала металлические грузила (она собиралась отправиться с сестрой на рыбалку в Фэйрхевен), сержант Филип Хэррингтон с сотрудниками обследовал указанное помещение. Пол чердака в сарае был покрыт тонким нетронутым слоем пыли, не было следов ни ног, ни рук, ни каких-либо других отпечатков.
Когда были сфотографированы тела на местах, в три часа пополудни оба трупа перенесли в столовую, где на обеденном столе доктор Долан и произвел вскрытие. У обоих, и у Эбби, и у Эндрю, вынули желудки, упаковали и отправили с посыльным доктору Эдварду С. Вуду, профессору химии в Гарварде. Это объяснялось желанием определить, не были ли жертвы отравлены перед тем, как их забили до смерти. Без сомнения доктор Боуэн упомянул, как плохо они чувствовали себя 3 августа и, возможно, теперь боялся, что может открыться что-нибудь еще более зловещее.
В конце концов, легче же забить до смерти человека, который уже ослаблен ядом. Вот что сообщается в отрывке из статьи в газете «Фолл Ривер Дейли Гералд» от 8 августа 1892 года:
«Джозеф А. Хант, содержатель исправительного дома, у которого огромный опыт работы полицейским в этом городе, обсуждая трагедию, выдвинул версию, которая ускользнула от внимания полиции, или если это не так, то полиция направила публику по ложному следу.
Мистер Ханг заявил: "Мое мнение таково, что оба, и мистер Борден, и его жена, были мертвы до нанесения убийственных ударов, может быть, отравлены синильной кислотой, которая вызывает мгновенную смерть. Топор использовался только чтобы отвести подозрение от тех, кто нашел тела. Я считаю, что это истинное состояние дела, потому что, если бы они были живы, когда наносился первый удар, действие сердца вызвало бы гораздо более широкое разбрызгивание крови, чем явствует из данных, представленных в документах. И к тому же слишком уж много мясницкой работы для такого небольшого количества разлетевшейся по сторонам крови"».
Однако, несмотря на подозрения Джозефа Ханта, когда результаты вскрытия вернулись из лаборатории доктора Вуда в Гарварде, они показали отсутствие синильной кислоты и других отравляющих веществ в желудках жертв. Вскрытие показало: «Я (доктор Вуд) обнаружил, что оба желудка выглядят абсолютно нормальными. Они, несомненно, здоровы. Отсутствуют свидетельства воспаления, нет следов действия отравляющего вещества или другого подобного средства».
С тех пор было множество споров, использовала ли Лиззи синильную кислоту, присутствие которой тяжело обнаружить, если жертве давали ее в малых дозах долгое время. Кроме того, образцы, взятые из желудка, не лучший индикатор при поиске этого особого яда.