Суд, который проходил в городе Нью-Бедфорде округа Бристоль, расположенном на расстоянии чуть менее пятнадцати миль от Фолл Ривер, длился более двух недель — с 5 по 20 июня 1893 года. По закону того времени, в заседании участвовали три судьи: председательствовал Джошиа Блейзделл, помощниками были члены суда Калеб Блоджетт и Джастин Дьюи. Жюри состояло из двенадцати мужчин — фермеров и торговцев. Также присутствовали около тридцати джентльменов от прессы, куда входили представители от «Бостон Глоб» и «Нью-Йорк Сан».
Свое появление в помещении суда Лиззи Борден обставила с шиком. Ее сопровождали два самых горячих ее сторонника, преподобные Бак и Джабб (которые вели службу во время похорон се отца и мачехи), она была одета в модное черное платье из ангоры с рукавами из каракульчи, на голове красовалась черная кружевная шляпа. Обвинителем от штата был Хосе Ноултон, помощником — Вильям X. Муди. Муди начал с изложения трех утверждений, все из которых, по его словам, обвинение может доказать вне всяких сомнений.
Первое, заявил он, Лиззи планировала убийства, чтобы получить значительную денежную сумму; второе, что она провела все свои планы до последней буквы; и третье, ее постоянная ложь при опросах полиции не была поведением невиновной женщины.
Позиция Муди была очень сильной, с учетом как финансового мотива, так и подробных свидетельств, связывающих обвиняемую с преступлением. Однако он немного переусердствовал с драматизмом, когда выложил на стол перед собой пакет (обертка которого позднее будет демонстрироваться как улика). Он развернул бумагу, скрывающую два жутких предмета. Там оказались гипсовые слепки с голов мистера и миссис Борден. Вполне понятно, что Лиззи потеряла сознание, но вскоре пришла в себя и оставалась во время всего суда инертно-спокойной, нарушив свое конституционное право на молчание лишь заявлением: «Я не виновна. Оставляю право говорить за меня своему защитнику».
Не сбившись, обвинение пошло дальше. Чтобы доказать свое первое утверждение, то есть мотив, Ноултон и Муди вызвали свидетелем Джона Винникума Морса, который заявил, что Эндрю Борден незадолго до смерти изменил свое завещание. Морс показал, что по новому завещанию Эмме и Лиззи доставалось по 25 тысяч долларов, а остальное состояние (оцениваемое в полмиллиона долларов) должно было отойти к Эбби Борден.
Затем Ноултон и Муди перешли к обсуждению «предрасположенности» Лиззи к убийству, пытаясь представить как улику ее свидетельские показания во время допроса. К несчастью для обвинения и очень удачно для Лиззи, ее юристы (в особенности Эндрю Дженнингс и Мэлвин Адамс) резко возразили против этого, утверждая, что ее заявления делались до того, как она была обвинена официально. Они также добавили, что в требовании Лиззи о присутствии при допросе адвоката, ей было отказано. Судьи согласились с Дженнингсом и Адамсом, лишив, таким образом, обвинение одного из самых решающих свидетельств. Но это было не самое худшее, потому что дальнейшие попытки обвинения также были сведены к нулю, когда один из судей дополнительно постановил, что показания Эли Бенса об отказе продать Лиззи синильную кислоту также должны быть изъяты, так как следов отравления не обнаружено.
Затем обвинение попыталось заявить, что топор в подвале дома Борденов был тем самым, что использовался для убийства. Они утверждали, что на нем явные следы того, что его недавно чистили не только водой с мылом, но также и золой. Длина ран, обнаруженных на обеих жертвах, также соответствует размеру лезвия топора. Однако не было обнаружено ни единой, убедительной улики, которая увязала бы топор с обвиняемой.
Наконец обвинение предъявило неспособность Лиззи точно вспомнить, где она находилась в момент убийства. Однако доктор Боуэн показал, что он давал Лиззи сульфат морфия не только в вечер, когда был убит ее отец, но также и во время допроса и пока ее держали в тюрьме в ожидании суда. Позднее защита Лиззи использовала это показание, утверждая, что лекарство могло повлиять на ее умственные способности, может быть, даже изменив ее воспоминания о местонахождении 4 августа.
Через двенадцать дней обвинение остановило дело. Они представили факты, четкие и логичные, но им сильно помешало судопроизводство.
По контрасту с обвинением защита взяла всего два дня для того, чтобы представить суду свою версию истории, хотя ее вариант был гораздо более натянутым. Проводимая тремя юристами — Эндрю Дженнингсом, Джорджем Робинсоном и Мелвином Адамсом защита настояла на том, что действие, разыгравшееся в доме номер 92 по Второй улице, не имело ничего общего с тем, что предъявило обвинение. Вместо того чтобы объявить преступницей Лиззи Борден, они уверяли, что кто-то проник в дом и, незамеченный ни одним из обитателей, убил мистера и миссис Борден, а затем проскользнул в подвал и сбежал через задний двор. Выстроив такой сценарий, защита представила ряд свидетелей, чтобы подтвердить, что во время совершения убийства в окрестностях видели какого-то странного чужака. Кроме того, они вызвали также Эмму Борден.