К этому времени относится участие Ерофея Хабарова в конфликте между воеводами Палицыным и Кокоревым. Дело дошло до прямых столкнбвений между их сторонниками. Однако большинство промысловиков Мангазеи и Туруханс-ка приняли сторону Палицына. Кокорев был осажден в Ман-газейском остроге.
На Кокорева была написана челобитная в Казанский приказ, в которой воевода обвинялся в насильствах и разорении Мангазеи. Хабаров лично взялся доставить грамоту в Москву.
От промысловиков Хабаров узнал о далекой реке Лене, куда Палицын хотел послать надежного человека с тем, чтобы обложить ясаком новые земли. Таким надежным человеком и стал Ерофей Хабаров.
Он прибыл на Лену в 1632 году. К этому времени этот край еще был плохо обжит и потому соболя здесь было гораздо больше, чем в Мангазее. Но теперь Хабаров занимался не только промыслом соболя. Южнее Якутска вверх по Лене, Киренге и Куте климат был более теплым, и лежащие здесь земли (елани) были вполне пригодны для пашенного земледелия. Здесь сажали рожь, овес, ячмень, горох.
В 30–40-е годы Хабаров был уже достаточно состоятельным человеком. В его хозяйстве кроме пашни и соляной варницы была также мельница, где обмолачивали урожай. Кроме того, он вел торговлю зерном, мукой и солью, что приносило ему немалый доход, занимался также соболиным и рыбным промыслами.
Но неожиданно для Хабарова настали плохие времена. До 1639 года земли, на которых находилось его хозяйство, входили в ближайший уезд. В 1639 году они вошли в состав Якутского воеводства, управление которого возглавил воевода Петр Головин.
Одной из главных задач нового воеводы было заведение государевой пашни для самообеспечения нового воеводства. Прибыв в 1641 году в Якутск, Головин занялся подыскиванием мест для государевых пашен. До распашки сланий и присылки для заселения земель крестьян Головин занял у Хабарова 3000 пудов зерна и 600 пудов ржаной муки. За короткое время весь занятый хлеб был съеден, но пашни так и не были распаханы, не было создано также и новых поселений.
Тогда Головани отписал в «государево» хозяйство большую часть земель Хабарова с двором и соляной варницей и стал внедрять на них казенную пашню. Но и тогда охочих крестьян для обработки ее не нашлось, и в виде «временной меры» Головин посадил на земли Хабарова служилых людей из якутского гарнизона, приказав им обрабатывать землю.
Хабарову же пришлось заново обзаводиться хозяйством в устье Киренги. По уговору с Головиным Хабаров обязался отдавать в казну каждый десятый сноп всего урожая. Но поскольку у Головина дело с казенной пашней по-прежнему продвигалось туго, он приказал Хабарову сдавать в казну пятую часть урожая.
Хабаров пытался протестовать, но в итоге лишился всей своей пашни. Затем Головин стал требовать от Хабарова финансовой помощи. Но тот отказался ее предоставить. Обострение отношений Хабарова с Головиным привело к прямому столкновению между ними, и Хабарова посадили в тюрьму.
Из нее он сумел передать жалобу на Головина, в которой обвинил воеводу в разорении всего своего хозяйства. В тюрьме Хабаров пробыл два с половиной года и из нее подал вторичную жалобу в Сибирский приказ.
К этому времени между воеводами снова начались распри и противники Головина воспользовались жалобой Хабарова, чтобы отстранить от власти своего главного врага.
Хабаров был выпущен из тюрьмы, а два года спустя Сибирский приказ, разобрав жалобу Хабарова, признал ее правомерной и приказал новым воеводам вьщать ему из казны 500 рублей в счет возмещения убытков. Но якутская казна была пуста и Хабаров ничего не получил.
Он вернулся на Киренгу, где решил создать целую слободу вольных поселенцев. За свой счет Хабаров снабжал крестьян скотом и инвентарем.
Хабаров продолжал в основном заниматься хозяйством, непрерывно улучшая его. Так продолжалось до 1648 года, когда якутским воеводой был назначен крещеный ливонский немец Д.А. Францбеков. Его назначение резко изменило судьбу Хабарова.
Весной 1649 года Францбеков встретился с Хабаровым в Илимске, и тот предложил новому воеводе организовать экспедицию в Даурию, богатую как соболиными промыслами, так и серебряной рудой. Но Францбеков не мог организовывать подобную экспедицию за казенный счет и лишь поддержал инициативу Хабарова, однако смог предоставить ему инициативу в подготовке экспедиции. Лишь на следующий год Францбеков смог помочь Хабарову, разрешив взять деньги в долг из казны на организацию экспедиции.