Это не могло не обеспокоить правителей маньчжурской династии, ранее совершавших набеги на приамурские земли, грабивших их население и угонявших пленных в рабство. Проникновение хабаровцев в Приамурье подрывало их влияние в этом крае, который маньчжуры уже давно считали своим. Кроме того, проникновение русских в Маньчжурию совпало с началом маньчжурской экспансии во Внутреннем Китае.
Чтобы обеспечить свой тыл в войне против великого соседа, правители Маньчжурии начали завоевание Приамурья.
Своей опорной базой для продвижения к берегам Амура правители Маньчжурии сделали город Нингуту.
Половину двухтысячного маньчжурского войска составляли бывшие пленные даурцы и тунгусы, ранее угнанные в Маньчжурию. Общее командование походом осуществлял военный наместник (футудун) Хайсэ, но основными войсками руководил его помощник Сифэ (Исиней).
Вооружение маньчжурского войска состояло из пушек, пищалей и петард (глиняных сосудов, набитых порохом для взрыва городских стен и башен). Маньчжурские воины были также вооружены саблями и пиками.
Сифэ (Исиней) намеревался внезапным налетом на избы, находившиеся вне городских стен, отрезать находившихся там хабаровцев от казаков городского гарнизона. Атака города должна была начаться только после ликвидации первой группы хабаровцев.
Ранним утром 24 марта маньчжуры подошли к Ачанскому острожку и, окружив его, начали штурм. Одновременно они начали обстрел и самого Ачанского городка из пушек и пищалей.
Первый натиск маньчжуров был отражен хабаровцами. Но пользуясь своим численным превосходством, противник сумел приблизиться к городским стенам и с крыш опустевших домов предместья начать обстрел защитников города. Другая часть маньчжуров стала разбивать деревянные стены города. Исиней (Сифу) предложил казакам сдаться на милость победителей.
Но хабаровцы стойко держались и оставшимися силами продолжали отражать натиск маньчжуров. В пролом, образованный в стене, они вкатили большую пушку, из которой повели огонь по маньчжурам. Одновременно заговорили и орудия, установленные на городских башнях, вместе с казацкими пищалями на стенах городка.
Хабаров приказал одной части казаков оставаться в городке, а вместе с другой под покровом ночной темноты вышел из Ачанска на лагерь маньчжуров. Противник ошибся в численности русского войска, которое показалось ему значительно большим, чем было на самом деле. В схватке хабаровцы отбили у маньчжуров две пушки. Скоро противник обратился в паническое бегство, потеряв под Ачанским городком около 676 человек. При преследовании хабаровцы отбили у маньчжуров 830 лошадей и обоз с хлебом, 17 пищалей и 8 знамен. Потери русских составили 10 человек убитыми и 76 ранеными. В числе раненых был и сам Хабаров.
Узнав о поражении маньчжурского войска при Ачанском городке, цинский двор наказал Хайсэ и Сифэ приговорил к наказанию 100 ударов плетьми.
Результатом победы хабаровцев под Ачанским городком было то, что маньчжуры больше не возобновляли нападений на русские городки, а, следовательно, влияние Москвы в Приамурье продолжало усиливаться.
22 апреля 1652 года хабаровцы вышли из Ачанского городка и двинулись на дощаниках вверх по Амуру.
В это же время к устью реки Сунгари подошло шеститысячное маньчжурское войско. Его предводители, скрыв свои отряды в засаде, надеялись выманить отряд Хабарова на берег и уничтожить. Однако дощаники шли по середине Амура и хабаровцы не заметили маньчжур. Уже спустя некоторое время казаками был пойман лазутчик, шедший по пятам хабаровского отряда, чтобы узнать место будущей зимовки русских. Сюда правители Маньчжурии намеревались послать новое войско, численностью около десяти тысяч, надеясь задавить русских посланцев.
В июне к Хабарову, находившемуся в дючерской земле, прибыло подкрепление во главе с Чичигиным в количестве 117 человек. Чичигин также доставил хабаровцам порох и свинец. Теперь отряд Хабарова вырос до 300 человек.
Из Дючерской земли отряд Хабарова пошел в Даурскую землю собирать ясак. Отношения с местным населением у русских поселенцев постепенно налаживались. Дауры и дючеры вносили в государеву казну полный ясак и говорили о своей готовности принять русское подданство.
Теперь Хабаров контролировал огромную территорию Приамурья — от устья самого Амура до впадения в него реки Урки.
Но именно теперь Хабарова поджидали новые испытания внутри его отряда, сохранившего казацкое самоуправление. Это вынуждало его предводителя считаться с казачьим кругом, имевшим право отменять его решения.