Спустя три недели в реку ветром нагнало много больших льдин, а потом ударил сильный мороз. «Якутск» застрял во льдах.
Несмотря на это, люди продолжали готовить землянки. 13 ноября началась полярная ночь.
Прончищев и Челюскин всю зиму деятельно готовились к дальнейшему походу: ремонтировали судно, пополняли запасы провизии. Неожиданно среди команды началась цинга, несколько человек умерло.
21 июня 1736 года вскрылась река, но море было по-прежнему затянуто льдом, а потому к намеченной цели двинуться было невозможно.
Льды отнесло от устья Оленека в первых числах августа. Корабль взял курс на северо-запад.
Далее «Якутск» поплыл по реке Хатанге. Больших льдов сначала не встречалось, но потом корабль опять угодил в полосу сплошного льда. Плыть приходилось очень осторожно и возле самого берега. В довершение всего опустился густой туман, и в нескольких десятках шагов ничего не было видно.
Челюскин приложил все свои усилия, чтобы в этих условиях найти правильный путь, и это ему удалось. К утру следующего дня «Якутск» вышел из полосы тяжелых льдов.
Когда туман несколько рассеялся, путешественники увидели пустынные берега Таймырского полуострова. Однако корабль снова попал в сплошные льды. Опять начала свирепствовать цинга; заболел командир отряда Василий Прончищев.
Воспользовавшись попутным ветром, Челюскин вывел корабль к устью Хатанги. Однако леса, столь необходимого для постройки зимовий и для отопления и ремонта судна, здесь не было. Пришлось плыть дальше, — к устью Оленека.
В устье реки корабль не мог войти несколько дней из-за противного ветра.
29 августа умер Прончищев, и Челюскин официально стал командовать «Якутском».
18 января 1737 года Челюскин прибыл в Сиктахское зимовье, расположенное на Лене. Накануне туда же прибыл приказчик Матвей Тарлыков. По-видимому, он и Челюскин сильно повздорили, и Матвей запретил местным тунгусам и якутам вести дальше Челюскина и не слушал никаких уговоров.
Таким образом, Челюскину и его спутникам пришлось сидеть в Сиктахе пять месяцев, только в июне им удалось продолжить свой путь.
Челюскин отправил Берингу специальное донесение, описав все события, и спрашивал, надо ли дальше продолжать экспедицию.
После долгих консультаций Беринг приказал пока приостановить исследование вплоть до решения Адмиралтейств-коллегий.
Коллегия, несмотря на человеческие жертвы, во что бы то ни стало настаивала на скорейшем выяснении вопроса, можно ли плавать северными ледовитыми морями. Словом, требовалось продолжать экспедицию.
Приготовления заняли весь 1738 год. Был сделан запас продовольствия, обновлено снаряжение, отремонтирована шлюпка. «Якутск» снялся с якоря 9 июня. Маршрут был практически тот же.
До устья Лены шлюпка добралась без приключений. Челюскин вел свой судовой журнал.
21 июля 1739 года «Якутск» вышел западной протокой в море. Здесь-то Челюскин и показал себя отличнейшим штурманом. На выходе протоки тянулись подводные пески, из-за которых даже мелкая рыбачья лодка часто не могла найти здесь путь. Малейшее отклонение от фарватера грозило кораблю посадкой на мель. Однако Семен Иванович спокойно и уверенно провел корабль опасным фарватером.
До Оленека море было свободно ото льда. Через три дня мореплаватели миновали устье этой реки.
В устье Оленека корабль не задержался, пошел дальше на запад. Однако далеко уплыть не удалось, так как на судно стали опять напирать льды. Приходилось часто использовать весла, отпихивать шестами льдины, которые удерживали корабль на месте по нескольку суток подряд.
В один из дней плавания перед экипажем «Якутска» открылась глубокая губа, сплошь покрытая плотным льдом. Эту бухту промышленники назвали Нордвик, что значит Северный залив.
Далее «Якутск» опять попал во льды и пять дней отстаивался в Ледовой бухте, пока наконец не открылась возможность продолжать путь. 6 августа экспедиция достигла Хатангского залива. Около его восточного берега путешественники заметили остров, который назвали островом Св. Преображения. На западном берегу залива виднелись строения.
Челюскин и его помощник Чекин добросовестно обследовали местность. Они обнаружили, что в Хатангский залив впадает не только большая река Хатанга, но еще и река. Балахня. Челюскин и Чекин очень хотели исследовать местность, но с корабля слали тревожные сигналы о напирающих со всех сторон льдинах. Оценив обстановку, Чекин с Челюскиным решили искать какое-нибудь природное укрытие. С этой целью они двинулись внутрь Хатангского залива, где вскоре нашли устье мелководной речки. Однако стоило «Якутску» войти в него, как вход заложили льды.