Зимой 1784–1785 годов среди поселенцев началась цинга. Люди стали умирать. Воспользовавшись бедствием в русском поселении, враждебные эскимосские племена решили напасть на пришельцев. Однако дружески расположенные к Шелехову эскимосы не только предупредили его об опасности, но и оказали помощь, рассеяв враждебные отряды и привезя их главарей к Шелехову.
Весной, как только цинга закончилась, Шелехов начал разбивать недалеко от селения огороды, засадив их семенами растений, привезенных из России. На пастбищах паслись козы и свиньи, также привезенные из Охотска.
Шелехов приказал начать сбор сведений об окрестных островах и американском побережье, узнавать, какая живность там обитает и какими полезными ископаемыми богаты недра этих земель.
Русские отряды дошли до островов Афогнак и Шуяк, расположенных к северу от Кадьяка, затем двинулись на север и вскоре достигли Кенайского залива. Одновременно была исследована природа Аляски.
Все это время поселенцы охотились на морских бобров и котиков и торговали с аборигенами.
Зиму 1785/86 года Шелехов провел в Кадьяке. В декабре он отправил своих людей на полуостров Кенай для разведки и торговли с индейцами. Спустя месяц еще 11 промышленников были отправлены в Чинигатский залив, на берегу которого были леса с пригодными для постройки судов деревьями.
В начале марта большой отряд эскимосов и алеутов был отправлен вместе с пятью промышленниками к мысу Св. Ильи для постройки крепости, описания побережья и торговли с местным населением. Однако спустя время поступило известие, что старшина Шуяка изменил русским и в союзе с индейцами убил охраняющих его промышленников и толмача. Теперь начальник отряда просил прислать им подкрепление.
Шелехов отправил на Шуяк два отряда из промышленников и эскимосов и алеутов, которым велел построить крепость на острове Афогнаке, в местах, ближе всего подходящих к Шуяку.
Скоро он получил известие, что индейцы разбиты, одна крепость построена на Афогнаке, а другая заложена на полуострове Кенай.
К этому времени большая часть промышленников жила в избах, окруженных частоколом по всему побережью Кадьяка. Внутри каждой такой крепости находились избы промышленников, склады оружия, провианта и пушнины. За стеной находились хижины эскимосов-охотников, кузница с «избой для слесарных работ», хлев для скота, сенник. Тут же были огороды. Под навесом на берегу моря стояли суда, лежали мачты и такелаж. Здесь же находился сарай для байдар и сушки рыбы и снастей.
Задача, которую поставил перед собой Шелехов, была выполнена. На территории Русской Америки были заложены постоянные поселения, начаты занятия земледелием и скотоводством, исследованы и описаны Кадьяк и соседние с ним острова, побережье полуострова Аляска и Кенийского залива.
В мае 1786 года Шелехов стал готовиться к отплытию в обратный путь. Вместо себя правителем компанейских дел в Америке он оставил К.А. Самойлова, составив ему обширную инструкцию.
Шелехов наказывал Самойлову расселять присланных от него людей по всему протяжению Русской Америки, уделять большое внимание созданной школе и присылать молодых эскимосов для обучения в школах Иркутска и Охотска.
Он также обещал Самойлову прислать новую партию скота и семян и потому наказывал строить новые хлева и сенники и разбивать огороды.
С собой в Россию Шелехов решил взять около сорока человек эскимосов и алеутов, а также предметы их изделий, с тем, чтобы люди в России могли воочию убедиться, что представляет собою вновь обретенная земля.
22 мая 1786 года Шелехов вышел в море на галиоте «Три Святителя». Поскольку поселения нуждались в здоровых людях, Шелехов составил свой экипаж из слабых и больных промышленников, которых хотел вывезти в Россию.
Лишь только «Три Святителя» вышли из залива, как вдали показалось судно, и скоро Шелехов узнал «Св. Михаила». Наконец он узнал причину таинственного исчезновения этого судна. Когда после бури в Беринговом море корабли потеряли друг друга, «Св. Михаил» вместо того, чтобы идти к острову Беринга, устроил зимовку на одном из Курильских островов. Летом корабль пришел к острову Беринга, где в землянке нашел письмо с приказом Шелехова идти на Уналашку.
Капитан «Св. Михаила» так и не смог выполнить приказа и на Уналашке был лишь в мае следующего года. При выходе из Капитанской гавани галиот получил повреждение, вынужден был вернуться и только сейчас прибыл в назначенное ему место.