Шелехов немедленно заменил этого капитана другим и приказал ему вести «Св. Михаила» к крепости на острове Афогнак.
В своем обратном плавании Шелехов попытался найти новые, еще не открытые острова. Однако погода не благоприятствовала предприятию. Галиоту приходилось идти вдоль Алеутских островов под сильным юго-западным и западным ветром.
Ослабевшие от цинги и морской болезни промышленники уже не могли управлять судном. И тут на помощь пришли эскимосы, которых Шелехов вез в Россию. Эскимосы быстро освоились с незнакомыми снастями и фактически взяли спасение галиота на себя.
30 июля «Три Святителя» достиг наконец первого Курильского острова и попытался пройти в Охотское море первым Курильским проливом. Однако сильным ветром судно было задержано на несколько дней. Тогда Шелехов направился вторым Курильским проливом, который был гораздо шире первого.
Войдя в Охотское море, галиот пошел на север и к утру следующего дня достиг Камчатки. Спустя несколько часов «Три Святителя» стали у устья реки Большой. Путешествие Шелехова было окончено.
В апреле 1787 года Шелехов с женой Натальей Алексеевной, сопровождавшей его в экспедиции, прибыли в Иркутск. Здесь Шелехов подал иркутскому генерал-губернатору Яко-бию «записку» о своем плавании, в которой содержалось описание жизни русских поселений на Аляске с приложением подробной карты плаваний и планов этих мест.
В 1791 году «Записки» были изданы в Петербурге под названием «Российского купца именитого Рыльского гражданина Григория Шелехова первое странствование о 1783 по 1787 год из Охотска по Восточному океану к Американским берегам». Два года спустя книга вышла вторым изданием.
До конца 1787 года Шелехов прожил в Иркутске. Он не только составлял свою «Записку», но и разрабатывал обширный план организации компании по изучению и эксплуатации природных богатств Аляски и выступил перед правительством с ходатайством о их субсидиях.
Вместо Самойлова Шелехов решил назначить главным правителем на Кадьяк известного среди моряков Тихого океана опытного промышленника Е.И. Деларова.
В мае 1787 года новый правитель уехал на Кадьяк, увезя с собой скот и семена растений для посадки.
Сам Шелехов в начале 1788 года вместе с И.Л. Голиковым приехал в Петербург, где стал добиваться одобрения всех своих замыслов. Туда же был прислан рапорт иркутского генерал-губернатора, поддерживавшего планы Шелехова и ходатайствовавшего за них перед императрицей Екатериной II.
Императрица пожаловала Шелехова и Голикова золотыми медалями, шпагами (фактически, возведя в дворяне) и похвальными грамотами. Все это было объявлено в указе Сената.
Однако в реальной поддержке Шелехову было отказано, поскольку в это время Россия вела войну с Турцией и Швецией и новых сил в Русскую Америку отвлечь было нельзя.
В начале 1789 года Шелехов возвратился из Петербурга в Иркутск и стал готовиться к новому мореходному сезону. Он решил создать еще одну промысловую компанию подобно «Северо-восточной американской». Новую компанию он назвал «Предтеченекой», по имени судна, снаряжаемого в плавание. Целью новой компании стало основание новых постоянных русских поселений на Алеутских островах и островах Прибылова.
Одновременно он стал искать замену Деларову, жившему на Кадьяке уже пять лет. Такой кандидатурой оказался каргопольский купец А.А. Баранов, обративший на себя внимание своим знанием дела. Баранов ответил согласием и в августе 1790 года отбыл в Америку.
А сам Шелехов занялся организацией третьей компании, поселения которой должны были разместиться на Уналашке, и потому само название компании стало «Уналашкинская».
Летом 1791 года на Кадьяк было отправлено построенное судно.
В 1793 году Шелехов организовал «Северо-американскую» компанию. Ее поселения должны были расположиться на островах Берингова моря и северном побережье Аляски, где Шелехов предполагал сделать новые открытия. Прежде всего он намеревался открыть проход в Бюффонов залив.
Однако интересы Шелехова не ограничивались лишь поселениями в Русской Америке, он также собирался отправлять свои корабли в Китай, Калифорнию, Индию… Эти корабли уже строились на Аляске. Особое внимание Шелехов уделил Курильским островам, чему способствовал следующий случай.
В 1783 году к Алеутским островам занесло судно с девятью японскими моряками. Все они были спасены, отправлены на Камчатку, а затем поселены в Иркутске. Здесь они прожили несколько лет, после чего Шелехов выступил перед правительством с ходатайством о возвращении японцев на родину, доказывая при этом, что такая акция поможет установить торговые отношения с Японией. Он сам разработал программу экспедиции, подобрав для нее людей и включив в ее состав «для практики в навигации» двух молодых эскимосов, обучавшихся в Иркутске.