В.В. Юнкер довольно долго находился в Каире, ибо не имел права отправиться в Дарфур без разрешения египетского правительства. Разрешения он так и не дождался и в конце концов решил отправиться в Хартум. Однако ему и здесь не повезло: как раз разгорелся конфликт между Египтом и Эфиопией, а потому стало проблемой достать судно для плавания по Красному морю. Юнкеру пришлось на английском пароходе из Суэца добраться до портового города Джидда на Аравийском полуострове, а оттуда на барке переправиться в Суакин. Оттуда можно было за десять дней добраться до Бербера, а затем по реке до Хартума. Но Юнкеру посоветовали идти неизвестным маршрутом — из Токара вдоль высохшего русла реки Бараки до Кассала, что он и сделал. Вильгельм Вильгельмович также провел исследование этой реки, что позволило точно нанести на карту ее нижнее течение и окружающие горы. Таким образом, Юнкер сделал определенный вклад в географическую науку. Из Кассалы он направился в Хартум, но не через Бербер, ибо эта местность обычно в это время года была труднопроходима, а через Гедареф и Абу-Хараз, «чтобы узнать новые дороги и интересную область рек».
Небольшой караван Юнкера прибыл в Хартум в мае 1876 года. В нем были бедуины-проводники, двое слуг и молодой человек по имени Копп родом из Вюртемберга, выполняющий функции препаратора. В Хартуме Юнкер, ожидая разрешения на поездку в Дарфур, провел четыре месяца. Все это время он улучшал знание арабского языка, изучал обычаи, обряды, политическую обстановку страны, собирал коллекции. Тогда же им были совершены две пароходные поездки по Голубому Нилу до Сеннара и по Собату, где Юнкер первым сделал точную съемку реки до станции Насир.
Разрешения на поездку в Дарфур В.В. Юнкер так и не добился, а потому решил не ехать туда. Определенную роль в таком решении сыграли и рассказы о неблагоприятных условиях работы там.
Со времени приема Юнкера в Судане возросло его желание посетить и детально изучить «языческие негрские страны». Поэтому он выбрал новый маршрут для путешествия — в центр Экваториальной провинции Судана, Ладо, и это несмотря на то, что маршрут изобиловал сложностями из-за изданного губернатором провинции приказа о повышении цен на продовольствие и носильщиков для любого путешественника.
22 октября 1876 года пароход Юнкера со снаряжением покинул Хартум и отправился в Ладо, где Вильгельм Вильгельмович надеялся получить у тогдашнего губернатора Ч. Гордона официальное разрешение для экспедиции. Однако их встреча произошла немного раньше, на пароходе, на котором Гордон плыл в Хартум. Губернатор детально расспросил обо всем Юнкера и выдал ему официальное письмо, в котором просил служащих правительственных и торговых станций экваториальной провинции представлять путешественнику бесплатный провиант, носильщиков и проводников.
Естественно, любезность Гордона объяснялась не тем, что он почувствовал к Юнкеру расположение и захотел ему помочь. Просто с его помощью Гордон надеялся без проблем получить определенные сведения и таким образом выполнить возложенную на него «колониальную миссию».
Ч. Гордон быстро понял, что кандидатура Юнкера идеально ему подходит. Во-первых, Вильгельм Вильгельмович хоть и не был путешественником-любителем, но его экспедиция преследовала только научные цели и осуществлялась на его личные деньги. Во вторых, Юнкер имел медицинское образование, что считалось в то время важным условием для работы в колонизируемых странах.
В-третьих, интерес к Африке проявляли в то время французы и англичане. Юнкер же являлся подданным России, а потому не мог вызвать беспокойства у французов. Кроме того, судя по воспитанию, его можно было принять скорее за немца, чем за русского.
Гордон предложил Юнкеру начать свои исследования с области Макарака, ибо в южных районах вспыхивали восстания среди местного населения.
В ноябре 1876 года путешественник прибыл в Ладо, который являлся центральным пунктом административного управления окружающими областями. Здесь периодически снаряжались экспедиции либо для подавления сопротивления местного населения, либо для сбора налогов. Значительную часть маршрутов В.В. Юнкер провел, сопровождая такие экспедиции или торговые караваны. Например, ему пришлось два месяца провести в Ладо, пока он дождался отправления такого каравана в область Макарака. За это время Юнкер довольно много узнал о народе бари, живущем вокруг Ладо, представителях Макарака и других народов; Юнкер сделал описание их внешнего вида, одежды, украшений, жилищ и т.п.