Было решено оставить камчатских курил в покое и продолжить обследование местности. Дойдя до устья реки Голыгиной, Атласов обратил внимание на острова, виднеющиеся далеко впереди. Это была часть Курильских островов, которую можно было увидеть со стороны Нинчуги-Голыгиной. Аборигены подтвердили, что на этих островах в каменных городах живут люди, но так и не смогли ответить, к каким народностям они принадлежат.
Атласов двинулся в юго-восточном направлении и дошел до реки Инки, впадавшей в море. Отсюда он вернулся в Ичинское зимовье, где провел большую часть зимы 1698–1699 годов. Казаки собирали ясак среди местного населения и сами занимались добычей пушного зверя.
Атласов уже имел три зимовья на Камчатке: на Еловке, Верхней Камчатке и Иче. Эти зимовья контролировали главные пути на полуострове и служили опорными пунктами в этом крае. Однако, учитывая то обстоятельство, что в любой момент камчадалы могут отказаться платить ясак, а то и попытаться разгромить его зимовье, он распорядился превратить Верхнекамчатское зимовье в острог, обнеся его частоколом со сторожевыми и стрельными башенками (нагороднями).
Однако вскоре Атласов решил изменить форму взимания у аборигенов ясака, поскольку стал понимать, что камчадалы не приучены охотиться зимой в горах, а именно в этих местах особенно хорошо водился соболь. Все чаще он переходил к форме обмена, когда камчадалы отдавали казакам меха и рыбу, а русские в свою очередь дарили им мелкие товары, нужные в хозяйственной жизни.
Весной 1699 года отряд Атласова покинул Ичинское зимовье и отправился в Анадырск. Предварительно он позаботился, чтобы все возведенные им укрепления не остались без надлежащей защиты. 15 человек во главе с Потапом Серюковым были оставлены в Верхнекамчатском острожке, 20 человек во главе с Лукой Морозко остались на Еловке.
Прибыв в Анадырск, Атласов занялся ремонтом острожных стен и перестройкой его башен. К тому же уже осенью коряки, вносившие ясак, обратились к Атласову за помощью. Они говорили, что соседи-чукчи подошли к устью Анадыря и угрожают отнять у них оленей. Атласов сам пошел к чукчам и взял уже у них ясак и аманатов. Одновременно он расспросил чукчей о природе Чукотского полуострова и о жизни и обычаях народов их населяющих — чукчах и эскимосах.
Весной, когда ясак был окончательно собран, Атласов, вместе с большей частью своего отряда двинулся в Якутск. Вначале казаки шли на лыжах и, впрягшись в нарты, тянули «ясачную казну». Уже с конца февраля удалось нанять у юкагиров оленей и запрячь их в нарты. Подойдя к Индигирке, оленей сменили на лошадей. 2 июня 1700 года отряд Атласова после пятилетнего отсутствия вернулся в Якутск.
Уже на следующий день Атласов отправился в Якутскую приказную избу для отчета перед воеводой Д.А. Траурнихтом и дьяком М. Романовым. Здесь он отчитался о взятом ясаке и о построенных на камчатской земле зимовьях и острогах. В заключение он представил воеводе и дьяку князьца, вывезенного с Камчатки, который ответил по-русски на все задаваемые ему вопросы.
Дьяк сделал запись «скаски» о путешествии Атласова на Камчатку, в которой отразил все значение путешествия землепроходца. После этого Атласов подал челобитную, о поверстании себя «в какой он чин пригодится» и о возвращении ему денег, которые он занял в долг у частных лиц на приобретение пороха и свинца.
Вместе с ясаком и собственной челобитной Атласов был послан в Сибирский приказ в Москву. Выехав из Якутска 20 июня 1700 года Атласов смог добраться до столицы лишь к началу 1701 года.
По пути он сделал остановку в Тобольске, где встретился с воеводой князем Михаилом Черкасским. Атласов поведал ему об открытой им земле, о ее обитателях. Одновременно он встретился с сыном боярским Семеном Ремезовым, который несколько лет до того сделал копию с общей карты Сибири Семена Годунова (1667). Но тогда на этой карте еще не был изображен Камчатский полуостров и лишь была помечена река Камчатка. Теперь Ремезов смог поговорить с первооткрывателем Камчатского полуострова и с его помощью нанести на карту Сибири его очертания. Чтобы окончательно закончить работу, Атласов почти на две недели задержался в Тобольске и только после ее завершения выехал в столицу.
В Сибирском приказе Атласов был принят его главой думным дьяком Андреем Андреевичем Виниусом.
Глава Сибирского приказа был инициатором многих реформ, по новому преобразовавших Сибирский край. Он завершил Таможенную реформу в Сибири, отменив тяжелый таможенный сбор, и ввел десятипроцентную пошлину на все ввозимые и вывозимые из Сибири товары. Сибирская торговля оживилась, и одновременно укрепились экономические связи с остальной частью России. Завязались тесные торговые отношения с Китаем.