Чтобы подключить Сибирский бюджет к общероссийскому, Виниус добился введения государственной монополии на соболиные меха и моржовую кость. Воеводам Сибири было предписано закупать в казну меха и кость лишь за счет местного бюджета и только после этого присылать их в Москву.
Виниусу принадлежит видная роль в поиске в Сибири серебряной руды и в организации Нерчинского сереброплавильного завода.
Он был одним из главных инициаторов составления новой крупномасштабной и мелкомасштабной карт Сибири, подготовленных Семеном Ремезовым. Для этого он вызвал молодого дьяка в Москву и предоставил в его распоряжение все картографические материалы из собрания Сибирского приказа. После ее изготовления Виниус представил карту Петру I, а Ремезову отдал новый приказ составить карту «Великопермские и Печерские, и Поморские, и Двинские страны». Все эти карты вошли в атлас «Чертежная книга» Семена Ремезова, в которую были включены и сведения, сообщенные Атласовым о Камчатке.
Приняв Атласова в Сибирском приказе, Виниус долго расспрашивал его о Камчатке. Со слов землепроходца была составлена новая «скаска», и это позволило Атласову подать новые челобитные о возвращении ему занятых им денег, что вскоре было исполнено приказом.
В это же время Атласов обговаривает с Виниусом возможность посылки новой экспедиции на Камчатку. Он сам составляет «записки» об организации новой экспедиции, в которых перечисляет все, что необходимо для ее лучшей подготовки.
Атласов добился прав лично подбирать людей для своего отряда, а также возможности самому наводить порядок среди участников экспедиции, не сносясь при этом с Якутском.
Он также получил лучшее вооружение для участников экспедиции и заставил выдать им денежное, хлебное и соленое жалования. Каждый член отряда был вооружен винтовкой. В отряде имелось четыре медных маленьких пушки.
В эти же дни Атласов подал несколько челобитных на царское имя. В одной из них он просил вернуть ему 11 сороков соболей, привезенных с Камчатки и конфискованных в палате Сибирского приказа. В другой просил поворотить его в головы казачьи по Якутску. В третьей он просто ссылался на свои труды и раны и просил дать ему жалованье.
Все челобитные Атласова были удовлетворены. Он стал головой казачьим, ему было отпущено 50 рублей и на эту же сумму отпущено товаров.
В конце февраля 1701 года Атласов закончил все дела в Сибирском приказе и получил проезжую грамоту для глав администрации городов, через которые он должен был проезжать. Воеводам наиболее крупных городов Сибири Тобольска, Енисейска и Илимска предписывалось оказывать Атласову необходимое содействие.
Но как ни спешили Атласов и казаки поспеть в Тобольск до конца апреля, вдело вмешались распутица и ледоход. Это замедлило продвижение отряда, и только в начале июня он смог прибыть в Тобольск.
Тобольский воевода князь Черкасский, хорошо знавший Атласова, принял активное участие в формировании отряда и снабжении его деньгами и провиантом.
Он же написал енисейскому воеводе Богдану Глебову «наказную память», в которой напоминал ему о необходимости набрать в отряд Атласова еще 48 человек, а также снабдить их продовольствием и деньгами до Илимска.
В середине июня отряд выступил в Енисейск. Чтобы выиграть время, Атласов и еще шесть казаков выехали вперед, спеша договориться с енисейским воеводой о людях и дощаниках, на которых предстояло преодолевать реки.
Однако Богдан Глебов был совершенно другим типом воеводы, нежели, например, князь Черкасский.
Еще в 1698 году специально присланными дьяками из Сибирского приказа на него был наложен значительный штраф за многочисленные злоупотребления. Поскольку дьяки были из Сибирского приказа, то недовольство Глебова распространилось как на его руководство во главе с Виниусом, так и на Атласова, которого енисейский воевода считал ставленником Виниуса.
Остановившись в Енисейске, Атласов узнал, что пополнение в его отряд не собрано, а когда 48 человек были набраны, обнаружилось, что среди них много совсем непригодных к «государевой службе».
В течение пяти недель Атласов провел в Енисейске, тщетно ожидая выдачи от Глебова дощаников. Бездействие отряда привело к тому, что из него начали бежать или пытались найти себе замену. Некоторые поступали к Атласову специально для того, чтобы, взяв «наемные» деньги бежать со службы. В отряде Атласова пошел явный процесс разложения.